Person: AKSU, MEHMET BURAK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
AKSU
First Name
MEHMET BURAK
Name
8 results
Search Results
Now showing 1 - 8 of 8
Publication Metadata only SARS COV-2 PCR+ hastalarının peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesi(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Yurt C., Durmuş E. R., Sarıgül N., Eşme Y., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: SARS COV-2 virüsü, CD4+ ve CD8+ T hücrelerini ve B hücrelerini etkileyerek bağışıklığı aktive etmektedir. CD45RA T hücreleri, antijenleri hatırlamaması ile \"naive\" özelliklere sahipken CD45RO T hücreleri, antijenleri hatırlayıp çoğaldıkları için \"bellek\" T hücreleri olarak kabul edilir. Peptivator SARS-CoV-2 Select, SARS-CoV-2 spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini in vitro uyararak efektör sitokinlerin salgılanmasına sebep olup SARS-CoV-2 spesifik T hücrelerinin saptanmasına ve izolasyonuna olanak tanır. Bu çalışmadaki amacımız SARS-COV-2 hastalarının kanından elde edilen lenfositlerin peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesidir. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız deneysel tiptedir. Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde yatan Koronavirüs hastaları, araştırmanın evrenini oluşturmaktadır. T.C. Sağlık Bakanlığı Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde Koronavirüs hastalığı sebebi ile yatan aşılı ve aşısız, PCR pozitif 18- 50 yaş arası 9 hastadan gönüllü olmaları kaydıyla kan örnekleri toplanmıştır. Hastalardan alınan periferik kanların bir kısmı ile tam kan immünfenotipleme analizi yapılmıştır. Hastalardan alınan periferik kanın bir kısmı ile de mononükleer hücre (PKMH) izolasyonu yapılıp uyarımsız (US), CDmix uyarımlı ve peptivatör ile uyarımı sonrasında akım sitometrisi kullanılarak analizi yapılmıştır. Bulgular: Flow sitometri tam kan immünfenotipleme analizlerinde CD45RO+ oranı aşısız olan grupta 93,6 (±6,76), aşılı grupta 94,2 (±6,07) olarak bulunmuştur. Hastalardan elde edilen PKMH’ler; US, CDmix ve Peptivatör ile kültür edildikten sonra flow sitometri analizlerinde US kültürde CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 8,29 (±4,62), aşılı grupta 3,5 (±2,19) olarak bulunmuştur. CDmix kültüründe CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 32,6 (±32,4), aşılı grupta 18,8 (±18,6) bulunmuştur. Peptivatör kültüründe CD45RO+Foxp3 oranı aşısız grupta 36,2 (±35,5), aşılı grupta ise 7,24 (±5,94) olarak bulunmuştur. Sonuç: COVID-19’da mRNA teknolojisi ile üretilen BioNTech/Pfizer aşısı enfeksiyon geçiren hastalarda hafıza hücre sayılarını aşısızlara göre arttırmaktadır. Peptivatör etkileşimi ise aşılı PCR+ grupta ve aşısız PCR+ grupta immün sistemi etkilediği ve hafıza hücrelerini arttırdığı gözlenmektedir.Publication Open Access FIP teşhisi konmuş kedilerden elde edilen periferal kan mononükleer hücreler ile kedi overinden elde edilen mezenkimal kök hücrenin immünolojik araştırılması(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Güven N., Erhan M. N., Karayusuf K., Doğanay K., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: Coronavirüsler hem insanlarda hem de hayvanlarda hafiften son derece şiddetli enfeksiyonlara kadar değişkenlik göstermektedir. Coronaviruslar çoğunlukla gastroentestinal ve solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olurken bazıları ensefaliti ve hepatite neden olmaktadır. Kedilerin Enfeksiyöz Peritonitisi (FIP) ise kedi coronavirüslerinin (FCoV) neden olduğu bir enfeksiyondur. Çalışmamızda ise kedi