Publication: Yeni nesil dizileme analizi ıle saptanan gen/psödogen varyantlarının ayrıştırılmasında kullanışlı bir araç: Haplotip analizi
No Thumbnail Available
Date
2021-11-28
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Giriş: Lynch Sendromu, diğer adıyla Herediter Nonpolipozis Kolon Kanseri (HNPCC),
kolorektal kanserler başta olmak üzere gastrointestinal sistem kanserleri, endometrium kanseri,
meme kanseri gibi kanserlerle karşımıza çıkan kalıtımsal bir kanser yatkınlık sendromudur.
Hatalı eşleşme tamir genlerindeki (MMR genleri: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 ve EPCAM)
mutasyonlar Lynch Sendromuna neden olmaktadır. Olgu: Tarafımıza endometrium kanseri
tanısı ile yönlendirilen 69 yaşında kadın olgu polikliniğimizde değerlendirildi. Olgunun 3 yıl
önce kolon kanseri tanısı nedeniyle yapılan rutin takiplerinde endometrial kitle saptanması
üzerine yapılan total abdominal histerektomi öyküsü mevcuttu. Pedigri analizinde kanser
öyküsü bulunmayan hasta izole vaka olarak değerlendirildi. Patolojik değerlendirmesinde
endometrial kanser tanısı alan hastanın tümör dokusunda yüksek mikrosatellit instabilitesi ve
PMS2 ekspresyon kaybı saptandı, MLH1 hipermetilasyonu ve BRAF V600E mutasyonu
saptanmadı. Periferik kandan DNA izolasyonu (QIAamp DNA Mini Kit, QIAGEN
Germantown, MD USA) sonrası MLH1 ve PMS2 genleri Illumina MiSeq platformunda,
HNPCC MASTR Plus (Multiplicom, Agilent,CA,USA) kiti kullanılarak yeni nesil dizi analizi
yöntemiyle değerlendirildi. MLH1 geninde mutasyon saptanmayan olguda PMS2 geni ekzon
11’de heterozigot 47bç bir duplikasyon saptandı (c.1362_1407dup; p.Pro470Valfs*3).
Mutasyon veri tabanlarında tanımlı değildi, çerçeve kaymasına yol açarak erken stop kodonuna
sebep olması beklendiğinden patojenik bir varyant olarak değerlendirildi. Ancak pseödogen
nedeniyle tahmin ettiğimiz gibi kopya sayı analizinde ekzon 11’in 4 kopya olduğu
görünmekteydi. Amplikon değerlendirildiğinde bu bölgede PMS2CL ile PMS2 arasında
kısmen düşük bir homoloji olduğu dikkat çekiciydi (%96). Farklı olan nükleotidlerin
değerlendirilmesi ile yapılan haplotip analizinde insersiyonun olduğu okumaların tamamıyla
PMS2 genine ait olduğu ortaya koyuldu. Sonuç: Psödogenler moleküler tanıyı zorlaştıran bir
problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Gen ile psödogenleri arasındaki minimal farklılıkları
kullanarak saptanan mutasyonun gen veya psödogen üzerinde olduğunu belirlemek ek
yöntemler gerektirmektedir. Bu durum tanıda gecikmelere yol açması ve ek olanaklar
gerektirmesi bakımından klinik pratikte zorluklara yol açmaktadır. Bu çalışmada yeni nesil
dizileme yönteminin tek bir DNA ipliğine ait diziyi ortaya koyma avantajı kullanılarak
amplikondaki tek nükleotid varyasyonları (SNVs) analiz edilmiş ve amplikonun kopyalandığı
DNA molekülünün tamamıyla PMS2 genine ait olduğu gösterilmiştir. Varyasyonun psödogene
ait olduğundan şüphelenildiğinde amplikonun bilgi verici SNV’ler açısından değerlendirilmesi
ek tetkik gereksinimini ortadan kaldırarak zaman kazandıracak ve gereksiz harcamaları da
azaltacaktır.
Description
Keywords
Psödogen, Lynch Sendromu, PMS2, PMS2CL
Citation
ARSLAN ATEŞ E., ALAVANDA C., POLAT H., Demir Ş., Dirimtekin E., Başer Z. M., Yıldırım Ö., SÖYLEMEZ M. A., GEÇKİNLİ B. B., ATA P., et al., \"Yeni Nesil Dizileme Analizi Ile Saptanan Gen/psödogen Varyantlarının Ayrıştırılmasında Kullanışlı Bir Araç: Haplotip Analizi\", 1.Ulusal Hematoonkogenetik Kongresi, 25 Kasım 2021