Person:
HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK

Profile Picture

Email Address

Birth Date

Research Projects

Organizational Units

OrgUnit Logo
Organizational Unit

Job Title

Last Name

HASDEMİR GÖKBOĞA

First Name

MÜNEVVER UFUK

Name

Filters

2013 - 201962020 - 20239
Reset filters

Settings

Author: ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN × Start date: 2000 ×

Search Results

Now showing 1 - 10 of 15
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Performance of RESIST-3 OKN K-SeT immunochromatographic assay for the detection of OXA-48 like, KPC, and NDM carbapenemases in Klebsiella pneumoniae in Turkey
    (SPRINGER, 2018) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Sagiroglu, Pinar; Hasdemir, Ufuk; Gelmez, Gulsen Altinkanat; Aksu, Burak; Karatuna, Onur; Soyletir, Guner
    In this study, the performance of the RESIST-3 O.K.N. K-SeT (Cofis BioConcept, Gembloux, Belgium) immunochromatographic assay was evaluated in 132 Klebsiella pneumoniae comprising 102 carbapenem resistant and 30 carbapenem susceptible isolates. Genotypically known isolates of Gram negative bacteria (n = 22) including various species were also tested by the assay as controls. The isolates tested by the immunochromatographic assay and also were run PCR for bla(KPC), bla(VIM) bla(NDM), and bla(OXA-48). The rates of bla(NDM), bla(OXA-48), and bla(KPC) in carbapenem resistant isolates were found at 52.9%, 39.2%, and 2.0%, respectively. Both bla(NDM) and bla(OXA-48) were found in six (5.9%) isolates. The results of the assay showed 100% concordance with those obtained by PCR in 132 K. pneumoniae. The agreement between the two methods was found to be identical at the isolate level. The assay also correctly detected all genotypically known isolates of Escherichia coli, Serratia marcescens, Citrobacter freundii, Enterobacter cloacae, K. pneumoniae carrying bla(KPC), bla(NDM), and/or bla(OXA-48). On the other hand, the assay did not exhibit any cross-reaction in control isolates harboring bla(IMP) and bla(VIM). We conclude that the RESIST-3 O.K.N. K-SeT is a reliable, rapid, and user friendly test and we recommend it for routine diagnostic laboratories. (C) 2018 Sociedade Brasileira de Microbiologia. Published by Elsevier Editora Ltda.
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi
    (2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.
    Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Yenidoğan yoğun bakımdaki bebeklerin karbapenem dirençli gram(-) bakterilerle kolonizasyonundaki risklerin incelenmesi
    (2021-10-06) MEMİŞOĞLU, ASLI; ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; KEPENEKLİ KADAYİFCİ, EDA; AY, NADİYE PINAR; BİLGEN, HÜLYA SELVA; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; ÖZEK, EREN; YALÇINOĞLU İ., MEMİŞOĞLU A., ALTINKANAT GELMEZ G., TAVİLOĞLU Z. Ş. , ÖZDEMİR H., KEPENEKLİ KADAYİFCİ E., AY N. P. , BİLGEN H. S. , HASDEMİR M. U. , ÖZEK E.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    Performance of “RESIST-3 O.K.N. K-SeT” immunochromatographic assay for the detection of OXA-48 like, KPC, and NDM carbapenemases in Klebsiella pneumoniae in Turkey
    (2018-10) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Sağıroğlu, Pınar; Hasdemir, Ufuk; Altınkanat Gelmez, Gülşen; Aksu, Burak; Karatuna, Onur; Söyletir, Güner
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Kandan izole edilen çok ilaca dirençli escherichia coli, klebsiella pneumoniae ve pseudomonas aeruginosa kökenlerinde meropenem-vaborbaktamın etkinliğinin diğer Antibiyotiklerle karşılaştırmalı olarak araştırılması: çok merkezli çalışma
