İdiyopatik pulmoner fibrozise yönelik moleküler belirteçlerin sistem biyolojisi yaklaşımları ile belirlenmesi - KASAVİ, CEYDA (My University, 2023)
Giriş ve Amaç: İdiyopatik pulmoner fibrozis (İPF), hücre dışı matriks birikimi ve alveollerin duvarlarının sertleşmesi ya da kalınlaşması sonucu akciğer dokusunun skarlaşması nedeniyle değişen mekanik özellikleri ile karakterize, ciddi ve ilerleyici bir akciğer hastalığıdır. Hastalığın seyri değişkendir, ancak tanı sonrası ortalama sağkalım süresi 2-4 yıl olarak belirtilmektedir. Bu nedenle, hastalığın altında yatan moleküler mekanizmaların aydınlatılması ve sistemik biyobelirteçlerin belirlenmesi kişiselleştirilmiş bir bakış açısıyla hastalığın teşhisi ve tedavisine yönelik stratejiler geliştirmek için büyük önem taşımaktadır. Gereç ve Yöntem: Mevcut çalışmada, İPF ile ilişkili dört gen ekspresyon veri setinin metaanalizi gerçekleştirilmiştir. Bu amaca yönelik olarak, veri setlerinde anlatımı önemli ölçüde değişim gösteren ortak genler ve ilişkili oldukları moleküler mekanizmalar saptanmıştır. BioGRID veri tabanı kullanılarak bu genler etrafında bir protein-protein etkileşim ağı kurulmuş, bu ağda merkezi görevi olan çekirdek proteinler tespit edilmiş ve entegre analizler ile çevresinde önemli düzeyde gen ekpresyon değişikliği en çok olan farklı seviyelerdeki işaretçi moleküller (metabolit, transkripsiyon faktörleri (TF) ve miRNA’lar) belirlenmiştir. Bulgular ve Sonuç: Gerçekleştirilen meta-analiz çalışması İPF varlığında 533 genin anlatımının istatistiksel olarak önemli ölçüde değiştiğini göstermiş, fonksiyonel zenginleştirme analizleri bağışıklık, kardiyovasküler hastalık ve çeşitli kanser yolaklarının IPF ile ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca, İPF varlığında bazı enfeksiyon hastalıkları ve karbonhidrat mekanizmaları ile ilişkili metabolitlerin öne çıktığı görülmüştür. Sonuç olarak, IPF ile ilişkili 12 çekirdek protein (TMPRSS4, HSPA4L, ESR2, PFKP, FHL2, RUNX1, NGFR, ARRB1, SPTBN1, PAK4, EPAS1 ve CLEC4E) tespit edilmiş, 31 metabolit, iki TF ve 85 miRNA işaretçi molekül olarak tanımlanmıştır. Elde edilen bulgular, önemli olduğu belirlenen bu molekülleri İPF’ye yönelik potansiyel hedefler olarak göstermektedir.
Keywords: Biyobelirteçler; Biyoinformatik; İdiopatik Pulmoner Fibrozis; İnsan Biyolojik Ağları; Sistem Biyolojisi; Transkriptom