Person: HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
HASDEMİR GÖKBOĞA
First Name
MÜNEVVER UFUK
Name
9 results
Search Results
Now showing 1 - 9 of 9
Publication Open Access Catalase-negative Staphylococcus aureus: a rare isolate of human infection(BLACKWELL SCIENCE LTD, 2000-12) HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Over, U; Tuc, Y; Soyletir, GPublication Open Access Detection of a New Resistance-Mediating Plasmid Chimera in a bla(OXA-48)-Positive Klebsiella pneumoniae Strain at a German University Hospital(MDPI, 2021-03-31) HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Schwanbeck, Julian; Bohne, Wolfgang; Hasdemir, Ufuk; Gross, Uwe; Pfeifer, Yvonne; Bunk, Boyke; Riedel, Thomas; Sproeer, Cathrin; Overmann, Jorg; Frickmann, Hagen; Zautner, Andreas E.Mobile genetic elements, such as plasmids, facilitate the spread of antibiotic resistance genes in Enterobacterales. In line with this, we investigated the plasmid-resistome of seven bla(OXA-48) gene-carrying Klebsiella pneumoniae isolates, which were isolated between 2013 and 2014 at the University Medical Center in Gottingen, Germany. All isolates were subjected to complete genome sequencing including the reconstruction of entire plasmid sequences. In addition, phenotypic resistance testing was conducted. The seven isolates comprised both disease-associated isolates and colonizers isolated from five patients. They fell into two clusters of three sequence type (ST)101 and two ST11 isolates, respectively; and ST15 and ST23 singletons. The seven isolates harbored various plasmids of the incompatibility (Inc) groups IncF, IncL/M, IncN, IncR, and a novel plasmid chimera. All bla(OXA-48) genes were encoded on the IncL/M plasmids. Of note, distinct phenotypical resistance patterns associated with different sets of resistance genes encoded by IncL/M and IncR plasmids were observed among isolates of the ST101 cluster in spite of high phylogenetic relatedness of the bacterial chromosomes, suggesting nosocomial transmission. This highlights the importance of plasmid uptake and plasmid recombination events for the fast generation of resistance variability after clonal transmission. In conclusion, this study contributes a piece in the puzzle of molecular epidemiology of resistance gene-carrying plasmids in K. pneumoniae in Germany.Publication Open Access Performance of “RESIST-3 O.K.N. K-SeT” immunochromatographic assay for the detection of OXA-48 like, KPC, and NDM carbapenemases in Klebsiella pneumoniae in Turkey(2018-10) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Sağıroğlu, Pınar; Hasdemir, Ufuk; Altınkanat Gelmez, Gülşen; Aksu, Burak; Karatuna, Onur; Söyletir, GünerPublication Open Access VITEK-MS Sistemi ile Karbapenemaz ID Üretiminin Hızlı Tespiti(2019) SÖYLEDİR, GÜNER; GÜLŞEN ALTINKANAT GELMEZ;Barış CAN;MÜNEVVER UFUK HASDEMİR;Güner SÖYLETİRSon yıllarda karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kaynaklı enfeksiyonların dünya çapındaartması önemli halk sağlığı sorunudur. Araştırıcılar, mikroorganizmanın kısa sürede tanımlanmasınaolanak sağlayan MALDI-TOF sisteminin antibiyotik duyarlılık testlerinde de kullanılabileceğinigösteren çalışmalar bildirilmektedir. Çalışmamızda karbapenemaz üretiminin hızlısaptanmasına yönelik olarak ertapenemin karbapenemazlar tarafından hidrolizinin VITEK-MS(bioMérieux, Fransa) sistemi tarafından tespit edilebilirliği değerlendirilmiştir. Çalışmamızaçeşitli klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli (n=86) ve duyarlı (n=20) toplam 106Klebsiella pneumoniae kökeni dahil edilmiştir. KPC, NDM, IMP, VIM ve OXA-48 genlerinin varlığınıPCR ile tespit edilmiştir. Bakteri süspansiyonları 4 McFarland bulanıklığında