Bacteroides fragilis grubu izolatların klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline duyarlılıkları ve dirençten sorumlu tet ve ermF genlerini barındırma durumları - SAYIN, ELVAN; ÜLGER, NURVER (My University, 2021)
Amaç: Bu çalışmada Bacteroides fragilis grubu (BFG) bakterilerin klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline direnç durumlarını saptamak, direnç oluşumundan sorumlu direnç genlerinin dağılımını belirlemek amaçlanmıştır. Yöntem: Hastanemizde Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 82 BFG izolatı MALDI-TOF MS ile tanımlanmış, antimikrobiyallere duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)’in önerdiği agarda dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Aynı izolatlarda, antibiyotik direnç genlerinden tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36 ve ermF varlığı PCR ile araştırılmıştır. Bulgular: Batın içi apsesi (n=36), dokudan biyopsi (n=16), kan (n=14) ve diğer steril vücut sıvıları (n=12) gibi çeşitli klinik örneklerden üretilen 82 BFG izolatı tür düzeyinde; Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) ve Parabacteroides distasonis (n=6) olarak tanımlanmıştır. İzolatların %54,9’u klindamisine, %84,1’i tetrasikline, %4,9’u tigesikline dirençli bulunmuş, tür düzeyinde irdelendiğinde B. fragilis suşlarına göre diğer BFG türlerinde direnç daha fazla saptanmıştır. İzolatların yalnızca %7,3’ü bu üç antibiyotiğe birden duyarlılık sergilemiştir. Klindamisine dirençten sorumlu ermF geni, genel anlamda izolatların %57.3’ünde saptanmış, B. thetaiotaomicron türünde %70,6 ile en yüksek oranda bulunmuştur. Diğer direnç genlerinden tet pozitiflikleri %18,8’den %66,7’ye değişen oranlarla türler arasında dağılım göstermiştir. Genel anlamda tetQ gen pozitifliği diğer tet genlerine göre daha fazla bulunmuştur. İzolatların yalnızca %6’sında direnç genlerine rastlanmamıştır. Sonuç: BFG izolatlarımızın klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline direnç durumları ve bu antibiyotiklere direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır. Elde ettiğimiz bilgiler, yapmayı hedeflediğimiz BFG türleri içinde veya başka bakteriler arası direnç aktarımı çalışmalarına bir başlangıç oluşturması bakımından önemlidir

Objective: We aimed to determine the resistance of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria to clindamycin, tetracycline and tigecycline and establish the distribution of related resistance genes. Method: In total 82 BFG strains, isolated from different clinical samples between January 2017 and December 2018, were identified by MALDI-TOF MS. Their antimicrobial sensitivities to were determined using agar dilution methodology (CLSI; M11-A7). The tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36, and ermF genes were investigated by PCR. Results: Eighty-two strains of BFG bacteria, isolated from intra-abdominal abscess (n=36), tissue biopsy (n=16), blood (n=14) and other sterile body fluids (n=12), were identified as Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) and Parabacteroides distasonis (n=6). The resistance rates to clindamycin, tetracycline and tigecycline were 54.9%, 84.1%, 4.9%, respectively. Non-B. fragilis isolates were more resistant than B. fragilis strains. In total, 57.3% of the isolates were ermF gene positive, while B. thetaiotaomicron had the highest rate (70.6%). The tet gene positivity ranged from 18.8% to 66.7% among species. The tetQ gene positivity was higher than other tet genes. The 92.7% of the isolates were resistant to at least one antibiotic, while 94% had at least one resistance gene. Conclusion: This study provided data on antimicrobial resistance of our BFG isolates to clindamycin, tetracycline and tigecycline and the related resistance genes. However, our information obtained could also be a starting point for further investigation of the antibiotic resistance mechanisms of Bacteroides species, as well as, resistance transfer among BFG isolates and other bacteria.
Keywords: Bacteroides; klindamisin; tetrasiklin; tigesiklin; tet geni; ermF geni; clindamycin; tetracyclin; tigecycline; tet gene; ermF gene