Damar İçi Madde Bağımlılığı Olan ve Madde_x000D_ Bağımlısı Olmayan Hastalar Arasında Hepatit C_x000D_ Virus (HCV) Genotiplerinin Dağılımı

Abstract

Hepatit C virüsü (HCV) genotip dağılımı farklı hasta grupları ve farklı bölgeler arasında yıllar içindedeğişkenlik gösterebilmektedir. Damar içi madde bağımlılığı (DİMB) prevalansının ülkemizde artış gösterdiğibilinmekte, fakat bu grupta HCV genotip dağılımını araştıran sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Buveriler toplumdaki HCV epidemiyolojisindeki değişiklikleri izlemek açısından önemlidir. Sunulan çalışmada,DİMB nedeniyle ve DİMB dışındaki nedenlerle HCV ile enfekte olan hastalar arasında, beş yıllık HCVgenotiplendirme sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Ocak 2014-Mart 2019 tarihleri arasındaayaktan ve yatarak takip edilen, HCV ile enfekte olduğu bilinen (HCV antikoru ve HCV RNA pozitif)720 hastanın HCV genotiplendirmesi için laboratuvarımıza gönderilen plazma örnekleri analiz edilmiştir. Plazma örneklerinden HCV RNA ekstraksiyonu EZ1 Advanced (Qiagen, Almanya) otomatize ekstraksiyonsisteminde, EZ1 virüs mini kit v2.0 (Qiagen, Almanya) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilenekstraktlardan, Rotorgene 6000 gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) (Qiagen, Almanya)cihazında, “HCV RNA Rt-quantitative 2.0 (NLM , İtalya)” kiti ile 5’-NCR ve core gen bölgesi çoğaltılarakamplikonlar elde edilmiştir. Genotiplendirmede, 5’NCR ve core bölgelerindeki varyasyonlara dayalı olarakHCV’nin 1, 2, 3, 4 ve 6 genotiplerini ve 1a, 1b, 2a/c, 2b, 3a, 3b, 3c, 3k 4a, 4b 4c/d, 4e, 4f, 4h, 5a,6a/b, 6g, 6f/q, 6m ve 7a alt tiplerini ayırt edebilen in vitro ters hibridizasyon esaslı ticari bir “line probassay (LI PA)” olan GEN-C 2.0 (NLM , İtalya) kiti kullanılmıştır. HCV ile enfekte DİMB olan 266 (%93.2)’sıerkek (yaş ortalaması: 25 ± 6.82) ve DİMB olmayan 454 (%51.3)’ü erkek (yaş ortalaması: 56.5 ± 16.06)hastanın HCV genotip dağılımı incelenmiştir. DİMB olan grupta sıklık sırasına göre; genotip 1a (%54.1),genotip 3a (%31.6), genotip 1b (%5.3), genotip 4c/d (%4.5), genotip 2b (%1.5), genotip 4 (%1.1),genotip 3 (%0.7) görülmüş ve birer hastada genotip 1 (%0.4), genotip 2a/c (%0.4) ve miks genotip(1+3a) (%0.4) saptanmıştır. DİMB olmayan grupta ise sıklık sırasına göre; genotip 1b (%62.3), genotip1a (%12.2), genotip 3a (%9.5), genotip 1 (%4), genotip 2a/c (%1.1), genotip 4 (%1) görülmüş ve birerhastada genotip 2b (%0.2), genotip 4c/d (%0.2), genotip 5a (%0.2), genotip 6a/b (%0.2), genotip 6(%0.2) ve miks genotip (3+4) (%0.2) saptanmıştır. Genotip 1a ve 3a, DİMB olanlarda anlamlı olarak (p<0.00001, p< 0.00001) daha yüksek oranlarda saptanırken, genotip 1b DİMB olmayanlarda anlamlı olarak(p< 0.00001) daha yüksek oranda saptanmıştır. Genotip 1a ve 3a, genç erkeklerde daha yaygın iken (p<0.00001, p= 0.000163), genotip 1b orta yaşlı kadınlarda (p< 0.00001) daha yüksek oranda saptanmıştır.Genotip 1b (p= 0.021) ve 3a’nın (p= 0.012) görülme sıklığı yabancı uyruklularda Türk hastalara göredaha yüksek bulunmuştur. Yıllara göre HCV genotip dağılımı incelendiğinde genotip 1b ve 1a oranlarınınazalma, genotip 3a oranının artış yönünde olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada DİMB olanlararasında HCV genotip dağılımının DİMB olmayan genel popülasyona göre farklı olduğu gözlenmiş,genotip 1a ve 3a’nın DİMB grubunda daha yaygın olduğu bulunmuştur. Ülkemizin diğer bölgelerindeolduğu gibi genel popülasyonda en sık genotip 1b saptanmıştır. Genotip 3a, yıllara göre anlamlı orandaartmaktadır. Dünyanın farklı bölgelerinde var olan genotiplerin çalışma grubumuzda da saptanması,şehrimizde yaşayan yabancı uyruklu kişiler ve bölgemizin bir turizm merkezi olmasından kaynaklanabilir.Ayrıca, DİMB olanların sayısında yıllara göre bir artış olup olmadığının da araştırılması gereklidir.

