Browsing by Author "Nematipour, Seda"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    In silico characterization of the klebsiella pneumoniae tetrahydrodipicolinate n-succinyl transferase enzyme and identification of potential inhibitors
    (05/07/2023) Nematipour, Seda; Asğ Erdem, Safiye; Mutlu, Özal; Marmara Üniversitesi; Fen Bilimleri Enstitüsü; Kimya Anabilim Dalı; Organik Kimya Bilim Dalı
    KLEBSIELLA PNEUMONIAE TETRAHİDRODİPİKOLİNAT N-SÜKSİNİLTRANSFERAZ ENZİMİNİN İN SİLİKO KARAKTERİZASYONU VE POTANSİYEL İNHİBİTÖRLERİN TESPİTİAntimikrobiyal direnç (AMR), acil tedavi geliştirilmesi gereken küresel bir sağlık sorunudur. Bitkilere ve bakterilere özgü lizin biyosentez yolağının inhibe edilmesi memelilerde en az yan etkiye neden olacağı için yeni antibiyotik tasarımı açısından uygundur. İlaç geliştirilmesi için gereken süre ve maliyet gözönüne alındığında ilaç yeniden hedefleme yöntemlerinin kullanımı ve geliştirilmesi gelecek vadeden bir stratejidir. Bu tez çalışmasında dirençli bir bakteri türü olan Klebsiella Pneumoniae lizin biyosentez yolağının inhibisyonu çalışılmıştır. Bu yolakta önemli olan tetrahidrodipikolinat N-süksiniltransferaz (DapD) enzimi hedef olarak seçilmiştir. Enzimin bilinen bir üç boyutlu yapısı bulunmadığından dolayı bir homoloji modeli oluşturumuş ve valide edilmiştir. Bu model yüksek hacimli sanal tarama yöntemi kullanılarak 5903 adet onaylı ve deneysel ilaç molekülleri içeren bir ilaç kütüphanesine karşı taranmıştır. 6 tanesi onaylanmış olmak üzere 18 potansiyel yeniden hedefleme adayı keşfedildi. Enzimin koenzim A ile 150 ns moleküler dinamik simülasyonu ve doking sonuçlarına göre en iyi iki ligand ile 150 ns moleküler dinamik simülasyonları yapıldı. Ligandlar ile enzimin aktif bölgesi arasındaki etkileşimler analiz edildi ve değerlendirdi. Bu in siliko çalışma sonucunda, alendronat ve alfa-fosforibosilpirofosforik asit, Klebsiella pneumoniae enfeksiyonlarına yönelik umut verici aday antibakteriyel bileşikler olarak tespit edilmişitr. Bu iki bileşiği daha ileri deneysel testler için önermekteyiz.