Person: AKSU, MEHMET BURAK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
AKSU
First Name
MEHMET BURAK
Name
8 results
Search Results
Now showing 1 - 8 of 8
Publication Metadata only SARS COV-2 PCR+ hastalarının peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesi(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Yurt C., Durmuş E. R., Sarıgül N., Eşme Y., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: SARS COV-2 virüsü, CD4+ ve CD8+ T hücrelerini ve B hücrelerini etkileyerek bağışıklığı aktive etmektedir. CD45RA T hücreleri, antijenleri hatırlamaması ile \"naive\" özelliklere sahipken CD45RO T hücreleri, antijenleri hatırlayıp çoğaldıkları için \"bellek\" T hücreleri olarak kabul edilir. Peptivator SARS-CoV-2 Select, SARS-CoV-2 spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini in vitro uyararak efektör sitokinlerin salgılanmasına sebep olup SARS-CoV-2 spesifik T hücrelerinin saptanmasına ve izolasyonuna olanak tanır. Bu çalışmadaki amacımız SARS-COV-2 hastalarının kanından elde edilen lenfositlerin peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesidir. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız deneysel tiptedir. Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde yatan Koronavirüs hastaları, araştırmanın evrenini oluşturmaktadır. T.C. Sağlık Bakanlığı Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde Koronavirüs hastalığı sebebi ile yatan aşılı ve aşısız, PCR pozitif 18- 50 yaş arası 9 hastadan gönüllü olmaları kaydıyla kan örnekleri toplanmıştır. Hastalardan alınan periferik kanların bir kısmı ile tam kan immünfenotipleme analizi yapılmıştır. Hastalardan alınan periferik kanın bir kısmı ile de mononükleer hücre (PKMH) izolasyonu yapılıp uyarımsız (US), CDmix uyarımlı ve peptivatör ile uyarımı sonrasında akım sitometrisi kullanılarak analizi yapılmıştır. Bulgular: Flow sitometri tam kan immünfenotipleme analizlerinde CD45RO+ oranı aşısız olan grupta 93,6 (±6,76), aşılı grupta 94,2 (±6,07) olarak bulunmuştur. Hastalardan elde edilen PKMH’ler; US, CDmix ve Peptivatör ile kültür edildikten sonra flow sitometri analizlerinde US kültürde CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 8,29 (±4,62), aşılı grupta 3,5 (±2,19) olarak bulunmuştur. CDmix kültüründe CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 32,6 (±32,4), aşılı grupta 18,8 (±18,6) bulunmuştur. Peptivatör kültüründe CD45RO+Foxp3 oranı aşısız grupta 36,2 (±35,5), aşılı grupta ise 7,24 (±5,94) olarak bulunmuştur. Sonuç: COVID-19’da mRNA teknolojisi ile üretilen BioNTech/Pfizer aşısı enfeksiyon geçiren hastalarda hafıza hücre sayılarını aşısızlara göre arttırmaktadır. Peptivatör etkileşimi ise aşılı PCR+ grupta ve aşısız PCR+ grupta immün sistemi etkilediği ve hafıza hücrelerini arttırdığı gözlenmektedir.Publication Metadata only Fabrication, characterization and investigation of antibacterial activity of propolis substituted sodium alginate tissue scaffolds using three-dimensional (3d) printing technology(2021-06-05) UZUN, MUHAMMET; SU TORUN, SENA; ULAĞ, SONGÜL; AKSU, MEHMET BURAK; GÜNDÜZ, OĞUZHAN; CESUR, SÜMEYYE; Aarancı K., Uzun M., Su Torun S., Cesur S., Ulağ S., Amin A., Güncü M. M., Aksu M. B., Kolaylı S., Silva J., et al.Publication Metadata only Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi(2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.Publication Metadata only Mmp3 (rs679620) ve vdr (rs731236) genleri̇nde oluşan poli̇morfi̇zmleri̇n gen-çevre etki̇leşimleri̇ İle çürük ri̇sk değerlendi̇rmesi̇ üzeri̇ne olan etki̇leri(2022-10-19) YILMAZ ATALI, PINAR; AĞRALI, ÖMER BİRKAN; TACAL ASLAN, BESTE; AKSU, MEHMET BURAK; ULUCAN, KORKUT; ÖZMEN, SEDA; Özmen S., Yılmaz Atalı P., Ağralı Ö. B. , Tacal Aslan B., Aksu M. B. , Ulucan K.MMP3(rs679620) VEVDR(rs731236) GENLERİNDE OLUŞANPOLİMORFİZMLERİN GEN-ÇEVRE ETKİLEŞİMLERİ İLE ÇÜRÜK RİSK DEĞERLENDİRMESİ ÜZERİNE OLAN ETKİLERİSeda Özmen,Pınar Yılmaz Atalı, Ömer Birkan Ağralı, Becte Tacal Aslan, Özlem Özge Yılmaz,Tolga Polat, Mehmet