Person: AKSU, MEHMET BURAK
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
AKSU
First Name
MEHMET BURAK
Name
51 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 51
Publication Metadata only SARS COV-2 PCR+ hastalarının peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesi(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Yurt C., Durmuş E. R., Sarıgül N., Eşme Y., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: SARS COV-2 virüsü, CD4+ ve CD8+ T hücrelerini ve B hücrelerini etkileyerek bağışıklığı aktive etmektedir. CD45RA T hücreleri, antijenleri hatırlamaması ile \"naive\" özelliklere sahipken CD45RO T hücreleri, antijenleri hatırlayıp çoğaldıkları için \"bellek\" T hücreleri olarak kabul edilir. Peptivator SARS-CoV-2 Select, SARS-CoV-2 spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini in vitro uyararak efektör sitokinlerin salgılanmasına sebep olup SARS-CoV-2 spesifik T hücrelerinin saptanmasına ve izolasyonuna olanak tanır. Bu çalışmadaki amacımız SARS-COV-2 hastalarının kanından elde edilen lenfositlerin peptivatör ile etkileşimi sonucu hafıza hücrelerinin incelenmesidir. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız deneysel tiptedir. Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde yatan Koronavirüs hastaları, araştırmanın evrenini oluşturmaktadır. T.C. Sağlık Bakanlığı Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğinde Koronavirüs hastalığı sebebi ile yatan aşılı ve aşısız, PCR pozitif 18- 50 yaş arası 9 hastadan gönüllü olmaları kaydıyla kan örnekleri toplanmıştır. Hastalardan alınan periferik kanların bir kısmı ile tam kan immünfenotipleme analizi yapılmıştır. Hastalardan alınan periferik kanın bir kısmı ile de mononükleer hücre (PKMH) izolasyonu yapılıp uyarımsız (US), CDmix uyarımlı ve peptivatör ile uyarımı sonrasında akım sitometrisi kullanılarak analizi yapılmıştır. Bulgular: Flow sitometri tam kan immünfenotipleme analizlerinde CD45RO+ oranı aşısız olan grupta 93,6 (±6,76), aşılı grupta 94,2 (±6,07) olarak bulunmuştur. Hastalardan elde edilen PKMH’ler; US, CDmix ve Peptivatör ile kültür edildikten sonra flow sitometri analizlerinde US kültürde CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 8,29 (±4,62), aşılı grupta 3,5 (±2,19) olarak bulunmuştur. CDmix kültüründe CD45RO+FoxP3 oranı aşısız grupta 32,6 (±32,4), aşılı grupta 18,8 (±18,6) bulunmuştur. Peptivatör kültüründe CD45RO+Foxp3 oranı aşısız grupta 36,2 (±35,5), aşılı grupta ise 7,24 (±5,94) olarak bulunmuştur. Sonuç: COVID-19’da mRNA teknolojisi ile üretilen BioNTech/Pfizer aşısı enfeksiyon geçiren hastalarda hafıza hücre sayılarını aşısızlara göre arttırmaktadır. Peptivatör etkileşimi ise aşılı PCR+ grupta ve aşısız PCR+ grupta immün sistemi etkilediği ve hafıza hücrelerini arttırdığı gözlenmektedir.Publication Metadata only Development of Satureja cuneifolia-loaded sodium alginate/polyethylene glycol scaffolds produced by 3D-printing technology as a diabetic wound dressing material(ELSEVIER, 2020) OKTAR, FAİK NÜZHET; Ilhan, Elif; Cesur, Sumeyye; Guler, Ece; Topal, Fadime; Albayrak, Deniz; Guncu, Mehmet Mucahit; Cam, Muhammet Emin; Taskin, Turgut; Sasmazel, Hilal Turkoglu; Aksu, Burak; Oktar, Faik Nuzhet; Gunduz, OguzhanAcute wounds are a common health problem, with millions of people affected and decreased granulation tissue formation and vascularization, it is also a big challenge for wound care researchers to promote acute wound healing around the globe. This study aims to produce and characterize Satureja cuneifolia plant extract (SC) blended with sodium alginate (SA) /polyethylene glycol (PEG) scaffolds for the potential treatment of diabetic ulcer. SA/PEG scaffolds were prepared by adding different concentrations (1, 3, and 5 wt%) of PEG to 9 wt% SA. The morphological and chemical composition of the resulting 3D printed composite scaffolds was determined using scanning electron microscopy (SEM) and Fourier transforms infrared spectroscopy (FTIR), respectively. Mechanical and thermal properties, swelling, and degradation behaviours were also investigated. The release kinetics of SC were performed. The antimicrobial analysis was evaluated against Escherichia coli and Staphylococcus aureus strains. 