Person: AKSU, MEHMET BURAK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
AKSU
First Name
MEHMET BURAK
Name
31 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 31
Publication Metadata only SARS COV-2 PCR+ hastalarının peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesi(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Yurt C., Durmuş E. R., Sarıgül N., Eşme Y., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: SARS COV-2 virüsü, CD4+ ve CD8+ T hücrelerini ve B hücrelerini etkileyerek bağışıklığı aktive etmektedir. CD45RA T hücreleri, antijenleri hatırlamaması ile \"naive\" özelliklere sahipken CD45RO T hücreleri, antijenleri hatırlayıp çoğaldıkları için \"bellek\" T hücreleri olarak kabul edilir. Peptivator SARS-CoV-2 Select, SARS-CoV-2 spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini in vitro uyararak efektör sitokinlerin salgılanmasına sebep olup SARS-CoV-2 spesifik T hücrelerinin saptanmasına ve izolasyonuna olanak tanır. Bu çalışmadaki amacımız SARS-COV-2 hastalarının kanından elde edilen lenfositlerin peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesidir. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız deneysel tiptedir. Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde yatan Koronavirüs hastaları, araştırmanın evrenini oluşturmaktadır. T.C. Sağlık Bakanlığı Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde Koronavirüs hastalığı sebebi ile yatan aşılı ve aşısız, PCR pozitif 18- 50 yaş arası 9 hastadan gönüllü olmaları kaydıyla kan örnekleri toplanmıştır. Hastalardan alınan periferik kanların bir kısmı ile tam kan immünfenotipleme analizi yapılmıştır. Hastalardan alınan periferik kanın bir kısmı ile de mononükleer hücre (PKMH) izolasyonu yapılıp uyarımsız (US), CDmix uyarımlı ve peptivatör ile uyarımı sonrasında akım sitometrisi kullanılarak analizi yapılmıştır. Bulgular: Flow sitometri tam kan immünfenotipleme analizlerinde CD45RO+ oranı aşısız olan grupta 93,6 (±6,76), aşılı grupta 94,2 (±6,07) olarak bulunmuştur. Hastalardan elde edilen PKMH’ler; US, CDmix ve Peptivatör ile kültür edildikten sonra flow sitometri analizlerinde US kültürde CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 8,29 (±4,62), aşılı grupta 3,5 (±2,19) olarak bulunmuştur. CDmix kültüründe CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 32,6 (±32,4), aşılı grupta 18,8 (±18,6) bulunmuştur. Peptivatör kültüründe CD45RO+Foxp3 oranı aşısız grupta 36,2 (±35,5), aşılı grupta ise 7,24 (±5,94) olarak bulunmuştur. Sonuç: COVID-19’da mRNA teknolojisi ile üretilen BioNTech/Pfizer aşısı enfeksiyon geçiren hastalarda hafıza hücre sayılarını aşısızlara göre arttırmaktadır. Peptivatör etkileşimi ise aşılı PCR+ grupta ve aşısız PCR+ grupta immün sistemi etkilediği ve hafıza hücrelerini arttırdığı gözlenmektedir.Publication Metadata only Development of Satureja cuneifolia-loaded sodium alginate/polyethylene glycol scaffolds produced by 3D-printing technology as a diabetic wound dressing material(ELSEVIER, 2020) OKTAR, FAİK NÜZHET; Ilhan, Elif; Cesur, Sumeyye; Guler, Ece; Topal, Fadime; Albayrak, Deniz; Guncu, Mehmet Mucahit; Cam, Muhammet Emin; Taskin, Turgut; Sasmazel, Hilal Turkoglu; Aksu, Burak; Oktar, Faik Nuzhet; Gunduz, OguzhanAcute wounds are a common health problem, with millions of people affected and decreased granulation tissue formation and vascularization, it is also a big challenge for wound care researchers to promote acute wound healing around the globe. This study aims to produce and characterize Satureja cuneifolia plant extract (SC) blended with sodium alginate (SA) /polyethylene glycol (PEG) scaffolds for the potential treatment of diabetic ulcer. SA/PEG scaffolds were prepared by adding different concentrations (1, 3, and 5 wt%) of PEG to 9 wt% SA. The morphological and chemical composition of the resulting 3D printed composite scaffolds was determined using scanning electron microscopy (SEM) and Fourier transforms infrared spectroscopy (FTIR), respectively. Mechanical and thermal properties, swelling, and degradation behaviours were also investigated. The release kinetics of SC were performed. The antimicrobial analysis was evaluated against Escherichia coli and Staphylococcus aureus strains. 