    (2022-11-16) GÜNEŞER, DENİZ; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; KORTEN, VOLKAN; ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Altınkanat Gelmez G., Güneşer D., Hasdemir Gökboğa M. U. , Korten V., Sağıroğlu P., Hazırolan G., Gür D., Öktem İ. M. A. , Aygün G.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    VITEK-MS Sistemi ile Karbapenemaz ID Üretiminin Hızlı Tespiti
    (2019) SÖYLEDİR, GÜNER; GÜLŞEN ALTINKANAT GELMEZ;Barış CAN;MÜNEVVER UFUK HASDEMİR;Güner SÖYLETİR
    Son yıllarda karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kaynaklı enfeksiyonların dünya çapındaartması önemli halk sağlığı sorunudur. Araştırıcılar, mikroorganizmanın kısa sürede tanımlanmasınaolanak sağlayan MALDI-TOF sisteminin antibiyotik duyarlılık testlerinde de kullanılabileceğinigösteren çalışmalar bildirilmektedir. Çalışmamızda karbapenemaz üretiminin hızlısaptanmasına yönelik olarak ertapenemin karbapenemazlar tarafından hidrolizinin VITEK-MS(bioMérieux, Fransa) sistemi tarafından tespit edilebilirliği değerlendirilmiştir. Çalışmamızaçeşitli klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli (n=86) ve duyarlı (n=20) toplam 106Klebsiella pneumoniae kökeni dahil edilmiştir. KPC, NDM, IMP, VIM ve OXA-48 genlerinin varlığınıPCR ile tespit edilmiştir. Bakteri süspansiyonları 4 McFarland bulanıklığında hazırlanmış,0.5 μg/ml’lik ertapenem ile muamele edildikten sonra iki ve dört saat inkübe edilip analiz edilmeküzere VITEK-MS RUO (bioMérieux, Fransa) sistemine aktarılmıştır. Karbapenem dirençli 86K.pneumoniae kökeninin blaOXA-48 (n=39), blaNDM (n= 37), blaIMP (n=8) ve blaKPC (n=2) karbapenemazgenlerini taşıdığı tespit edilmiştir. Tüm antibiyotiklere duyarlı olan kökenlerde hiçbir karbapenemazgenine rastlanmamıştır. Ertapenemin tek başına sahip olduğu spektrumlar çalışmakökenlerinin ertapenem ile muamele edilip inkübe edilmesi sonucu elde edilen spektrumlar ilekarşılaştırıldığında; iki saatlik inkübasyon sonrasında NDM, IMP ve KPC geni pozitif kökenlerintamamında ertapenem hidrolizi gözlenirken, OXA-48 geni pozitif olan 14 kökende ertapenemhidrolizinin zayıf olduğu tespit edilmiştir. Dört saatlik inkübasyon sonrası OXA-48 geni pozitifolan kökenlerin sadece % 64.1’inde ertapenem hidrolizi gözlemlenmiştir. İki ve dört saat inkübasyonsonrası karbapenemaz geni içermeyen kökenlerin hiçbirinde ertapenem hidrolizi gözlemlenmemiştir.Rutin laboratuvarda mikroorganizmaların hızlı tespitinde önemli başarı sağlayanMALDI-TOF sistemlerinin antibiyotik duyarlılık testlerinde de benzer başarı göstermesioldukça ümit vericidir. Ancak OXA-48 pozitif kökenlerin saptanmasını kolaylaştıracak farklıprotokollerin geliştirilmesi gereklidir. MALDI-TOF sistemleri ile kısa sürede, düşük maliyetlekarbapenemaz üretiminin tespit edilmesi özellikle salgınların çok daha kısa sürede kontrol altınaalınmasında önemli katkı sağlayacaktır.
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    The impact of a pneumococcal conjugate vaccination program on the nasopharyngeal carriage, serotype distribution and antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae among healthy children in Turkey
    (ELSEVIER SCI LTD, 2016) KEPENEKLİ KADAYİFCİ, EDA; Soysal, Ahmet; Karabag-Yilmaz, Esra; Kepenekli, Eda; Karaaslan, Ayse; Cagan, Eren; Atici, Serkan; Atinkanat-Gelmez, Gulsen; Boran, Peran; Merdan, Selim; Hasdemir, Ufuk; Soyletir, Guner; Bakir, Mustafa
