Publication: İstanbul’da dağılım gösteren crocus flavus subsp. flavus populasyonlarının genetik çeşitlilik ve filogenetik ilişkilerinin araştırılması
Abstract
İSTANBUL’DA DAĞILIM GÖSTEREN Crocus flavus subsp. flavus POPULASYONLARININ GENETİK ÇEŞİTLİLİK VE FİLOGENETİK İLİŞKİLERİNİN ARAŞTIRILMASI Bu çalışmada, İstanbul’da dağılım gösteren Crocus flavus subsp. flavus populasyonlarının genetik çeşitlilik ve filogenetik ilişkilerinin araştırılması ve buna bağlı olarak bitkinin koruma programına katkıda bulunulması amaçlanmıştır. Bu amaçla ISSR moleküler işaretleyicileri kullanılarak populasyon ve tüm bireyler bazında genetik çeşitlilik analiz edilmiştir. Ek olarak filogenetik ilişkilerin araştırılması için kloroplast trnL - trnF intergenik ara bölge dizileri kullanılmıştır. DNA izolasyonu işlemi CTAB izolasyon yöntemiyle yapılmış, daha sonrasında standart moleküler teknikler kullanılmıştır. Sonuçlar incelendiğinde, ISSR moleküler işaretleyicileri ile örnekler arasında %86.89 polimorfizm olduğu gözlenmiştir. ISSR bant verileri kullanılarak gerçekleştirilen PCA analizleri sonucunda bazı populasyonların diğerlerinden ayrıldığı gözlenmiştir. trnL-trnF intergenik ara bölgesi dizileri kullanılarak gerçekleştirilen filogenetik analizlerde C. flavus subsp. flavus genotiplerinin Iridaceae familyasının diğer üyeleriyle birlikte heterojen bir filogenetik grup oluşturduğu ve dış grup olarak eklenen diğer bitkilerden etkili bir şekilde ayrıldığı gözlenmiştir. Sonuç olarak ISSR moleküler belirteçleri ve kloroplast trnL-trnF intergenik ara bölgesi dizilerinin C. flavus subsp. flavus genotiplerinin genetik analizlerinde kullanılabilecek, etkili moleküler araçlar olduğu öne sürülebilir. Anahtar sözcükler: ISSR, Crocus, trnL-trnF, genetik işaretleyici, filogeni. Ekim, 2017 Tuğba YILDIRIM v
INVESTIGATION .OF GENETIC DIVERSITY AND PHYLOGENETIC.RELATIONS.OF.Crocus flavus subsp. flavus POPULATIONS DISTRIBUTED IN ISTANBUL In this study, investigation of phylogenetic relations and the genetic diversity of Crocus flavus subsp. flavus populations distributed in Istanbul, and depending on the results, contribution to conservation program of this plant was aimed. For this aim, genetic diversity was analysed based on the population and each individual by using ISSR molecular markers. Additionally, chloroplast trnL - trnF intergenic spacer region sequences were used to investigate phylogenetic relations. DNA isolation process was performed through the CTAB isolation method followed by the standard molecular technics were used. Based on the results of ISSR molecular markers, 86.89% polymorphism was observed between the samples. The results of PCA analyses, using ISSR band data showed that some populations were sapareted from the others. According to the phylogenetic analyses, which were performed by using trnL - trnF intergenic spacer region sequences, C. flavus subsp. flavus genotypes formed a heterogenous phylogenetic group together with the other members of Iridaceae family, and efficiently separated from the members of other plant families. In conclusion, it can be suggested that ISSR molecular markers and chloroplast trnL - trnF intergenic spacer sequences are effective molecular tools that can be used in the genetic analyses of Crocus flavus subsp. flavus genotypes. Key words: ISSR, Crocus, trnL-trnF, genetic marker, phylogeny
INVESTIGATION .OF GENETIC DIVERSITY AND PHYLOGENETIC.RELATIONS.OF.Crocus flavus subsp. flavus POPULATIONS DISTRIBUTED IN ISTANBUL In this study, investigation of phylogenetic relations and the genetic diversity of Crocus flavus subsp. flavus populations distributed in Istanbul, and depending on the results, contribution to conservation program of this plant was aimed. For this aim, genetic diversity was analysed based on the population and each individual by using ISSR molecular markers. Additionally, chloroplast trnL - trnF intergenic spacer region sequences were used to investigate phylogenetic relations. DNA isolation process was performed through the CTAB isolation method followed by the standard molecular technics were used. Based on the results of ISSR molecular markers, 86.89% polymorphism was observed between the samples. The results of PCA analyses, using ISSR band data showed that some populations were sapareted from the others. According to the phylogenetic analyses, which were performed by using trnL - trnF intergenic spacer region sequences, C. flavus subsp. flavus genotypes formed a heterogenous phylogenetic group together with the other members of Iridaceae family, and efficiently separated from the members of other plant families. In conclusion, it can be suggested that ISSR molecular markers and chloroplast trnL - trnF intergenic spacer sequences are effective molecular tools that can be used in the genetic analyses of Crocus flavus subsp. flavus genotypes. Key words: ISSR, Crocus, trnL-trnF, genetic marker, phylogeny