hazırlanmış,0.5 μg/ml’lik ertapenem ile muamele edildikten sonra iki ve dört saat inkübe edilip analiz edilmeküzere VITEK-MS RUO (bioMérieux, Fransa) sistemine aktarılmıştır. Karbapenem dirençli 86K.pneumoniae kökeninin blaOXA-48 (n=39), blaNDM (n= 37), blaIMP (n=8) ve blaKPC (n=2) karbapenemazgenlerini taşıdığı tespit edilmiştir. Tüm antibiyotiklere duyarlı olan kökenlerde hiçbir karbapenemazgenine rastlanmamıştır. Ertapenemin tek başına sahip olduğu spektrumlar çalışmakökenlerinin ertapenem ile muamele edilip inkübe edilmesi sonucu elde edilen spektrumlar ilekarşılaştırıldığında; iki saatlik inkübasyon sonrasında NDM, IMP ve KPC geni pozitif kökenlerintamamında ertapenem hidrolizi gözlenirken, OXA-48 geni pozitif olan 14 kökende ertapenemhidrolizinin zayıf olduğu tespit edilmiştir. Dört saatlik inkübasyon sonrası OXA-48 geni pozitifolan kökenlerin sadece % 64.1’inde ertapenem hidrolizi gözlemlenmiştir. İki ve dört saat inkübasyonsonrası karbapenemaz geni içermeyen kökenlerin hiçbirinde ertapenem hidrolizi gözlemlenmemiştir.Rutin laboratuvarda mikroorganizmaların hızlı tespitinde önemli başarı sağlayanMALDI-TOF sistemlerinin antibiyotik duyarlılık testlerinde de benzer başarı göstermesioldukça ümit vericidir. Ancak OXA-48 pozitif kökenlerin saptanmasını kolaylaştıracak farklıprotokollerin geliştirilmesi gereklidir. MALDI-TOF sistemleri ile kısa sürede, düşük maliyetlekarbapenemaz üretiminin tespit edilmesi özellikle salgınların çok daha kısa sürede kontrol altınaalınmasında önemli katkı sağlayacaktır.Publication Open Access The changing nature of aminoglycoside resistance mechanisms and prevalence of newly recognized resistance mechanisms in Turkey(BLACKWELL SCIENCE LTD, 2001-09) HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Over, U; Gur, D; Unal, S; Miller, GHObjective, To determine the most frequently. occurring individual and combined resistance mechanisms, in Gram-negative bacteria resistant to any of the clinically available aminoglycosides in Turkey, and to compare these mechanisms with those found in smaller, earlier studies. Methods Aminoglycoside resistance mechanisms in Gram-negative isolates, resistant to either gentamicin, tobramycin, netilmicin or amikacin collected in different regions of Turkey were evaluated both phenotypically and genotypically using 12 aminoglycosides, and up to 22 aminoglycoside resistance gene probes. Results Among 696 aminoglycoside-resistant Gram-negative bacteria, resistance rates were very high for gentamicin (94.5%), tobramycin (82.4%). netilmicin (53.6%), and amikacin (49.7%). Although isepamicin was the most active aminoglycoside, against Gram-negative bacteria, increased resistance (29.7%) was found and resistance rates were higher than those in most of the other countries surveyed in earlier studies. The most common aminoglycoside resistance mechanisms (AAC(3)-II (GTN), AAC(6)-I (TNA), and ANT(2)-I (GT)) in the earlier studies were also found in the present isolates of Klebsiella spp., Enterobacter spp. and Escherichia coli, with increased complexity. In addition to these old mechanisms, two new aminoglycoside resistance mechanisms, namely AAC(6)-III (TNAI) and AAC(6)-IV (GTNA), were also found at significant frequencies (11.9% and 26.9%, respectively) in these isolates of Enterobacteriaceae (n = 435). Among the isolates of Pseudomonas spp. (n = 150), in addition to the increased complexity of enzymatic resistance mechanisms (AAC(3)-I (16.6%), AAC(6')-II (29.3%), AAC(6)-III (19.3%), ANT(2)-I (40%)), permeability resistance seemed to be responsible for the high rates of resistance to, aminoglycosides. Conclusion The results of this. study indicated increased resistance to clinically available