Yeni nesil dizileme analizi ıle saptanan gen/psödogen varyantlarının ayrıştırılmasında kullanışlı bir araç: Haplotip analizi - SÖYLEMEZ, MEHMET ALİ; GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ATA, PINAR (My University, 2021)
Giriş: Lynch Sendromu, diğer adıyla Herediter Nonpolipozis Kolon Kanseri (HNPCC), kolorektal kanserler başta olmak üzere gastrointestinal sistem kanserleri, endometrium kanseri, meme kanseri gibi kanserlerle karşımıza çıkan kalıtımsal bir kanser yatkınlık sendromudur. Hatalı eşleşme tamir genlerindeki (MMR genleri: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 ve EPCAM) mutasyonlar Lynch Sendromuna neden olmaktadır. Olgu: Tarafımıza endometrium kanseri tanısı ile yönlendirilen 69 yaşında kadın olgu polikliniğimizde değerlendirildi. Olgunun 3 yıl önce kolon kanseri tanısı nedeniyle yapılan rutin takiplerinde endometrial kitle saptanması üzerine yapılan total abdominal histerektomi öyküsü mevcuttu. Pedigri analizinde kanser öyküsü bulunmayan hasta izole vaka olarak değerlendirildi. Patolojik değerlendirmesinde endometrial kanser tanısı alan hastanın tümör dokusunda yüksek mikrosatellit instabilitesi ve PMS2 ekspresyon kaybı saptandı, MLH1 hipermetilasyonu ve BRAF V600E mutasyonu saptanmadı. Periferik kandan DNA izolasyonu (QIAamp DNA Mini Kit, QIAGEN Germantown, MD USA) sonrası MLH1 ve PMS2 genleri Illumina MiSeq platformunda, HNPCC MASTR Plus (Multiplicom, Agilent,CA,USA) kiti kullanılarak yeni nesil dizi analizi yöntemiyle değerlendirildi. MLH1 geninde mutasyon saptanmayan olguda PMS2 geni ekzon 11’de heterozigot 47bç bir duplikasyon saptandı (c.1362_1407dup; p.Pro470Valfs*3). Mutasyon veri tabanlarında tanımlı değildi, çerçeve kaymasına yol açarak erken stop kodonuna sebep olması beklendiğinden patojenik bir varyant olarak değerlendirildi. Ancak pseödogen nedeniyle tahmin ettiğimiz gibi kopya sayı analizinde ekzon 11’in 4 kopya olduğu görünmekteydi. Amplikon değerlendirildiğinde bu bölgede PMS2CL ile PMS2 arasında kısmen düşük bir homoloji olduğu dikkat çekiciydi (%96). Farklı olan nükleotidlerin değerlendirilmesi ile yapılan haplotip analizinde insersiyonun olduğu okumaların tamamıyla PMS2 genine ait olduğu ortaya koyuldu. Sonuç: Psödogenler moleküler tanıyı zorlaştıran bir problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Gen ile psödogenleri arasındaki minimal farklılıkları kullanarak saptanan mutasyonun gen veya psödogen üzerinde olduğunu belirlemek ek yöntemler gerektirmektedir. Bu durum tanıda gecikmelere yol açması ve ek olanaklar gerektirmesi bakımından klinik pratikte zorluklara yol açmaktadır. Bu çalışmada yeni nesil dizileme yönteminin tek bir DNA ipliğine ait diziyi ortaya koyma avantajı kullanılarak amplikondaki tek nükleotid varyasyonları (SNVs) analiz edilmiş ve amplikonun kopyalandığı DNA molekülünün tamamıyla PMS2 genine ait olduğu gösterilmiştir. Varyasyonun psödogene ait olduğundan şüphelenildiğinde amplikonun bilgi verici SNV’ler açısından değerlendirilmesi ek tetkik gereksinimini ortadan kaldırarak zaman kazandıracak ve gereksiz harcamaları da azaltacaktır.
Keywords: Psödogen; Lynch Sendromu; PMS2; PMS2CL