Üçlü negatif meme kanseri tedavisinde epigenetik ajan sgı-1027 kullanımı ve pregnane x reseptör gen anlatımının epigenetik düzenlenmesine etkisi - Kibar, Tuçe (My University, 2025)
Üçlü Negatif Meme Kanseri Tedavisinde Epigenetik Ajan SGI-1027 Kullanımı ve Pregnane X Reseptör Gen Anlatımının Epigenetik Düzenlenmesine Etkisi Amaç: Üçlü negatif meme kanseri (ÜNMK), diğer meme kanseri alt tiplerine göre daha agresif bir klinik seyir göstermektedir. Epigenetik bir modifikasyon olan DNA metilasyonu, kanser dahil çeşitli hastalıkların gelişiminde rol oynamaktadır. Bu bağlamda, DNA metiltransferaz (DNMT) inhibitörlerinin terapötik potansiyeli dikkat çekmektedir. Bu çalışmanın amacı, DNMT inhibitörü SGI-1027’nin ÜNMK’de terapötik etkinliğinin belirlenmesi ve PXR promotör bölgesindeki DNA metilasyon profili üzerindeki etkisinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, ÜNMK modeli MDA-MB-231 (ER-, PR-, HER2-) ve östrojen reseptör pozitif MCF-7 hücre hatları kullanılmıştır. SGI-1027’nin sitotoksik etkisi, DNMT1 ve PXR gen anlatım düzeyleri ile PXR geninin CpG metilasyon profili değerlendirilmiştir. IC₅₀ konsantrasyonları belirlendikten sonra, 5 μM SGI-1027 uygulanan hücrelerde DNMT1 ve PXR gen anlatımı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle analiz edilmiştir. DNA örneklerinde bisülfit dönüşümü gerçekleştirilmiş, PXR promotör bölgesine ait CpG adaları amplifiye edilerek metilasyon durumu PZR ve dizi analiziyle değerlendirilmiştir. Bulgular: SGI-1027, doza bağlı olarak sitotoksik etki göstermiş; 48 saatlik maruziyet sonunda MDA-MB-231 hücrelerinde IC₅₀ değeri 11,8 µM, MCF-7 hücrelerinde ise 18,1 µM olarak hesaplanmıştır. DNMT1 gen anlatımı, SGI-1027 uygulanan hücrelerde 0,4 kat; PXR gen anlatımı ise 1,9 kat azalmıştır ve bu farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (sırası ile (p=0,001) ve (p=0.003). Bisülfit dizileme sonuçları, SGI-1027’nin PXR promotör bölgesindeki metilasyon oranlarını hücre tipine bağlı olarak farklı şekilde etkilediğini göstermiştir; metilasyon MDA-MB-231 hücrelerinde azalırken MCF-7 hücrelerinde artmıştır. Sonuç: SGI-1027’nin düşük dozlarda dahi DNMT1 ve PXR gibi hedef genler üzerinde baskılayıcı etki göstermesi, bu bileşiği epigenetik temelli antikanser tedavi stratejilerinde potansiyel bir aday hâline getirmektedir.

Use of the Epigenetic Agent SGI-1027 in the Treatment of Triple Negative Breast Cancer and its Effect on Epigenetic Regulation of Pregnane X Receptor Gene Expression Objective: Triple-negative breast cancer (TNBC) exhibits a more aggressive clinical progression compared to other breast cancer subtypes. DNA methylation, an epigenetic modification, plays a key role in the development of various diseases, including cancer. In this context, DNA methyltransferase (DNMT) inhibitors have attracted attention due to their therapeutic potential. This study aimed to evaluate the therapeutic efficacy of the DNMT inhibitor SGI-1027 in TNBC and to investigate its effects on the DNA methylation profile of the PXR promoter region. Materials and Methods: TNBC model MDA-MB-231 (ER-, PR-, HER2-) and estrogen receptor-positive MCF-7 cell lines were used in this study. The cytotoxic effect of SGI-1027, as well as DNMT1 and PXR gene expression levels and the CpG methylation profile of the PXR gene, were evaluated. After determining IC₅₀ concentrations, 5 µM SGI-1027 was treated to the cells, and DNMT1 and PXR gene expressions were analyzed by quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR). DNA samples were subjected to bisulfite conversion, and CpG islands in the PXR promoter region were amplified and analyzed via PCR and sequencing. Results: SGI-1027 exhibited dose-dependent cytotoxicity. The IC₅₀ values were calculated as 11,8 µM for MDA-MB-231 and 18,1 µM for MCF-7 cells following 48-hour exposure. SGI-1027 treatment resulted in a 0,4-fold decrease in DNMT1 expression and a 1,9-fold decrease in PXR expression, both statistically significant (respectively (p=0.001) and (p=0.003). Bisulfite sequencing results demonstrated that SGI-1027 differentially affected PXR promoter methylation in a cell type–dependent manner; methylation decreased in MDA-MB-231 cells, whereas it increased in MCF-7 cells. Conclusion: SGI-1027 demonstrated suppressive effects on both DNMT1 and PXR genes even at low concentrations, suggesting its potential as a candidate agent in epigenetically targeted anticancer therapies.
Use of the epigenetic agent sgı-1027 in the treatment of triple negative breast cancer and its effect on epigenetic regulation of pregnane x receptor gene expression
Keywords: Breast cancer; DNA methylation; DNA metilasyonu; DNMT inhibitors; DNMTinhibitörü; Meme kanseri; pregnane x receptor; pregnane x reseptörü SGI-1027; SGI-1027; triple-negative breast cancer; üçlü negatif meme kanseri