aminoglycosides, including isepamicin, even though it was, the most active, as a result of both the presence of new aminoglycoside resistance mechanisms and the increased, complexity of all mechanisms, including permeability resistance, particularly in Pseudomonas in Turkey.Publication Open Access Enterobacterales Üyelerinde Nadir Bir Plazmid _x000D_ Aracılı A Sınıfı Beta Laktamaz Olan IBC-1'in _x000D_ Araştırılması(2021-08-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Gülşen GELEMEZ;Ufuk HASDEMİR;Güner SÖYLETİRAmaç: Bu çalışmanın amacı, tüm dünyada sıklıkla gözlemlenen geniş spektrumlu beta laktamazları (GSBL) TEM, SHV ve CTX-M ve nadir görülen IBC-1 beta laktamaz enziminin varlığını araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Hastanesinde yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilen, fenotipik olarak GSBL üreten ve IBC-1 fenotipi gösteren 30 köken çalışmaya dahil edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon ve agarda dilüsyon yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. GSBL enzimlerinin fenotipik olarak saptanmasında E-test ve çift disk sinerji yöntemi kullanılmıştır. GSBL üretiminden sorumlu olan genlerinin varlığını saptamak amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yapılmıştır.Bulgular: Kökenlerin tamamı, imipeneme duyarlı bulunurken, ampisilin, amoksisilin klavulanik asit, piperasilin, seftazidim ve trimetoprim sülfametaksazole dirençli olarak; saptanmıştır. E-test yöntemiyle 4 köken tanımsız, 26 köken ise GSBL pozitif saptanmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile 2 köken fenotipik olarak IBC-1 pozitif iken, 5 köken şüpheli pozitif olarak belirlenmiştir. Kökenlerimizin blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genlerini taşıma oranı sırasıyla %73,3, %60 ve %56,6 olarak belirlenmiştir. blaIBC geni ise hiçbir kökende saptanmamıştır. Sonuç: İlk olarak Yunanistan’da saptanan IBC-1 enzimi ülkemiz için henüz bir tehlike oluşturmazken GSBL pozitif kökenlerde TEM, SHV ve CTX-M enzimlerinin oranı oldukça yüksek olarak tespit edilmiştir.Publication Open Access One-year post-vaccination longitudinal follow-up of quantitative sars-cov-2 anti-spike total antibodies in health care professionals and evaluation of correlation with surrogate neutralization test(2023-02-01) HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Tuyji Tok Y., Can Sarinoglu R., Ordekci S., Yilmaz S., Ozcolpan G., Bayram A., NOHUT O. K., Kocer I., HASDEMİR GÖKBOĞA M. U., Kuskucu M. A., et al.Numerous vaccines have been generated to decrease the morbidity and mortality of COVID-19. This study aims to evaluate the immunogenicity of the heterologous boosts by BioNTech against homologous boosts by CoronaVac at three-month intervals in two health care worker (HCW) cohorts, with or without prior COVID-19, for one year post-vaccination. This is a prospective cohort study in which the humoral responses of 386 HCWs were followed-up longitudinally in six main groups according to their previous COVID-19 exposure and vaccination status. Anti-SARS-CoV-2 spike-RBD total antibody levels were measured and SARS-CoV-2 neutralization antibody (NAbs) responses against the ancestral Wuhan and the Omicron variant were evaluated comparatively using international standard serum for Wuhan and Omicron, as well as with the aid of a conversion tool. The anti-SARS-CoV-2 spike-RBD total Ab and Nab difference between with and without prior COVID-19, three months after two-dose primary vaccination with CoronaVac, was statistically significant (p = 0.001). In the subsequent follow-ups, this difference was not observed between the groups. Those previously infected (PI) and non-previously infected (NPI) groups