3D printed scaffolds have shown an excellent antibacterial effect, especially against gram-positive bacteria due to the antibacterial SC extract they contain. Furthermore, the cell viability of fibroblast (L929) cells on/within scaffolds were determined by the colourimetric MTT assay. The SA/PEG/SC scaffolds show a great promising potential candidate for diabetic wound healing and against bacterial infections. (c) 2020 Elsevier B.V. All rights reserved.Publication Metadata only Nesfatin-1 ameliorates oxidative bowel injury in rats with necrotizing enterocolitis: The role of the microbiota composition and claudin-3 expression(W B SAUNDERS CO-ELSEVIER INC, 2020) YEGEN, BERRAK; Cerit, Kivilcim Karadeniz; Koyuncuoglu, Turkan; Yagmur, Damla; Eyuboglu, Irem Peker; Sirvanci, Serap; Akkiprik, Mustafa; Aksu, Burak; Dagli, E. Tolga; Yegen, Berrak C.Background and Purpose: Ongoing high mortality due to necrotizing enterocolitis (NEC) necessitates the investigation of novel treatments to improve the outcome of the affected newborns. The aim was to elucidate the potential therapeutic impact of the nesfatin-1, a peptide with anti-inflammatory and anti-apoptotic effects in several inflammatory processes, on NEC-induced newborn rats. Materials and Methods: Sprague-Dawley pups were separated from their mothers, fed with a hyperosmolar formula and exposed to hypoxia, while control pups had no intervention. NEC-induced pups received saline or nesfatin-1 (0.2 mu g/kg/day) for 3 days, while some nesfatin-1 treated pups were injected with capsaicin (50 mu g/g) for the chemical ablation of afferent neurons. On the 4th day, clinical state and macroscopic gut assessments were made. In intestines, immunohistochemical staining of cycloxygenase-2 (COX-2), nuclear factor (NF)-kappa B-p65 (RelA), vascular endothelial growth factor (VEGF), claudin-3 and zonula occludens-1 (ZO-1) were performed, while gene expressions of COX-2, occludin, claudin-3, NF-kappa B-p65 (RelA) and VEGF were determined using q-PCR. In fecal samples, relative abundance of bacteria was quantified by q-PCR. Biochemical evaluation of oxidant/antioxidant parameters was performed in both intestinal and cerebral tissues. Results: Claudin-3 and ZO-1 immunoreactivity scores were significantly elevated in the nesfatin-1 treated control pups. Nesfatin-1 reduced NEC-induced high macroscopic and clinical scores, inhibited NF-kappa B-65 pathway and maintained the balance of oxidant/antioxidant systems. NEC increased the abundance of Proteobacteria with a concomitant reduction in Actinobacteria and Bacteroidetes, while nesfatin-1 treatment reversed these alterations. Modulatory effects of nesfatin-1 on microbiota and oxidative injury were partially reversed by capsaicin. Immunohistochemistry demonstrated that nesfatin-1 abolished NEC-induced reduction in claudin-3. Gene expressions of COX-2, NF-kappa B, occludin and claudin-3 were elevated in saline-treated NEC pups, while these up-regulated mRNA levels were not further altered in nesfatin-1-treated NEC pups. Conclusion: Nesfatin-1 could be regarded as a potential preventive agent for the treatment of NEC. (C) 2020 Elsevier Inc. All rights reserved.Publication Metadata only Fabrication, characterization and investigation of antibacterial activity of propolis substituted sodium alginate tissue scaffolds using three-dimensional (3d) printing technology(2021-06-05) UZUN, MUHAMMET; SU TORUN, SENA; ULAĞ, SONGÜL; AKSU, MEHMET BURAK; GÜNDÜZ, OĞUZHAN; CESUR, SÜMEYYE; Aarancı K., Uzun M., Su Torun S., Cesur S., Ulağ S., Amin A., Güncü M. M., Aksu M. B., Kolaylı S., Silva J., et al.Publication Metadata only Enhanced Light-Driven Antimicrobial Activity of Cationic Poly(oxanorbornene)s by Phthalocyanine Incorporation into Polymer as Pendants(WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2020) AKSU, MEHMET BURAK; Ahmetali, Erem; Sen, Pinar; Suer, N. Ceren; Aksu, Burak; Nyokong, Tebello; Eren, Tarik; Sener, M. KasimAmphiphilic poly(oxanorbornene)s are promising synthetic polymers that mimic the structural properties and antimicrobial functions of naturally occurring antimicrobial peptides. Here, poly(oxanorbornene)s bearing pendant zinc(II) phthalocyanine and triphenyl(ethyl) phosphonium functionalities are synthesized by ring-opening metathesis polymerization (ROMP). Fluorescence, singlet oxygen and triplet quantum yields of polymers are measured in dimethyl sulfoxide and aqueous medium. The singlet oxygen quantum yields of copolymers with the highest