Kolon kanserlerindeki k-ras ve p53 gen mutasyonlarının dna dizi analizi yöntemi ile belirlenmesi

Abstract

Kolon kanserleri birçok genetik değişimin birikimi sonucu oluşmaktadır. Bu genetik değişimler içinde K-ras onkogen mutasyonları ve bir alleldeki mutasyon sonrası diğer allelin kaybı ile giden p53 tümör baskılayıcı gen değişimlerine oldukça yüksek oranlarda rastlanılmaktadır. Kolon kanserlerinin gelişiminde rol alan genetik mekanizmaların ortaya konması gerek erken tanının sağlanması ve gerekse prognozun belirlenmesi ve buna uygun ilave tedavilerin uygulanmasında moleküler birer belirteç olarak kullanılmalarını sağlayacaktır. Bu tez çalışmasında, kolon kanserlerinde allele özgü oligonükleotid (ASO) hibridizasyonu yöntemi ile saptanan K-ras ve p53 gen mutasyonlarının doğrulanması ve bu yolla saptanamayanların belirlenmesi amacı ile kolon kanserli hastaların doku örneklerinde DNA dizi analizi yöntemi uygulanmıştır. Çalışmaya alınan 9 kolon kanserli doku örneğinin birinde K-ras kodon 12 (GGT®GTT) diğerinde (GGT®GAT) olmak üzere toplam 2 örnekte (%22.2) nokta mutasyonu saptanmıştır. Bu doku örneklerinden 8'i p53 mutasyonları için incelemeye alınmış, bir örnekte kodon 248 (CGG®CAG) diğer bir örnekte ise kodon 175 (CGC®CTC) olarak toplam 2 örnekte (%25) nokta mutasyon bulunmuştur. Örneklerin birinde K-ras kodon 12 (GGT®GTT) mutasyonu ile p53 kodon 175 (CGC®CAC) mutasyonunun bir arada olduğu gözlenmiştir. Ayrıca incelenen örneklerde K-ras kodon 13 ve p53 kodon 249 mutasyonlarına rastlanılmamıştır. Elde ettiğimiz bulgular ASO hibridizasyonu sonuçlarını da doğrular niteliktedir. ANALYSIS OF K-RAS AND P53 GENE MUTATIONS IN COLON CANCERS BY DNA SEQUENCING

Colon cancers occur with accumulations of many genetic alterations. These alterations include mutations, which are seen more frequently, in the K-ras oncogene and concomitant mutations in one allele together with loss of the other allele of p53 tumor suppressor gene. The recent observations in molecular mechanisms of colon carcinogenesis may be useful molecular markers for diagnostic, prognostic, and therapeutic implications of colon cancers. In this study, DNA sequencing analysis was used to confirm the K-ras and p53 gene mutations shown by allele specific oligonucleotide hybridization (ASO) technique and also detect the ones that could not be shown by the latter. Nine colon cancer tissue samples were used in this study. K-ras codon 12 mutations were observed in 2 of 9 (22.2%) samples. These mutations resulted from substitution of the wild-type codon (GGT) by either mutant codon (GTT) or (GAT). In eight of these tissue samples p53 mutations were analyzed. Two p53 mutations (25%) were found in two different samples. The first one was at codon 248 (CGGþ CAG), and the second one was at codon 175 (CGCþCAC). On the other hand, one of these samples had also mutations for both p53 gene at codon 175 (CGCþCAC), and K-ras gene at codon 12 (GGTþGTT). Moreover, K-ras codon 13 and p53 codon 249 mutations were not found in our studies. Our results confirm the ones of ASO hybridization study of the same samples.