3D printed scaffolds have shown an excellent antibacterial effect, especially against gram-positive bacteria due to the antibacterial SC extract they contain. Furthermore, the cell viability of fibroblast (L929) cells on/within scaffolds were determined by the colourimetric MTT assay. The SA/PEG/SC scaffolds show a great promising potential candidate for diabetic wound healing and against bacterial infections. (c) 2020 Elsevier B.V. All rights reserved.Publication Metadata only Nesfatin-1 ameliorates oxidative bowel injury in rats with necrotizing enterocolitis: The role of the microbiota composition and claudin-3 expression(W B SAUNDERS CO-ELSEVIER INC, 2020) YEGEN, BERRAK; Cerit, Kivilcim Karadeniz; Koyuncuoglu, Turkan; Yagmur, Damla; Eyuboglu, Irem Peker; Sirvanci, Serap; Akkiprik, Mustafa; Aksu, Burak; Dagli, E. Tolga; Yegen, Berrak C.Background and Purpose: Ongoing high mortality due to necrotizing enterocolitis (NEC) necessitates the investigation of novel treatments to improve the outcome of the affected newborns. The aim was to elucidate the potential therapeutic impact of the nesfatin-1, a peptide with anti-inflammatory and anti-apoptotic effects in several inflammatory processes, on NEC-induced newborn rats. Materials and Methods: Sprague-Dawley pups were separated from their mothers, fed with a hyperosmolar formula and exposed to hypoxia, while control pups had no intervention. NEC-induced pups received saline or nesfatin-1 (0.2 mu g/kg/day) for 3 days, while some nesfatin-1 treated pups were injected with capsaicin (50 mu g/g) for the chemical ablation of afferent neurons. On the 4th day, clinical state and macroscopic gut assessments were made. In intestines, immunohistochemical staining of cycloxygenase-2 (COX-2), nuclear factor (NF)-kappa B-p65 (RelA), vascular endothelial growth factor (VEGF), claudin-3 and zonula occludens-1 (ZO-1) were performed, while gene expressions of COX-2, occludin, claudin-3, NF-kappa B-p65 (RelA) and VEGF were determined using q-PCR. In fecal samples, relative abundance of bacteria was quantified by q-PCR. Biochemical evaluation of oxidant/antioxidant parameters was performed in both intestinal and cerebral tissues. Results: Claudin-3 and ZO-1 immunoreactivity scores were significantly elevated in the nesfatin-1 treated control pups. Nesfatin-1 reduced NEC-induced high macroscopic and clinical scores, inhibited NF-kappa B-65 pathway and maintained the balance of oxidant/antioxidant systems. NEC increased the abundance of Proteobacteria with a concomitant reduction in Actinobacteria and Bacteroidetes, while nesfatin-1 treatment reversed these alterations. Modulatory effects of nesfatin-1 on microbiota and oxidative injury were partially reversed by capsaicin. Immunohistochemistry demonstrated that nesfatin-1 abolished NEC-induced reduction in claudin-3. Gene expressions of COX-2, NF-kappa B, occludin and claudin-3 were elevated in saline-treated NEC pups, while these up-regulated mRNA levels were not further altered in nesfatin-1-treated NEC pups. Conclusion: Nesfatin-1 could be regarded as a potential preventive agent for the treatment of NEC. (C) 2020 Elsevier Inc. All rights reserved.Publication Open Access A novel approach for the fabrication of 3D-printed dental membrane scaffolds including antimicrobial pomegranate extract.(2023-02-22) AKSU, MEHMET BURAK; Karabulut H., Ulag S., Dalbayrak B., Arisan E. D., Taskin T., Guncu M. M., Aksu B., Valanezhad A., Gunduz O.In this study, a dental membrane scaffold was fabricated using a 3D printing technique, and the antimicrobial effect of pomegranate seed and peel extract were investigated. For the production of the dental membrane scaffold, a combination of polyvinyl alcohol, starch, and pomegranate seed and peel extracts was used. The aim of the scaffold was to cover the damaged area and aid in the healing process. This can be achieved due to the high antimicrobial and antioxidant content of pomegranate seed and peel extracts (PPE: PSE). Moreover, the