ovaryum kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin (O-MKH), FIP teşhisi konmuş kedilerden elde edilen periferal kan mononükleer hücrelere (PKMH) etkisinin in vitro ortamda araştırılıp değerlendirilmesi amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Projemizde veteriner kliniğinde FIP tanısı konulmuş 5-13 yaşlarındaki kediler çalışmaya dahil edilecektir. Bu süreçte veteriner kliniğine gelen hastalardan FIP pozitif çıkan kedilerden hasta sahiplerinden alınan onam sonrasında 5cc periferal kan örneği alınacak ve Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi immünoloji anabilim dalında PKMH izole edilecektir. Ayrıca, kedi ovaryumlardan MKH izolasyonu gerçekleştirilecektir. İzole edilen PKMH ile O-MKH\"ların (+/-) ko-kültür işlemleri gerçekleştirilecektir. 5 günlük kültür işleminden sonra O-MKH\"nin FIP hasta PMKH\"larının canlılıkları üzerindeki etkileri akım sitometri yöntemi ile analiz edilecektir. Gerekli etik ve kurum izinleri alınmıştır. Bulgular: Yapılan ko-kültür çalışması sonrasında akım sitometri yöntemi ile PKMH’lerin canlılıklarındaki değişimler kıyaslanmıştır. Yapılan analizler sonucunda FIP kedilerin PKMH’ları MKH’nın olmadığı durumlarda canlılık oranı 55.6 (±5.2) iken MKH varlığında canlılıklarının 70.13 (±2.1)’e yükseldiği görülmüştür. Buna ek olarak, apoptoz geçiren PKMH’ların oranı MKH yokluğunda 34.7 (±4.4) iken MKH varlığında 12.7’e (±1.8) düştüğü gözlenmiştir. Hastalardaki PKMH’ların sağlıklı kedilerin durumları ile kıyaslandığında ise FIP hastası PKMH’ların canlılıkları MKH varlığında sağlıklı kedilerin PKMH’ların canlılık seviyesine yükseldiği görülmüştür. Sonuç: FIP hastalığına sahip olan kedilerin PKMH’larındaki canlılık oranının sağlıklı kediye kıyasla canlılık oranının beklendiği gibi daha düşük olduğu görülmüştür. Yine de MKH’nın varlığında FIP hastası kedilerin PKMH’larındaki canlılık seviyesinin sağlıklı kedilerin PKMH’lerin canlılık oranına yükseldiği görülmüştür. Ayrıca, MKH’ların apoptoz geçiren PKMH’ları FIP hastası kedilerde düşürdüğü gözlenmiştir. Elde edilen bu veriler çerçevesinde MKH’ların FIP hastalarında olumlu etkisi olduğu gözlenmektedir.Publication Metadata only Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi(2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.Publication Open Access The failure on the effectiveness of formalin on cadaver disinfection and alternative methods(2023-01-01) AKSU, MEHMET BURAK; ÖZKAN, MAZHAR; ŞEHİRLİ, ÜMİT SÜLEYMAN; Yanilmaz O., Guncu M. M., AKSU M. B., ÖZKAN M., ŞEHİRLİ Ü. S.Objective: It was aimed to identify the contaminant and determine the alternative disinfectant detection in the microbial growth observed in various parts of the cadaver stored in the formalin tank in the dissection laboratory of Marmara University Anatomy Department. We also performed a literature review of this unusual pathogen. Materials and Methods: Swab samples were inoculated on agar mediums. After incubation, matrix-assisted laser desorption ionizationtime of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis was used to identify the isolate from the detected uniform colonies. Sample solution from the cadaver tank, freshly prepared 5% formalin and 0.55% ortho-phthalaldehyde were used to determine the disinfectant sensitivity of the isolate. Results: According to 16s rDNA sequence analysis, it was concluded as Skermanella aerolata with 99% similarity. In the disinfectant susceptibility test, it was observed that S. aerolata and control bacteria could grow in 5% formalin taken from the cadaver