Burak Aksu, Korkut UlucanAmaç:Günümüzde yapılan çürük risk modellerinde çoklu değişkenler eklenmiş ve özellikle gen-çevre etkileşimi incelenmiştir. Çalışmamızın amacı;VDRveMMP3genlerinde meydana gelen gen polimorfizmlerin etkilerinin değerlendirilip çürük risk modellemesi üzerine olan etkilerinin incelenmesidir.Gereç ve Yöntem:Çalışma populasyonu, fakülte hastanesine başvuran 20-44 yaş aralığındaki erkek bireylerde rutin ağız içi muayenesi sonrasında çürük, eksik ve restorasyonlu dişler (DMFT) indeksine göre tanı konulan ‘yüksek çürük risk’(DMFT ≥ 14) ve düşük çürük risk’(DMFT£5) olarak 2 gruptan oluşturulmuştur (n=160). Detaylı anamnez alınan katılımcılardan plak indeksi, gingival indeks sondalamada kanama, sondalama derinliği, klinik ataşman seviyesi ve tükürük tamponlama kapasitesi, tükürük streptekok mutans (SM) ve laktobasil (LB) sayısı ölçülmüştür.Katılımcılardan alınan kan örneklerinden DNA izolasyonları sonrasında,MMP3(rs679620)veVDR(rs731236)genotiplemesi ise Real-time PZR tekniği kullanılarak belirlenmiştir.Elde edilen sonuçlar istatistiksel yöntemler kullanılarakanlamlılık düzeyi p<0,05’te değerlendirilmiştir.Bulgular:Gruplar arası plak indeksi, gingival indeks, sondalama derinliği, klinik ataşman seviyesi, sondalamada kanama, tükürük akış hızı, tükürük tamponlama kapasitesi ve tükürük SM ve LB sayısı faktörleri arasında anlamlı düzeyde fark bulunmuştur (p<0,001). Çevresel risk faktörlerinde sosyoekonomik durum, diş fırçalama sıklığı, koruyucu diş tedavisine yönelik uygulama durumları açısından gruplar arasında anlamlı düzeyde fark tespit edilmiştir (p<0,001).MMP3rs679620 polimorfizminin de çürük risk belirlemesinde etkili olduğu (p<0,001);VDRpolimorfizminin ise etkili olmadığı (p=0,862) tespit edilmiştir.DMFT’ ye etki eden değişkenlerin incelenmesinde Adımsal Regresyon Analizi yapılarak model 7 adımda incelenmiştir ve modeller istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,001).Çevresel risk faktörü olarak plak indeksi, sondalamada kanama, şekerli ara öğün tüketim sıklığı, tükürük tamponlaması,MMP3rs679620 gen polimorfizminin içerenModel 5 DMFT’ nin %58’ini açıklamıştır.Sonuç:Çürük risk modelinde; plak indeksi, sondalamada kanama, şekerli ara öğün tüketim sıklığı, tükürük tamponlaması,MMP3rs679620 gen polimorfizminin çevresel risk faktörü olarak modelde yer alması, bireylerin risk gruplarının belirlenmesinde etkili olacaktır.Anahtar Kelimeler:Çürük risk değerlendirmesi, gen-çevre etkileşimi,MMP3, Polimorfizm, VDR.Publication Metadata only The relationship between macrolide resistance mechanisms and serotypes of streptococcus pneumoniae(2012-01-01) AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Tiryakioglu N., AKSU M. B., HASDEMİR GÖKBOĞA M. U.Objective: Increased resistance rate to macrolides used as empirical treatment of pneumococcal infections is a major problem in our country and all over the world. In our study, we aimed to determine macrolide resistance mechanisms of the erythromycin-resistant Streptococcus pneumonia isolated from clinical samples and to investigate serotype and resistance relationship within our region with the high macrolide resistance rates among pneumococci.Publication Metadata only Evaluation of geneXpert MTB/RIF test performance for respiratory and nonrespiratory clinical samples(2014-05-12) İLKİ, ZEYNEP ARZU; AKSU, MEHMET BURAK; İlki Z. A., Aksu M. B., Ayaş R., Söyletir G.Publication Metadata only İNSAN İMMÜNYETMEZLİK VİRUS-1 (HIV-1) POZİTİF BİREYLERDE İNTEGRAZ GEN MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI(2023-03-21) AKSU, MEHMET BURAK; Özgüler K., Aksu M. B.