addition of starch and PPE: PSE improved the biocompatibility of the scaffold, and their biocompatibility was tested using human gingival fibroblast (HGF) cells. The addition of PPE: PSE into the scaffolds resulted in a significant antimicrobial effect on S. aureus and E. faecalis bacteria. Moreover, different concentrations of starch (1%, 2%, 3% w/v) and pomegranate peel and seed extract (3%, 5%, 7%, 9%, and 11% PE v/v) were analyzed to obtain the ideal dental membrane structure. The optimum starch concentration was chosen as 2% w/v due to it giving the scaffold the highest mechanical tensile strength (23.8607 ± 4.0796 MPa). The pore sizes of each scaffold were studied by SEM analysis, and pore sizes were arranged between 155.86 and 280.96 µm without any plugging problems. Pomegranate seed and peel extracts were obtained by applying the standard extraction method. High-performance liquid chromatography was performed using the diode-array detection (HPLC-DAD) technique to analyze the phenolic content of the pomegranate seed and peel extracts. Two phenolic components of the pomegranate seed and peel extracts were investigated in the following amounts: fumaric acid (17.56 µg analyte/mg extract) and quinic acid (18.79 µg analyte/mg extract) in pomegranate seed extract and fumaric acid (26.95 µg analyte/mg extract) and quinic acid (33.79 µg analyte/mg extract) in pomegranate peel extract.Publication Metadata only Fabrication, characterization and investigation of antibacterial activity of propolis substituted sodium alginate tissue scaffolds using three-dimensional (3d) printing technology(2021-06-05) UZUN, MUHAMMET; SU TORUN, SENA; ULAĞ, SONGÜL; AKSU, MEHMET BURAK; GÜNDÜZ, OĞUZHAN; CESUR, SÜMEYYE; Aarancı K., Uzun M., Su Torun S., Cesur S., Ulağ S., Amin A., Güncü M. M., Aksu M. B., Kolaylı S., Silva J., et al.Publication Open Access FIP teşhisi konmuş kedilerden elde edilen periferal kan mononükleer hücreler ile kedi overinden elde edilen mezenkimal kök hücrenin immünolojik araştırılması(2023-05-25) AKSU, MEHMET BURAK; AKKOÇ, TUNÇ; Güven N., Erhan M. N., Karayusuf K., Doğanay K., Kılıç S., Tunca Z., Aksu M. B., Akkoç T.Giriş ve Amaç: Coronavirüsler hem insanlarda hem de hayvanlarda hafiften son derece şiddetli enfeksiyonlara kadar değişkenlik göstermektedir. Coronaviruslar çoğunlukla gastroentestinal ve solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olurken bazıları ensefaliti ve hepatite neden olmaktadır. Kedilerin Enfeksiyöz Peritonitisi (FIP) ise kedi coronavirüslerinin (FCoV) neden olduğu bir enfeksiyondur. Çalışmamızda ise kedi ovaryum kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin (O-MKH), FIP teşhisi konmuş kedilerden elde edilen periferal kan mononükleer hücrelere (PKMH) etkisinin in vitro ortamda araştırılıp değerlendirilmesi amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Projemizde veteriner kliniğinde FIP tanısı konulmuş 5-13 yaşlarındaki kediler çalışmaya dahil edilecektir. Bu süreçte veteriner kliniğine gelen hastalardan FIP pozitif çıkan kedilerden hasta sahiplerinden alınan onam sonrasında 5cc periferal kan örneği alınacak ve Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi immünoloji anabilim dalında PKMH izole edilecektir. Ayrıca, kedi ovaryumlardan MKH izolasyonu gerçekleştirilecektir. İzole edilen PKMH ile O-MKH\"ların (+/-) ko-kültür işlemleri gerçekleştirilecektir. 5 günlük kültür işleminden sonra O-MKH\"nin FIP hasta PMKH\"larının canlılıkları üzerindeki etkileri akım sitometri yöntemi ile analiz edilecektir. Gerekli etik ve kurum izinleri alınmıştır. Bulgular: Yapılan ko-kültür çalışması sonrasında akım sitometri yöntemi ile PKMH’lerin canlılıklarındaki değişimler kıyaslanmıştır. Yapılan analizler sonucunda FIP kedilerin PKMH’ları MKH’nın olmadığı durumlarda canlılık oranı 55.6 (±5.2) iken MKH varlığında canlılıklarının 70.13 (±2.1)’e yükseldiği görülmüştür. Buna ek olarak, apoptoz geçiren PKMH’ların oranı MKH yokluğunda 34.7 (±4.4) iken MKH varlığında 12.7’e (±1.8) düştüğü gözlenmiştir. Hastalardaki PKMH’ların sağlıklı kedilerin durumları ile kıyaslandığında ise FIP hastası PKMH’ların