Person: AKSU, MEHMET BURAK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
AKSU
First Name
MEHMET BURAK
Name
6 results
Search Results
Now showing 1 - 6 of 6
Publication Metadata only Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi(2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.Publication Open Access Performance of “RESIST-3 O.K.N. K-SeT” immunochromatographic assay for the detection of OXA-48 like, KPC, and NDM carbapenemases in Klebsiella pneumoniae in Turkey(2018-10) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; Sağıroğlu, Pınar; Hasdemir, Ufuk; Altınkanat Gelmez, Gülşen; Aksu, Burak; Karatuna, Onur; Söyletir, GünerPublication Metadata only The relationship between macrolide resistance mechanisms and serotypes of streptococcus pneumoniae(2012-01-01) AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Tiryakioglu N., AKSU M. B., HASDEMİR GÖKBOĞA M. U.Objective: Increased resistance rate to macrolides used as empirical treatment of pneumococcal infections is a major problem in our country and all over the world. In our study, we aimed to determine macrolide resistance mechanisms of the erythromycin-resistant Streptococcus pneumonia isolated from clinical samples and to investigate serotype and resistance relationship within our region with the high macrolide resistance rates among pneumococci.Publication Metadata only Comparative in vitro activity of plazomicin and older aminoglyosides against Enterobacterales isolates; prevalence of aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA methyltransferases(ELSEVIER SCIENCE INC, 2020) AKSU, MEHMET BURAK; Gur, Deniz; Hasdemir, Ufuk; Cakar, Asli; Cavusoglu, Iffet; Celik, Tugce; Aksu, Burak; Sancak, Banu; Altun, Belgin; Soyletir, Guner; Ulger, Nurver; Kararuna, Onur; Karahan, Zeynep Ceren; Evren, Ebru; Bakici, Zahir; Celik, Cem; Akpolat, Nezahat; Gulay, Zeynep; Sari, Ayse Nur; Aydemir, Sohret; Cilli, Feriha; Kilic, Huseyin; Parkan, Omiir Mustafa; Zer, Yasemin; Buyuktas, Ayse; Koksal, Fauna; Aydin, Faruk; Ozkaya, Esra; Birinci, Asuman; Cayci, Yeliz Tanriverdi; Tuncer, InciComparative in vitro activity of plazomicin and 4 older aminoglycosides was evaluated with broth microdilution in 714 blood isolates from 14 hospitals in Turkey. Isolates included Escherichia coli (n=320), Klebsiella spp. (n=294), Enterobacter spp. (n =69), Serratia marcescens (n=20). and Citrobacter spp. (n=11). Isolates resistant to older aminoglycosides (n=240) were screened for aminoglycoside modifying enzyme genes: aac(6')-Ib, aac(3)-Ia, aac(3)-IIa, ant(2 '')-Ia. Isolates with high MICs for plazomicin (n=41) were screened for 165 rRNA methyltransferase genes (armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH, npmA) and 2 carbapenemase genes (blaOXA-48, blaNDM-1). Overall, resistance to plazomicin, amikacin, netilmicin, gentamicin, and tobramycin was 7.7%, 7.4%, 31.5%, 32.9%, and 34.7%, respectively. aac(6')-Ib and aac(3)-IIa were the most common AME genes. Co-occurrence of blaNDM-1 with armA and rmtC and blaOXA-48 with armA was striking. Enterobacter cloacae carrying rmtC+blaNDM-1, S. marcescens with armA+blaOXA-48, and rmtF+ blaOXA-48 in K. pneumoniae were reported for the first time. (C) 2020 Elsevier Inc. All rights reserved.Publication Metadata only İnvaziv örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae suşlarında aminoglikozid direncinin araştırılması(2019-03-04) AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; ÜLGER, NURVER; Çelik T., Çavuşoğlu İ., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U., Ülger N.Aminoglikozitler, mikroorganizmaların protein sentezini inhibe ederek bakterisidal etki gösteren geniş spektrumlu antibiyotiklerdir. Gram pozitif ve özellikle gram negatif patojenlerin yol açtığı ciddi enfeksiyonların tedavisinde, genellikle beta-laktam grubu antibiyotiklerle kombine edilerek kullanılırlar. Ancak, bakterilerde aminoglikozitlere karşı artan oranda direnç gelişmektedir. Dirence, başta ilacın enzimatik modifikasyonu olmak üzere dış membran geçirgenliğinde azalma, aktif efluks, ribozomal proteinlerde amino asit yer değişimi gibi direnç mekanizmalarından bir veya daha fazlası neden olmaktadır. Bu çalışmada invaziv klinik örneklerden izole edilmiş Klebsiella pneumoniae izolatlarında aminoglikozitlere dirençten sorumlu olabilecek mekanizmaların araştırılmıştır. Marmara Üniversitesi Hastanesi’nde 2016 yılında, 35’i kandan olmak üzere steril vücut sıvılarından izole edilen 38 K.pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. Rutin antibiyotik duyarlılık testinde (VİTEK2 Compact, Biomerieux) amikasin ve gentamisinden birine veya ikisine dirençli bulunan izolatlara standart sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle (EUCAST version 1.0), amikasin, gentamisin, tobramisin ve netilmisinin minimum inhibitor konsantrasyonları (MIK) belirlenmiştir. Bu izolatlarda aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan genler, aac(6’)-1, aac(3)-II, aac(3)-I ve ant(2’’)-1, ve yüksek düzey dirençten (≥128 mg/L) sorumlu olabilecek ribozomal metiltransferaz enzimlerini kodlayan armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH and npmA genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri dizi analiziyle (GATC Biotech AG, Konstanz, Germany) doğrulanmıştır. İzolatların 32’si aminoglikozitlerin tamamına duyarlı bulunmuştur. Diğer 6 izolatın 2’si dört aminoglikozite de yüksek düzeyde dirençli (>256 mg/L) bulunmuştur. Bu izolatlarda aynı zamanda ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geni saptanmıştır. Dört izolatın ise en az bir aminoglikozite direnç olduğu, aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan aac(6’)-1 (n:1), aac(3)-II(n:1), aac(6’)-1 + aac(3)-II (n:2) genlerini bulundurduğu saptanmıştır. Panik değeri olan klinik materyallerden izole edilen 38 K. pneumoniae izolatlarının 6’sı (%16) aminoglikozitlere dirençli ve bunlardan ikisi tüm aminoglikozitlere yüksek düzeyde dirençli bulunmuş, direncin ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geniyle ilişkili olduğu saptanmıştır. Yapılacak benzer çalışmalar, metiltransferazlardan kaynaklanan aminoglikozit direncinin izlenmesi ve bu enzimleri kodlayan genlerin yayılımının önlenmesi bakımından önem taşımaktadır.Publication Open Access Expression of the adeB gene and responsiveness to 1-(1-naphthylmethyl)-piperazine and phenylalanyl-arginyl-beta-naphthylamide in clinical isolates of Acinetobacter baumannii(OXFORD UNIV PRESS, 2013-05-01) AKSU, MEHMET BURAK; Dal, Tuba; Aksu, Burak; Pages, Jean-Marie; Over-Hasdemir, Ufuk