Genotype distribution of hepatitis C virus (HCV) can vary over the years between different patient_x000D_ groups and regions. The prevalence of intravenous drug users (IVDU) is known to increase in our country,_x000D_ yet there are a limited number of studies investigating the distribution of HCV genotypes in this group._x000D_ These data are essential for monitorization of the changes in HCV epidemiology. The present study aimed_x000D_ to evaluate the five-year results of HCV genotyping among patients infected with HCV related to IVDU_x000D_ and unrelated to drug use. Plasma samples of 720 patients (HCV antibody, HCV RNA positive), which_x000D_ were sent to our laboratory for HCV genotyping between January 2014-March 2019 were analyzed._x000D_ HCV RNA extraction from plasma samples was performed in the automated-extraction system of EZ1_x000D_ advanced (Qiagen, Germany) using the EZ1 virus mini kit v2.0 (Qiagen, Germany). Amplicons were_x000D_ obtained by amplifying the 5’NCR and core gene region in the Rotorgene 6000 real-time PCR (Qiagen,_x000D_ Germany) device with the HCV RNA real-time quantitative 2.0 (NLM , Italy) kit. For the genotyping, a_x000D_ commercial line probe assay (LI PA) based on in vitro reverse hybridization GEN-C2.0 kit (NLM , Italy)_x000D_ which can distinguish 1, 2, 3, 4, 6 genotypes and 1a, 1b, 2a/c, 2b, 3a, 3b, 3c, 3k, 4a, 4b, 4c/d, 4e, 4f,_x000D_ 4h, 5a, 6a/b, 6g, 6f/q, 6m, 7a subtypes of HCV, based on variations in the 5’-NCR and core regions was_x000D_ used. HCV genotype distribution of 266 IVDU (93.2%: male; median age: 25 ± 6.82) and 454 non-drug_x000D_ users (51.3%: male; median age: 56.5 ± 16.06) were examined. In order of frequency in the group with_x000D_ IVDU; genotype 1a, 3a, 1b, 4c/d, 2b, 4, 3 were observed and genotype 1, 2a/c and mixed genotype_x000D_ (1+3a) were detected in one patient. In the group without IVDU, in order of frequency; genotype 1b,_x000D_ 1a, 3a, 1, 2a/c, 4 were observed and genotype 2b, 4c/d, 5a, 6a/b, 6 and mixed genotype (3+4) were_x000D_ detected in one patient. Genotypes 1a and 3a were significantly higher in the IVDU group (p< 0.00001,_x000D_ p< 0.00001), while 1b was significantly higher in patients without IVDU (p< 0.00001). Genotypes 1a_x000D_ and 3a were more common in young men (p< 0.00001, p= 0.000163), while 1b was higher in middleaged_x000D_ women (p< 0.00001). The incidence of genotypes 1b (p= 0.021) and 3a (p= 0.012) was higher in foreign nationals than the Turkish patients. When the HCV genotype distribution was examined by years,_x000D_ it was observed that the percentages of genotype 1b and 1a were decreasing, while the percentage of_x000D_ genotype 3a was increasing. As a result, in this study, HCV genotype distribution among IVDU was observed_x000D_ to be different from the general population without IVDU. It was found that genotypes 1a and 3a_x000D_ were more common in the IVDU group. As in the other regions of our country, genotype 1b was found_x000D_ most frequently in the general population. Genotype 3a increases significantly compared to years. In our_x000D_ study, the determination of genotypes existing in different parts of the world may be due to the foreign_x000D_ nationals living in our city and our region is a tourism center. It is also necessary to investigate whether_x000D_ there is an increase in IVDU over the years.