canlılıkları MKH varlığında sağlıklı kedilerin PKMH’ların canlılık seviyesine yükseldiği görülmüştür. Sonuç: FIP hastalığına sahip olan kedilerin PKMH’larındaki canlılık oranının sağlıklı kediye kıyasla canlılık oranının beklendiği gibi daha düşük olduğu görülmüştür. Yine de MKH’nın varlığında FIP hastası kedilerin PKMH’larındaki canlılık seviyesinin sağlıklı kedilerin PKMH’lerin canlılık oranına yükseldiği görülmüştür. Ayrıca, MKH’ların apoptoz geçiren PKMH’ları FIP hastası kedilerde düşürdüğü gözlenmiştir. Elde edilen bu veriler çerçevesinde MKH’ların FIP hastalarında olumlu etkisi olduğu gözlenmektedir.Publication Open Access Fabrication of gentamicin sulfate-loaded 3d-printed polyvinyl alcohol/sodium alginate/gelatin-methacryloyl hybrid scaffolds for skin tissue replacement(2023-01-01) ULAĞ, SONGÜL; ŞAHİN, ALİ; AKSU, MEHMET BURAK; GÜNDÜZ, OĞUZHAN; Izgordu M. S., Ayran M., ULAĞ S., Yildirim R., Bulut B., ŞAHİN A., Guncu M. M., AKSU M. B., GÜNDÜZ O.3D-printed scaffolds can better mimic the function of human skin, both biologically and mechanically. Within the scope of this study, the effect of the addition of different amounts (10, 15, 20 mg) of gentamicin sulfate (GS) to a 10 mL solution of natural and synthetic polymers is investigated. Sodium alginate (SA), gelatin-methacryloyl (GelMA), and polyvinyl alcohol (PVA) are chosen as bioactive materials. The surface morphology and pore structures are visualized by scanning electron microscopy (SEM). According to the results, it is observed that the pore sizes of all scaffolds are smaller than 270 µm, the lowest value (130 µm) is obtained in the scaffold loaded with 15 mg GS, and it also has the highest tensile strength value (12.5 ± 7.6 MPa). Similarly, it is observed that the tensile strength (9.7 ± 4.5 MPa) is high in scaffold loaded with 20 mg GS. The biocompatibility test is performed with fibroblast cells, and the results show that the scaffolds are biocompatible with cells. The antibacterial test is carried out against the S.aureous and E. coli and the results indicate that all GS-loaded scaffolds demonstrate antibacterial activity.Publication Metadata only Enhanced Light-Driven Antimicrobial Activity of Cationic Poly(oxanorbornene)s by Phthalocyanine Incorporation into Polymer as Pendants(WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2020) AKSU, MEHMET BURAK; Ahmetali, Erem; Sen, Pinar; Suer, N. Ceren; Aksu, Burak; Nyokong, Tebello; Eren, Tarik; Sener, M. KasimAmphiphilic poly(oxanorbornene)s are promising synthetic polymers that mimic the structural properties and antimicrobial functions of naturally occurring antimicrobial peptides. Here, poly(oxanorbornene)s bearing pendant zinc(II) phthalocyanine and triphenyl(ethyl) phosphonium functionalities are synthesized by ring-opening metathesis polymerization (ROMP). Fluorescence, singlet oxygen and triplet quantum yields of polymers are measured in dimethyl sulfoxide and aqueous medium. The singlet oxygen quantum yields of copolymers with the highest triphenyl and triethyl phosphonium content are found to be 0.29 and 0.41, respectively. Then, antimicrobial activities of polymers against Escherichia coli (E. coli) and Staphylococcus aureus (S. aureus) are investigated under both dark and light conditions. Synergistic effect of zinc(II) phthalocyanine and phosphonium-containing poly(oxanorbornene) is observed that the conjugate possessing the most triphenyl phosphonium side chains has the highest activity under light against both gram-positive and gram-negative bacterial strains after 80 min irradiation, reducing the survival of E. coli or S. aureus by 99.9999%. Hemolytic concentrations of the copolymers are found between 8 and 512 mu g mL(-1). Scanning electron microscopy (SEM) proves that the bacteria membrane deforms after contacting with the biocidal polymer.Publication Metadata only Genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz enzimini üreten enterobacterales izolatlarına yönelik hızlı tanı kitinin geliştirilmesi(2023-05-25) ALTINKANAT GELMEZ, GÜLŞEN; AKSU, MEHMET BURAK; HASDEMİR GÖKBOĞA, MÜNEVVER UFUK; Budak B., Can