Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi - Deniz, Sibel (My University, 2013)
Bu çalışmada, hücre sinyal ileti sisteminin en önemli bileşenlerinden biri olan, insandaki sinyal ileti proteinlerinin yaklaşık üçte birini oluşturan G proteinlerin efektörleri ile olan etkileşimleri üzerine çalışılmıştır. Birçok biyolojik işlevde görev alan G protenleri birçok hastalığın doğrudan nedeni veya etkenlerinden biridir. Go proteini büyük oranda merkezi sinir sisteminde bulunmakta ve işlevi henüz bilinmemektedir. Ancak Go’nun beyin dokusunda yoğun olarak bulunması, birçok fizyolojik ve patolojik nörolojik süreçte görevi olabileceğini düşündürmektedir. Go’nun etkileştiği bazı efektörler bildirilmiş olmasına karşın bulgular yetersiz ve eksiktir. Yapılan bu çalışma ile Go’nun etkileştiği düşünülen bu efektörler ile etkileşime geçip geçemeyeceğinin teorik olarak incelemesi yapılmış ve daha sonra da bunlar dışında etkileşime geçebileceği diğer efektörler araştırılmıştır. Çalışma kapsamında öncelikle Go ve efektör proteinlerin amino asit dizilerinden hareketle olası efektörler belirlenmiştir. Sonraki aşamada Go proteninin ve efektör proteinlerin üçüncül yapılarından hareketle etkileşimin topografik olarak olası olup olmadığı docking algoritmaları ile test edilmiştir. Ardından moleküler dinamik ve kinetik simülasyonlar kullanılarak etkileşimin karakteristiği belirlenmiştir. Böylece, belirlenen olası efektör proteinlerin Go’nun işlevi hakkında önemli bilgiler sunması, G proteini ve efektör etkileşiminin daha net olarak anlaşılmasına katkıda bulunması amaçlanmış ve çalışma bu yönde gerçekleştirilmiştir. AUTODOCK, docking, G proteini, moleküler dinamik simülasyon, protein-protein etkileşimi. Determination of Possible Effectors of Go Protein Alpha Sub-Type by Bioinformatic Tools In this study, the interactions of one of the most important components of the cell signal transduction system, the G proteins' - that constitute one third of the human signal transduction proteins- with its effectors is studied. G proteins that are involved in many biological functions are the directly reason of many illnesses or one of the factors of illnesses. Go proteins are mostly in nervous system and their functions are not known yet. However Go is being in brain tissue densely, it is thought that it has many functions in physiological and pathological neurological process. Altough some of the effectors that has interacted with Go are reported, findings are inadequate and incomplete. With this study it is theoretically researched if Go’s possible effectors can be interacted with Go or not. And then It is researched that if there are any other effectors that can be interacted with. In the study firstly potential effectors are determined from the Go and effector proteins amino acid sequences. In the next stage it is tested if the interactions are topographicly potential or not with the help of tertiary structures of Go proteins and effector proteins. Then, characteristic of the interaction is determined by using the kinetic simulations and molecular dynamics. Thus, determined possible effector proteins offer important information about the function of Go proteins and increase understanding of G protein and effector interactions. And the study conducted in this direction. Key words: AUTODOCK, docking, G protein, protein-protein interaction, molecular dynamic simulation.
Keywords: Biyofizik