Faj gösterim teknolojisi yardımıyla Hepatit B yüzey antijenine karşı peptit yapıların bulunması ve DNA analizi ile karakterizasyonları - Balcıoğlu, Bertan Koray (My University, 2003)
Viral hepatitler, insan sağlığı için en tehlikeli ve yaygın infeksiyon hastalığı gruplarından birini oluşturmaktadır. Siroz ve karaciğer kanserinin oluşmasında Hepatit B virüs infeksiyonunun önemli oranda rol aldığı bilinmektedir. Dünyada yılda yaklaşık 1 milyon insanın Hepatit B virüsüne bağlı karaciğer hastalıkları nedeniyle ölmesi, HBV virüsüne ve Hepatit B hastalığına karşı yapılan tedavi ve tanı amaçlı araştırmaların gerekliliğini göstermektedir. Tez kapsamında, peptit faj gösterim teknolojisinin kullanılmasıyla hepatit B yüzey antijenini (HBsAg) tanıyan 7 amino asitlik (heptamerik) peptit yapıların elde edilmesine çalışılmıştır. Bu amaç doğrultusunda, heptamerik peptit faj kütüphanesi sabit bir matriks üzerine kaplanmış olan hepatit B yüzey antijenine karşı, biopanning yöntemi ile taranmıştır. Biopanning aşaması sonrasında seçilen 60 adet faj klonunun HBsAg'ye bağlanma özellikleri faj ELISA yöntemiyle test edilmiştir. Bu test sonucunda altmış klondan, HB2, HB9 ve HB17 olarak adlandırılmış olan üç klonun HBsAg'ye bağlanma özelliğinin olduğu tespit edilmiştir. Bu üç klonun DNA dizilimleri otomatik dizi analizi cihazı ile elde edilmiş ve HB2 ile HB9 faj klonunun heptamerik peptit dizisini kodlayan bölgenin aynı nükleotit dizisine sahip olduğu tespit edilmiştir. Ancak daha sonra bu klonların zayıf ta olsa sığır serum albümini (BSA) ile çapraz cevap verdikleri belirlenmiştir. Bu nedenden dolayı HBsAg'yi yüksek özgünlükte tanıma özelliğine sahip faj klonlarının belirlenmesi için biopanning yönteminde değişiklikler yapılarak ikinci tur biopanning işlemi gerçekleştirilmiştir. Bu ikinci tur aşamasında heptamerik peptit kütüphanesi öncelikle BSA ile karşılaştırılarak, BSA'yı tanıyan faj yapılarının ortamdan uzaklaştırılması sağlanmıştır. Bu aşamadan sonra fajlar HBsAg ile karşılaştırılarak bu antijeni tanıyan faj yapıların elde edilmesine çalışılmıştır. Ancak peptit faj gösterim teknolojisi kullanılarak yapılan iki biopannig taraması sonucunda HBsAg'yi yüksek özgünlükte tanıma özelliğine sahip peptit yapıları bulunamamıştır. Yüksek özgünlükte hepatit B virüsü yüzey antijenine bağlanma özelliğine sahip peptit fajların elde edilmesi için biopanning şartlarının optimizasyonu yapılıp, çapraz cevap olasılığını azaltmak için saf HBsAg kullanılarak çalışmaların sürdürülmesi düşünülmektedir. The aim of this project is to identify peptides which have the ability to bind the hepatitis B virus surface antigen (HBsAg) after screening a phage display peptide library. Hepatitis B virus (HBV) is one of the world's most widespread infectious agent. Approximately 1 million people die from hepatitis B associated liver disease like cirrhosis and hepatocellular carcinoma. This shows why the research on the diagnosis and therapy of Hepatitis B infection is important and necessary. Phage displayed technology is used for our research. Phage displayed peptide technology is based on a molecular diversity technology that allows the presentation of peptide on the surface of filamentous phage. In the present work, a heptameric peptide library is screened against the hepatitis B surface antigen (HBsAg) via biopanning methods. Sixty phage clones were randomly selected and tested by ELISA assay. Three clones, HB2, HB9 and HB17 have shown binding ability to HBsAg but they also have given cross reaction with bovin serum albumine (BSA). These three clones have been sequenced by Sanger methods and analized with the otomated DNA sequencer (Beckman Coulter,CEQ 8000). After DNA sequencing, datas showed that HB2 and HB9 clones were identical. In the aim of obtaining HBsAg specific peptides, a new biopanning experiment has been made. After two different biopanning, no HBsAg specific peptides has been identified. In order to obtain HBsAg specific peptides, optimization of the biopanning experimental conditions utilizing of pure HBsAg for the future experiments to minimize the cross reaction possibility, is being considered.
Keywords: Hepatit B; Tıbbi Biyoloji