İnfluenza virüsü ns1 proteini ile ilişkili hücresel faktörlerin maya ikili-hibrid metodu ile saptanması - Pirinçal, Ayşegül (My University, 2014)
İnfluenza A virüsleri Orthomyxoviridae ailesi içerisinde sınıflandırılan membranlı virüslerdir. Bu virüsler tek iplikli negatif polarite gösteren sekiz adet RNA molekülünden oluşan bir genoma sahiptir. Bu tez çalışmasına konu olan NS1 proteini viral genomun en küçük fragmenti olan sekizinci segment üzerinden kodlanır. NS1 proteini konak hücrelerde, infeksiyonun erken evrelerinde en fazla sentez edilen protein olmakla birlikte virüs partikülünde bulunmaz. Dolayısıyla yapısal olmayan (ing. NS: Non-Structural) bir proteindir. Bununla birlikte influenza virüsü replikasyonu için hayati öneme sahip işlevler üstlenir. NS1 proteininin en önemli işlevinin konak interferon savunma mekanizmalarını etkisiz hale getirmek olduğu bilinmektedir. Bu tez çalışmasında influenza virüs patogenezi açısından önemli bir viral etken olan NS1 proteini ile ilişkili konak proteinlerinin saptanması hedeflendi. Bunun için, proteinler arası ilişkilerin saptanmasında etkin bir metot olan maya ikili-hibrid metodundan yararlanıldı. İnsan ve kuş tipi influenza A virüsü NS1 proteinleri bait (yem) olarak kullanılarak HEK293 hücresi cDNA’ları üzerinden kodlanan proteinler bu metot ile tarandı. NS1 proteini ile ilişkili olabilecek 14 aday gen belirlendi. Bu genlerden EEF1G ve PSMB4 genlerinin tam dizileri memeli hücrelerinde yapılması planlanan çalışmalarda kullanılmak üzere pCHA memeli ekspresyon vektörüne de aktarıldı. Diğer aday genler ise NKG1 - NKGn (NKG: NS1 ile ilişkili Konak Genler) olarak kodlandı. Belirlenen aday proteinlerin NS1 proteini ile nasıl bir etkileşim içerisinde oldukları ve bu proteinlerin influenza virüs replikasyonunu nasıl etkileyeceği konuları bu tez çalışması kapsamında ele alınmadı. Bu proteinlerin etki mekanizmalarının aydınlatılması her bir aday proteinin tek tek ele alınarak üzerinde ayrıntılı çalışmaların yapılmasını gerektirmektedir. Elde edilecek veriler viral patojenler ile mücadelede temel dayanak noktası olacaktır. Dolayısıyla NS1 proteini ile ilişkili bu aday proteinlerin etki mekanizmaları ileride yapılması planlanan çalışmalarda ele alınacaktır. nfluenza, İnterferon, Maya ikili-hibrid Metodu, NS1 proteini, Saccharomyces cerevisiae

Investigation of the Relationship between Influenza Virus NS1 Protein and Cellular Factors with Yeast Two-Hybrid Assay Influenza A viruses are enveloped viruses classified in Orthomyxoviridae family. These viruses have a genome composed of eight single-stranded, negative sense RNA molecules. NS1 protein, which is the subject of this thesis, is encoded on the eighth segment, the smallest segment of the viral genome. NS1 protein is most abundantly synthesized in the early stage of infection in host cells, but not included in the virus particules. Therefore, it is a non-structural (NS) protein. However it has a vital importance for influenza virus replication. It is known that one of the most important functions of the NS1 protein is to block the host interferon defense mechanisms. In this work, it was aimed to detect of the host cellular proteins related with influenza virus NS1 protein that is an important viral factor in terms of the pathogenesis of these viruses. For this aim, yeast two-hybrid method, an effective method for searching of the relationship between proteins, was used. Human and avian influenza A virus NS1 protein was used as a bait and assayed for interaction with the proteins encoded by cDNAs of HEK293 cells. Fourteen candidate genes that may be related with the NS1 protein were determined. Among these genes, the full length sequence of PSMB4 and EEF1G gene were cloned in pCHA, a mammalian expression vector, to use in research that will be carried out with mammalian cells in future. The other candidate genes were named as NKG1 - NKGn. How the specified candidate proteins interact with NS1 protein and how effect influenza virus replication were not been evaluated within the scope of this thesis topic. Elucidation of the action mechanisms of these proteins require detailed studies on each candidate protein, one by one. Data obtained in this works will be base for fighting against viral pathogens. Therefore, the action mechanisms of candidate proteins as NS1 interactor will be the topic for future research projects. Influenza, Interferon, Yeast Two-Hybrid Assay, NS1 protein, Saccharomyces cerevisiae
Keywords: Biyokimya