tank. No growth was detected in other disinfectants. Conclusion: To prevent cadaver contamination in anatomy laboratories, the quality control of the embalming solutions and indoor air filtration of the dissection rooms should be checked at regular intervals. Members of Skermanella genus have been identified as environmental organisms in several studies, however, recent researches reported this bacterium as a human pathogen.Publication Open Access Distribution and drug resistance of pathogens isolated from patients with hematological malignancies in three-year period(2022-09-01) AKSU, MEHMET BURAK; Arabacı Ç., Aksu M. B.Objective: This study aimed to retrospectively analyze the 3-year findings of bacterial and fungal pathogens isolated from infections in patients with hematological malignancies.Methods: A retrospective analysis of 158 patients with hematological malignancies treated between January 2015 and December 2017 in Okmeydanı Training and Research Hospital, Istanbul, Turkey. A total of 3374 non-consecutive blood samples (n=1954) from 158 patients, urine samples (n=1024), wound swabs (n=94), respiratory samples (n=87), and other samples (CSF, body fluids, etc.) (n=215) were collected. Results: Pathogen growth was detected in 6% (203/3374) of the samples. The most frequently isolated pathogens are coagulase-negative staphylococci (CNS, 20%), E. coli (19%), Klebsiella sp. (17%), and yeasts (16%), followed by Pseudomonas sp., Acinetobacter sp. and Enterococcus sp. (7%, 6%, and 6%, respectively). Candida species were dominant in fungal isolates (26/32; 81.2%). The most commonly detected antibiotic resistance patterns and organisms are carbapenem-resistant Acinetobacter sp. (92%), methicillin-resistant CNS (83%), carbapenem-resistant Klebsiella sp. (65%), MRSA (57%), and vancomycin-resistant Enterococci (VRE, 42%). Conclusion: Bloodstream infections accounted for more than half of all infection episodes. Periodic examination of the clinical and microbiological profiles of infections developing in patients with malignancy is essential for successful treatment management.Publication Open Access Low-dose valacyclovir use with preemptive monitoring in kidney transplant recipients with intermediate cytomegalovirus infection risk(2022-01-01) VELİOĞLU, ARZU; ARIKAN, İZZET HAKKI; AŞICIOĞLU, EBRU; TUĞLULAR, ZÜBEYDE SERHAN; AKSU, MEHMET BURAK; VELİOĞLU A., Alagoz S., Atas D. B. , ARIKAN İ. H. , AŞICIOĞLU E., AKSU M. B. , Seyahi N., TUĞLULAR Z. S.PROPPublication Metadata only İNSAN İMMÜNYETMEZLİK VİRUS-1 (HIV-1) POZİTİF BİREYLERDE İNTEGRAZ GEN MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI(2023-03-21) AKSU, MEHMET BURAK; Özgüler K., Aksu M. B.İntegraz inhibitörleri (INI), viral integrazın etkisini inhibe ederek insan immün yetmezlik virüsü tip 1 (HIV-1) enfeksiyonunu tedavi etmek için kullanılan güçlü antiretroviral ilaçlardır. İntegraz genindeki mutasyonlar, tedavi başarısızlığı, hastalığın ilerlemesi ve ölümle sonuçlanan ilaç direncine neden olabilir. Bu çalışmada, HIV-1 ile enfekte hastalarda INI\"lerle ilişkili ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması amaçlanmıştır. İki yıllık bir dönemde (2018-2019) başvuran, viral yükü 200.000 kopya/mL\"nin üzerinde olan HIV-1 ile enfekte hastalardan alınan 50 plazma örneği çalışmaya dahil edildi. Viral RNA ekstraksiyonunu takiben, HIV-1 integraz gen bölgesinin ters transkripsiyonu, PCR amplifikasyonu ve ürünlerin DNA dizilimi gerçekleştirildi. Tespit edilen mutasyonlar, Stanford Üniversitesi HIVdb Programı kullanılarak