E., Oral D., Öz Ö. B., Sağlam Y., Altınkanat Gelmez G., Aksu M. B., Hasdemir Gökboğa M. U.Giriş ve Amaç: Antibiyotik direnci günümüzün önemli bir sağlık problemi olup, gram negatif bakterilerde genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimi üretimi, etkin tedaviyi engelleyen önemli bir direnç mekanizmasıdır. Klinikte yaygın olarak görülen GSBL enzimleri; CTX-M, SHV ve TEM gruplarıdır. Enfeksiyon etkeni bakteride GSBL üretiminin erken saptanması, tedavinin doğru yönlendirilmesi açısından çok önemlidir. Rutin laboratuvarda bu süre en az 24 saati bulmaktadır. Bu çalışmada, gram negatif bakterilerde bu enzimlerin üretimini hızlı saptayacak fenotipik bir test geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 16 Escherichia coli ve 22 Klebsiella pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteriler Triton-X (%0,1) ile muamele edilip varsa GSBL enzimlerini açığa çıkartmak üzere hücre çeperleri parçalanmıştır. Bu bakteri süspansiyonları, sefotaksim antibiyotiği (12 mg/mL) ve pH indikatörü olarak fenol kırmızısı (%0,05) içeren tüplere eklenmiştir. GSBL enzimleri varlığında sefotaksim antibiyotiğinin parçalanması ve sonucunda pH’nin asidik yönde değişmesiyle indikatörün renginin kırmızıdan sarı/turuncu’ya dönmesi beklenmiştir. Çalışmanın diğer aşamasında fenotipik testin performansını belirlemek üzere bakterilerde GSBL enzimlerini kodlayan genlerin (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, bla CTX-M-8, bla CTX-M-9, blaSHV-3, blaSHV-18) varlığı altın standart PCR ile araştırılmıştır. Çalışmaya bu enzimleri taşıdığı önceden bilinen kontrol izolatları da dahil edilmiştir. Bulgular: PCR ile 26 izolatta GSBL kodlayan gen saptanırken, 12 izolatta herhangi bir gen saptanmamıştır. Geliştirmeyi hedeflediğimiz fenotipik test, GSBL geni saptanan 26 izolatın hepsinde GSBL enzimini 2 saatte saptamıştır. GSBL geni saptanmayan 12 izolatın hiçbirinde fenotipik testte bu sürede renk değişimi olmamıştır. Sonuç: Testimizin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri, negatif prediktif değeri %100 olarak bulunmuş olup, bu testin, GSBL üreten mikroorganizmaları 2 saat gibi kısa bir sürede saptamasının, hızla doğru tedavi uygulanmasına ve hasta sağ kalımına çok önemli katkı sağlayacağını düşünüyoruz.Publication Open Access Phenolic compounds affect production of pyocyanin, swarming motility and biofilm formation of Pseudomonas aeruginosa(WOLTERS KLUWER MEDKNOW PUBLICATIONS, 2016-08) KARAHASAN, AYŞEGÜL; Ugurlu, Aylin; Yagci, Aysegul Karahasan; Ulusoy, Seyhan; Aksu, Burak; Bosgelmez-Tinaz, GulgunObjective: To investigate the effects of plant-derived phenolic compounds (i.e. caffeic acid, cinnamic acid, ferulic acid and vanillic acid) on the production of quorum sensing regulated virulence factors such as pyocyanin, biofilm formation and swarming motility of Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) isolates. Methods: Fourteen clinical P. aeruginosa isolates obtained from urine samples and P. aeruginosa PA01 strain were included in the study. The antibacterial effects of phenolic compounds were screened by well diffusion assay. Pyocyanin and biofilm activity were measured from culture supernatants and the absorbance values were measured using a spectrophotometer. Swarming plates supplemented with phenolic acids were point inoculated with P. aeruginosa strains and the ability to swarm was determined by measuring the distance of swarming from the central inoculation site. Results: Tested phenolic compounds reduced the production of pyocyanin and biofilm formation without affecting growth compared to untreated cultures. Moreover, these compounds blocked about 50% of biofilm production and swarming motility in P. aeruginosa isolates. Conclusions: We may suggest that if swarming and consecutive biofilm formation could be inhibited by the natural products as shown in our study, the bacteria could not attach to the surfaces and produce chronic infections. Antimicrobials and natural products could be combined and the dosage of antimicrobials could be reduced to overcome antimicrobial resistance and drug side effects.