İntegraz inhibitörleri (INI), viral integrazın etkisini inhibe ederek insan immün yetmezlik virüsü tip 1 (HIV-1) enfeksiyonunu tedavi etmek için kullanılan güçlü antiretroviral ilaçlardır. İntegraz genindeki mutasyonlar, tedavi başarısızlığı, hastalığın ilerlemesi ve ölümle sonuçlanan ilaç direncine neden olabilir. Bu çalışmada, HIV-1 ile enfekte hastalarda INI\"lerle ilişkili ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması amaçlanmıştır. İki yıllık bir dönemde (2018-2019) başvuran, viral yükü 200.000 kopya/mL\"nin üzerinde olan HIV-1 ile enfekte hastalardan alınan 50 plazma örneği çalışmaya dahil edildi. Viral RNA ekstraksiyonunu takiben, HIV-1 integraz gen bölgesinin ters transkripsiyonu, PCR amplifikasyonu ve ürünlerin DNA dizilimi gerçekleştirildi. Tespit edilen mutasyonlar, Stanford Üniversitesi HIVdb Programı kullanılarak analiz edildi. Toplam 37 örnekte ters transkripsiyon sağlandı; ancak yalnızca 18 örneğin DNA dizilemesi başarılı bir şekilde gerçekleştirildi ve analiz edildi. Tüm örneklerde integraz gen bölgesinde çeşitli mutasyonlar tespit edildi. Analiz edilen 18 örnekten 2\"sinde (%11.1) INI\"lere karşı dirence neden olan T97A ve Y143H mutasyonları saptandı. Viral integraz gen bölgesinde tespit edilen ilaç direnci mutasyonları; antiviral direnç testinin, INI sınıfı ilaçlar da dahil olmak üzere, etkili HIV tedavisinin temel bir bileşeni olduğunu göstermektedir.Publication Metadata only İnvaziv örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae suşlarında aminoglikozid direncinin araştırılması(2019-03-04) AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; ÜLGER, NURVER; Çelik T., Çavuşoğlu İ., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U., Ülger N.Aminoglikozitler, mikroorganizmaların protein sentezini inhibe ederek bakterisidal etki gösteren geniş spektrumlu antibiyotiklerdir. Gram pozitif ve özellikle gram negatif patojenlerin yol açtığı ciddi enfeksiyonların tedavisinde, genellikle beta-laktam grubu antibiyotiklerle kombine edilerek kullanılırlar. Ancak, bakterilerde aminoglikozitlere karşı artan oranda direnç gelişmektedir. Dirence, başta ilacın enzimatik modifikasyonu olmak üzere dış membran geçirgenliğinde azalma, aktif efluks, ribozomal proteinlerde amino asit yer değişimi gibi direnç mekanizmalarından bir veya daha fazlası neden olmaktadır. Bu çalışmada invaziv klinik örneklerden izole edilmiş Klebsiella pneumoniae izolatlarında aminoglikozitlere dirençten sorumlu olabilecek mekanizmaların araştırılmıştır. Marmara Üniversitesi Hastanesi’nde 2016 yılında, 35’i kandan olmak üzere steril vücut sıvılarından izole edilen 38 K.pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. Rutin antibiyotik duyarlılık testinde (VİTEK2 Compact, Biomerieux) amikasin ve gentamisinden birine veya ikisine dirençli bulunan izolatlara standart sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle (EUCAST version 1.0), amikasin, gentamisin, tobramisin ve netilmisinin minimum inhibitor konsantrasyonları (MIK) belirlenmiştir. Bu izolatlarda aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan genler, aac(6’)-1, aac(3)-II, aac(3)-I ve ant(2’’)-1, ve yüksek düzey dirençten (≥128 mg/L) sorumlu olabilecek ribozomal metiltransferaz enzimlerini kodlayan armA, rmtA, rmtB, rmtC, rmtD, rmtD, rmtE, rmtF, rmtG, rmtH and npmA genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri dizi analiziyle (GATC Biotech AG, Konstanz, Germany) doğrulanmıştır. İzolatların 32’si aminoglikozitlerin tamamına duyarlı bulunmuştur. Diğer 6 izolatın 2’si dört aminoglikozite de yüksek düzeyde dirençli (>256 mg/L) bulunmuştur. Bu izolatlarda aynı zamanda ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geni saptanmıştır. Dört izolatın ise en az bir aminoglikozite direnç olduğu, aminoglikozit modifikasyon enzimlerini kodlayan aac(6’)-1 (n:1), aac(3)-II(n:1), aac(6’)-1 + aac(3)-II (n:2) genlerini bulundurduğu saptanmıştır. Panik değeri olan klinik materyallerden izole edilen 38 K. pneumoniae izolatlarının 6’sı (%16) aminoglikozitlere dirençli ve bunlardan ikisi tüm aminoglikozitlere yüksek düzeyde dirençli bulunmuş, direncin ribozomal metiltransferaz enzimini kodlayan rmtC geniyle ilişkili olduğu saptanmıştır. Yapılacak benzer çalışmalar, metiltransferazlardan kaynaklanan aminoglikozit direncinin izlenmesi ve bu enzimleri kodlayan genlerin yayılımının önlenmesi bakımından önem taşımaktadır.