analiz edildi. Toplam 37 örnekte ters transkripsiyon sağlandı; ancak yalnızca 18 örneğin DNA dizilemesi başarılı bir şekilde gerçekleştirildi ve analiz edildi. Tüm örneklerde integraz gen bölgesinde çeşitli mutasyonlar tespit edildi. Analiz edilen 18 örnekten 2\"sinde (%11.1) INI\"lere karşı dirence neden olan T97A ve Y143H mutasyonları saptandı. Viral integraz gen bölgesinde tespit edilen ilaç direnci mutasyonları; antiviral direnç testinin, INI sınıfı ilaçlar da dahil olmak üzere, etkili HIV tedavisinin temel bir bileşeni olduğunu göstermektedir.Publication Metadata only İnvaziv örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae suşlarında aminoglikozid direncinin araştırılması(2019-03-04) AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; ÜLGER, NURVER; Çelik T., Çavuşoğlu İ., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U., Ülger N.Aminoglikozitler, mikroorganizmaların protein sentezini inhibe ederek bakterisidal etki gösteren geniş spektrumlu antibiyotiklerdir. Gram pozitif ve özellikle gram negatif patojenlerin yol açtığı ciddi enfeksiyonların tedavisinde, genellikle beta-laktam grubu antibiyotiklerle kombine edilerek kullanılırlar. Ancak, bakterilerde aminoglikozitlere karşı artan oranda direnç gelişmektedir. Dirence, başta ilacın enzimatik modifikasyonu olmak üzere dış membran geçirgenliğinde azalma, aktif efluks, ribozomal proteinlerde amino asit yer değişimi gibi direnç mekanizmalarından bir veya daha fazlası neden olmaktadır. Bu çalışmada invaziv klinik örneklerden izole edilmiş Klebsiella pneumoniae izolatlarında aminoglikozitlere dirençten sorumlu olabilecek mekanizmaların araştırılmıştır. Marmara Üniversitesi Hastanesi’nde 2016 yılında, 35’i kandan olmak üzere steril vücut sıvılarından izole edilen 38 K.pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. Rutin antibiyotik duyarlılık testinde (VİTEK2 Compact, Biomerieux) amikasin ve gentamisinden birine veya ikisine dirençli bulunan izolatlara standart sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle (EUCAST version 1.0), amikasin, gentamisin, tobramisin ve netilmisinin minimum inhibitor konsantrasyonları (MIK) belirlenmiştir. Bu izolatlarda aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan genler, aac(6’)-1, aac(3)-II, aac(3)-I ve ant(2’’)-1, ve yüksek düzey dirençten (≥128 mg/L) sorumlu olabilecek ribozomal metiltransferaz enzimlerini kodlayan armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH and npmA genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri dizi analiziyle (GATC Biotech AG, Konstanz, Germany) doğrulanmıştır. İzolatların 32’si aminoglikozitlerin tamamına duyarlı bulunmuştur. Diğer 6 izolatın 2’si dört aminoglikozite de yüksek düzeyde dirençli (>256 mg/L) bulunmuştur. Bu izolatlarda aynı zamanda ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geni saptanmıştır. Dört izolatın ise en az bir aminoglikozite direnç olduğu, aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan aac(6’)-1 (n:1), aac(3)-II(n:1), aac(6’)-1 + aac(3)-II (n:2) genlerini bulundurduğu saptanmıştır. Panik değeri olan klinik materyallerden izole edilen 38 K. pneumoniae izolatlarının 6’sı (%16) aminoglikozitlere dirençli ve bunlardan ikisi tüm aminoglikozitlere yüksek düzeyde dirençli bulunmuş, direncin ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geniyle ilişkili olduğu saptanmıştır. Yapılacak benzer çalışmalar, metiltransferazlardan kaynaklanan aminoglikozit direncinin izlenmesi ve bu enzimleri kodlayan genlerin yayılımının önlenmesi bakımından önem taşımaktadır.