receiving BioNTech as the third dose had higher anti-SARS-CoV-2 spike total Ab levels (14.2-fold and 17.4-fold, respectively, p = 0.001) and Nab responses (against Wuhan and Omicron) than those receiving CoronaVac. Ab responses after booster vaccination decreased significantly in all groups at the ninth-month follow-up (p < 0.05); however, Abs were still higher in all booster received groups than that in the primary vaccination. Abs were above the protective level at the twelfth-month measurement in the entire of the second BioNTech received group as the fourth dose of vaccination. In the one-year follow-up period, the increased incidence of COVID-19 in the groups vaccinated with two or three doses of CoronaVac compared with the groups vaccinated with BioNTech as a booster suggested that continuing the heterologous CoronaVac/BioNTech vaccination, revised according to current SARS-CoV-2 variants and with at least a six-month interval booster would be an effective and safe strategy for protection against COVID-19, particularly in health care workers.Publication Open Access Erişkin Yoğun Bakım Ünitelerinde_x000D_ Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae_x000D_ ile Kolonizasyon/Enfeksiyon Gelişimi ve_x000D_ Karbapenemaz Tiplerinin Dağılımı(2019) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Gülşen GELEMEZ;Ufuk HASDEMİR;Güner SÖYLETİRKarbapenem dirençli Enterobacteriaceae üyelerinin neden olduğu enfeksiyonların sıklığı tüm dünyadagiderek artmakta olup mortalite oranları oldukça yüksektir. Bu kökenler ile oluşan enfeksiyonların vekolonize hastaların hızlı tespiti, enfeksiyon kontrol protokollerinin uygulanması açısından oldukça önemlidir. Çalışmamızda erişkin yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda karbapenem dirençli Klebsiellapneumoniae kökenleri ile gelişen kolonizasyon/enfeksiyon oranları ve karbapenemaz tiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya erişkin yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan Haziran-Aralık2017 tarihleri arasında rektal sürüntü örneklerinden ve klinik örneklerden izole edilen karbapenemdirençli K.pneumoniae (KD-Kp) kökenleri dahil edilmiştir. Kökenlerin antibiyotik duyarlılıkları VITEK2otomatize sistemi ile çalışılmıştır. Karbapenemazların fenotipik tespitinde NG CARBA-5 immunokromayöntemi üreticinin önerileri doğrultusunda çalışılmıştır. Karbapenemaz genlerinin (OXA-48, IMP, VIM,KPC, NDM) varlığı spesifik primerler kullanılarak PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışma süresi içerisinde344 hastaya ait tarama kültüründen 51 adet ve aynı döneme ait klinik örneklerden 30 adet KD-Kp üremiştir. Hastaların en az üçte birinde birden fazla gen pozitifliği gözlemlenmiştir. Enfeksiyon gelişen 17hastanın geçmiş üç ay içerisinde bu mikroorganizma ile kolonize olduğu saptanmıştır. Enfeksiyon saptanan 4 hastanın tarama kültürleri negatif iken 9 hastada tarama kültürü olmaksızın KD-Kp enfeksiyonugelişmiştir. Buna göre yoğun bakım ünitelerimizde kolonizasyon/enfeksiyon oranı %33,3 saptanmıştır.Yoğun bakım ünitelerimizde OXA-48 ve NDM türü enzimler % 60’lar düzeyindedir. İlginç olan daha önceki yıllarda gözlemlemediğimiz KPC tipi enzimin hem klinik hem de tarama kültürlerinden saptanmışolmasıdır. Yoğun bakım ünitelerimizde enfeksiyon/kolonizasyon oranı azımsanmayacak düzeyde olupkolonize hastaların yaklaşık üçte birinde enfeksiyon gelişebileceği belirlenmiştir.Publication Open Access Expression of the adeB gene and responsiveness to 1-(1-naphthylmethyl)-piperazine and phenylalanyl-arginyl-beta-naphthylamide in clinical isolates of Acinetobacter baumannii(OXFORD UNIV PRESS, 2013-05-01) AKSU, MEHMET BURAK; Dal, Tuba; Aksu, Burak; Pages, Jean-Marie; Over-Hasdemir, Ufuk