    Background: The 7-valent conjugate pneumococcal vaccine (PCV7) was introduced by the Turkey National Immunization Program in 2008 and replaced by the PCV13 in 2011. We assessed the impact of PCV vaccination on the nasopharyngeal (NP) carriage, serotype distribution and antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae (SP) among healthy Turkish children. Methods: A prospective surveillance study was performed between September 2011 and September 2013 in Istanbul, Turkey. NP swabs, demographic data, and vaccination statuses were obtained from 2165 healthy children aged 0-18 years. Pneumococcal carriage was defined by a positive culture; serotyping was performed via multiplex conventional PCR, and the antibiotic susceptibilities of the isolates were determined based on the minimum inhibitory concentration (MIC) values of the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). Results: The prevalence of pneumococcal carriage was 6.4%. The carriage rates were 8%, 7%, and 5% in the following age groups: 0-24 months, 25-60 months, and >60 months, respectively. The carriage rate was significantly higher in the 0-24 month age group than in the >60 months age group (p = 0.03). Sixty percent of the children were not vaccinated with any PCV; 4%, 2%, and 4% received at least 1, 2 or 3 doses and 30% children received the full schedule (4 doses) of either PCV7 or PCV13. Among the isolated S. pneumoniae strains, 45% were of the non-vaccine type (NVT) and 55% were of the vaccine type (VT). The children who received at least a single PCV dose had significantly lower odds of colonization via VT serotypes than the non-vaccinated children [odds ratio: 0.61 (95% confidence interval = 0.41-0.91), p = 0.01]. The percentages of the serotypes covered by PCV7 and PCV13 were 51% and 56%, respectively. The most frequently isolated serotypes were 6A/B/C (n = 22, 16.5%), 19F (n = 18, 13.5%), 23F (n = 15, 11.2%), serotype 9V/A (n = 10, 7.5%), 12F (n = 5, 4.5%), 15A/F (n = 7, 4.5%) and 22 A/F (n = 6, 4.5%). Using the meningitis criteria and the MIC, 62% of the isolates were resistant to penicillin and 13% were non sensitive to ceftriaxone. Erythromycin and clindamycin resistance were 43% and 31%, respectively. Conclusion: We shown that following nation-wide PCV vaccination, S. pneumoniae NP carriage was decreased. (C) 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Evaluation of two commercial methods for rapid detection of the carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae
    (ELSEVIER, 2020) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Gelmez, Gulsen Altinkanat; Can, Baris; Hasdemir, Ufuk; Soyletir, Guner
    In this study, we evaluated the performance of the two commercial methods (Rapidec Carba NP and NG-Test Carba-5) for the rapid detection of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae. A total of 224 Klebsiella pneumoniae strains previously characterized for carbapenemase genes by polymerase chain reaction were included in the study. The strain collection included 30 non-carbapenemase producers, 85 OXA-48-like, 59 NDM, 14 IMP, 7 KPC, 7 VIM, 19 OXA-48-like plus NDM, and 3 KPC plus NDM producers. Rapidec Carba NP and NG-Test Carba 5 was performed according to the manufacturer's instructions. NG-Test Carba 5 correctly detected all carbapenemase-producing K. pneumoniae, however, Rapidec Carba NP failed to detect 41% of OXA-48-like producers even with extended incubation time. The overall sensitivity and specificity were 81,9% and 100% for Rapidec Carba NP, 100% and 100% for NG-Test Carba 5, respectively. Both tests seem to be fast and reliable for the detection of carbapenemase-producing K. pneumoniae especially for microbiology laboratories where molecular tests cannot be performed. However, Rapidec Carba NP with weak hydrolysis activity for OXA-48 like might be used in regions where OXA-48 is not prevalent. The additional advantage of NG-Test Carba 5 is that it specifically detects carbapenemases giving way to threat-related infections with an effective drug such as ceftazidime-avibactam or meropenem- vaborbactam.
  • No Thumbnail Available
    PublicationMetadata only
    Evaluation of phenotypic tests for detection of carbapenemases: New modifications with new interpretation