triphenyl and triethyl phosphonium content are found to be 0.29 and 0.41, respectively. Then, antimicrobial activities of polymers against Escherichia coli (E. coli) and Staphylococcus aureus (S. aureus) are investigated under both dark and light conditions. Synergistic effect of zinc(II) phthalocyanine and phosphonium-containing poly(oxanorbornene) is observed that the conjugate possessing the most triphenyl phosphonium side chains has the highest activity under light against both gram-positive and gram-negative bacterial strains after 80 min irradiation, reducing the survival of E. coli or S. aureus by 99.9999%. Hemolytic concentrations of the copolymers are found between 8 and 512 mu g mL(-1). Scanning electron microscopy (SEM) proves that the bacteria membrane deforms after contacting with the biocidal polymer.Publication Metadata only Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi(2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.Publication Metadata only Analyses of herbal toothpaste's antimicrobial efficacy: in-vitro study(2022-09-15) MEŞELİ, SİMGE; AKSU, MEHMET BURAK; ALKAN, ELİF; TAĞTEKİN, DİLEK; MEŞELİ S., AKSU M. B., ALKAN E., KORKMAZ N., TAĞTEKİN D., YANIKOĞLU F.Publication Metadata only The ameliorative effects of melatonin on acetic acid-induced gastric ulcer in rats via its modulatory effects on gut microbiota(CUKUROVA UNIV, FAC MEDICINE, 2021) YILDIRIM, ALPER; Tamer, Sevil Arabaci; Yildirim, Alper; Cevik, Ozge; Aksu, Burak; Yuksel, Meral; Dertsiz, Ekin Kuntsal; Sirvanci, Serap; Yegen, Berrak C.Purpose: The aim of this study was of observe the possible protective effects of melatonin pretreatment on oxidative damage and microbiota alteration due to gastric ulcer in rats. Materials and Methods: Wistar-albino rats were given (n=32) melatonin (4 mg/kg/day), antibiotic mixture (AB; 1g/L ampicillin + 1g/L neomycin + 1g/L metronidazole), melatonin+AB in drinking water for 12 days or tap water for 15 days (control group; n=8). Subsequently, ulcer was induced. All treatments were continued for three days. Gastric tissues were obtained for biochemical and histopathological examinations, and fecal samples from the rectum were stored for bacteriological measurements. Results: MPO and MDA levels were increased in untreated ulcer groups compared to the control group. In addition, the levels of luminol-lucigenin chemiluminescence (CL) and 8-OHdG and TNF-alpha and IL-8 protein expressions were also increased, while TNF-alpha, IL-8, MDA, 8-OHdG, luminol and lucigenin CL levels were significantly decreased in the melatonin-treated ulcer groups. However, melatonin+AB pretreatment increased antioxidant GSH levels and anti-inflammatory IL-10 levels, and suppressed caspase-3 activity and reduced MPO back to control level. Conclusion: We anticipate that melatonin treatment, which is an effective antioxidant and radical scavenger, can accelerate ulcer healing along with antibiotics and increase the variety of bacteria impaired by antibiotics in the colon.Publication Metadata only Patch-Based Technology for Corneal Microbial Keratitis(Springer, 2020) AKSU, MEHMET BURAK; Ulag S., Ilhan E., Aksu B., Sengor M., Ekren N., Kilic O., Gunduz O.Corneal opacities, which happened mainly due to microbial keratitis, are the fourth cause of blindness worldwide. Antimicrobial therapy is an alternative solution for microbial keratitis caused by Staphylococcus aureus and Pseudomonas Aeruginosa. The aim of this study, to develop patches for the treatment of corneal keratitis which caused significant corneal blindness by using electrospinning method. Polyvinyl-alcohol (PVA) patches with Gelatine (GEL) studied in various ratios. Different amounts of gelatine added to PVA to resemble the collagen fibril structure of the cornea. To enable the patches to the antimicrobial effect against the bacterias, the special plant extract was used. The produced corneal patches were examined separately for chemical, morphological, and antimicrobial properties. Scanning electron microscope (SEM), Fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy were performed to observe the surface morphology and chemical structure of the patches, respectively. © Springer Nature Switzerland AG 2020.Publication Metadata only Örneklerin alınması, transportu ve saklanması(Hipokrat Kitabevi, 2022-01-01) AKSU, MEHMET BURAK; AKSU M. B.