Go proteini betagama alt biriminin etkileitiği olası efektörlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi - Güzel, Gonca (My University, 2015)
Go Proteini Betagama Alt Biriminin Etkileştiği Olası Efektörlerin Biyoinformatik Araçlarla Belirlenmesi Amaç: Sinyal iletisinde görev alan G proteini âã alt biriminin etkileştiği efektör proteinlerin bir kısmı belirlenmiş olmasına karşın, elde edilen deneysel bulgular eksik ve yetersizdir. Bu çalışmada, âã alt biriminin etkileştiği efektör proteinler ve bu proteinlerle olası etkileşimleri hesaplamalı yöntemlerle belirlenmeye amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Tez çalışması kapsamında öncelikle olası efektör proteinlerin amino asit dizileri elde edilmiş, bu diziler çoklu olarak hizalanmış ve spesifik motifler araştırılmıştır. Bu veriler kullanılarak veri tabanlarından benzer proteinler belirlenmiştir. Üçüncül yapısı bilinmeyen proteinlerin üçüncül yapısı benzeşim modellemesi ile elde edilmiştir. Elde edilen yapılar sulu ortamda moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak iyileştirilmiştir. Daha sonra bu yapıların âã alt birimi ile etkileşimi docking yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular ve sonuçlar: Docking simülasyonu sonrasında elde edilen veriler, olası bazı efektör proteinlerin âã alt birimi ile etkileşime girme potansiyelleri olduğunu düşündürmektedir. Bu potansiyel etkileşimlerin deneysel yöntemlerle doğrulanması gerekmektedir. Anahtar Sözcükler: G proteini, docking simülasyonu, moleküler dinamik simülasyon, benzeşim modellemesi.

Investigating the Interactions between Beta-Gamma Subunit of Go Protein and its Candidate Effector Proteins by Bioinformatics Tools Aim: Although potential effectors that interact with âã subunits of G proteins in signal transduction are partially known, experimental findings are not enough to elucidate the complete interactions. The aim of this study is to determine the other probable effectors of âã subunits of G protein and the interactions between âã subunits and effector proteins using computational methods. Materials and methods: During the study, amino acid sequences of potential effector proteins were obtained and aligned by multiple alignment tools to determine the specific motifs in the protein family. Using these data, similar protein sequences were obtained from biological databases. The tertiary structure of effectors was determined using homology modeling and refined by molecular dynamics simulation. Then possible interactions between Go protein and effector proteins were studied using docking simulation method. Results and conclusions: Results obtained from docking simulations point out some specific interactions between Go protein and effector proteins. All these potential interactions need to be confirmed by experimental studies. protein, docking, molecular dynamics simulation, homology modeling.
Keywords: Biyofizik