    (ELSEVIER, 2021) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Gelmez, Gulsen Altinkanat; Can, Baris; Hasdemir, Ufuk; Soyletir, Guner
    Introduction: The emergence and spread of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) is a worldwide public health threat. Rapid and accurate detection of CPE is essential to prevent their dissemination within health care settings. The aim of this study was to evaluate the performance of CIM, mCIM and mCIM with ammonium bicarbonate (mCIM-A) methods by using different interpretation criteria for detection of carbapenemases. Methods: One hundred and fifty-three Klebsiella pneumoniae isolates previously characterized by molecular tests, including 133 carbapenemase producers and 20 non-carbapenemase producers, were collected in this study. CIM and mCIM tests were performed as described previously. mCIM-A by adding 50 mM ammonium bicarbonate to the bacterial suspension prepared in tryptic soy broth. The inhibition zone diameter of around meropenem disc was measured and interpreted as positive according to i) Pierce and colleagues (<19 mm), ii) EUCAST meropenem susceptibility breakpoint (<22). Results: CIM, although seems to be good for carbapenemases other than OXA-48-like and NDM, is not satisfactory (42.3% and 83.4%, respectively) for those enzymes with any of the interpretation criteria. OXA-48-like and NDM were detected with a better performance (88.7% and 92.8, respectively) with mCIM when results were interpreted according to <22 mm zone diameter for OXA-48-like and NDM. The best results were obtained with mCIM-A using <22 mm criteria without any difference in the results of other enzymes and negative strains. Conclusions: mCIM- A method interpreted with <22 mm meropenem zone diameter seems to be preferable compared to CIM and mCIM. mCIM-A is simple and useful tool for identification of CPEs in clinical microbiology laboratories. (C) 2020 Japanese Society of Chemotherapy and The Japanese Association for Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    Enterobacterales Üyelerinde Nadir Bir Plazmid _x000D_ Aracılı A Sınıfı Beta Laktamaz Olan IBC-1'in _x000D_ Araştırılması
    (2021-08-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Gülşen GELEMEZ;Ufuk HASDEMİR;Güner SÖYLETİR
    Amaç: Bu çalışmanın amacı, tüm dünyada sıklıkla gözlemlenen geniş spektrumlu beta laktamazları (GSBL) TEM, SHV ve CTX-M ve nadir görülen IBC-1 beta laktamaz enziminin varlığını araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Hastanesinde yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilen, fenotipik olarak GSBL üreten ve IBC-1 fenotipi gösteren 30 köken çalışmaya dahil edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon ve agarda dilüsyon yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. GSBL enzimlerinin fenotipik olarak saptanmasında E-test ve çift disk sinerji yöntemi kullanılmıştır. GSBL üretiminden sorumlu olan genlerinin varlığını saptamak amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yapılmıştır.Bulgular: Kökenlerin tamamı, imipeneme duyarlı bulunurken, ampisilin, amoksisilin klavulanik asit, piperasilin, seftazidim ve trimetoprim sülfametaksazole dirençli olarak; saptanmıştır. E-test yöntemiyle 4 köken tanımsız, 26 köken ise GSBL pozitif saptanmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile 2 köken fenotipik olarak IBC-1 pozitif iken, 5 köken şüpheli pozitif olarak belirlenmiştir. Kökenlerimizin blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genlerini taşıma oranı sırasıyla %73,3, %60 ve %56,6 olarak belirlenmiştir. blaIBC geni ise hiçbir kökende saptanmamıştır. Sonuç: İlk olarak Yunanistan’da saptanan IBC-1 enzimi ülkemiz için henüz bir tehlike oluşturmazken GSBL pozitif kökenlerde TEM, SHV ve CTX-M enzimlerinin oranı oldukça yüksek olarak tespit edilmiştir.