Person: PEKER EYÜBOĞLU, İREM
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
PEKER EYÜBOĞLU
First Name
İREM
Name
10 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 10
Publication Metadata only Deneysel sepsis modelinde akut kardiyopulmoner ve serebral hasarda nöropeptit W'nin etkisi(2019-12-13) ATICI, ALİ EMRE; PEKER EYÜBOĞLU, İREM; YEGEN, BERRAK; AKKİPRİK, MUSTAFA; ERCAN, FERİHA; ATICI A. E., ARABACI TAMER S., levent h. n., PEKER EYÜBOĞLU İ., ERCAN F., AKKİPRİK M., YEGEN B.Giriş ve Amaç: Ciddi enfeksiyonların neden olduğu sepsis ve beraberinde görülen çoklu organ yetmezliği, yüksek morbidite ve mortalite oranıyla en önemli klinik sendromlardan biridir. Yakın zamanda tanımlanan ve nöroendokrin düzenlemelerde işlev gördüğü gösterilen nöropeptit W (NPW)’nin, deneysel sepsis modeli oluşturularak akciğer, kalp ve beyin dokularında indüklenen oksidatif hasarda olası tedavi edici etkilerini araştırmayı amaçladık. Yöntemler: Ketamin anestezisi altında, Sprague-Dawley erkek sıçanlarda sham-operasyon (n=8) yapıldı veya çekal ligasyon ve perforasyon ile sepsis oluşturuldu (n=64). Post-operatif ciltaltına 3 doz (hemen sonra, 12. ve 24. saatlerde) serum fizyolojik (SF) veya TNF-alfa inhibitörü + antibiyotik (1 mg/kg etanersept + 100 mg/kg seftriakson) veya NPW (0,1; 0,3; 1, 3 ve 10 g/kg) uygulanırken, sham-opere gruba SF enjeksiyonları yapıldı. Yirmibeşinci saatte alınan kan örneklerinde C-reaktif protein (CRP), kortikosteron ve IL-6 düzeyleri ile çıkarılan akciğer, kalp ve beyin dokularında antioksidan glutatyon, lipit peroksidasyonunu gösteren malondialdehit ile nükleer faktör kappa-B (NF- B) mRNA ekspresyon düzeyleri ölçüldü. Hematoksilen-eozin ile histopatolojik değerlendirmeler yapıldı. Verilerin analizinde ANOVA ve Student’ın t-testleri kullanıldı. Bulgular: Etanersept+antibiyotik veya NPW (1-10 g/kg) tedavili sepsis gruplarında IL6, kortikosteron ve CRP düzeyleri SF-tedavili sepsis grubuna göre düşük bulundu (p<0,05-0,001). SFsepsis grubunda beyinde ve akciğerde malondialdehit düzeylerinin arttığı (p<0,01) ve glutatyonun düştüğü (p<0,01) gözlendi. Etanersept+antibiyotik tedavisi veya NPW beyindeki bu değişiklikleri engelledi (p<0,05-0,001). Buna karşın, akciğerde sepsisle artan malondialdehit ve azalan glutatyon düzeylerine antibiyotik+etanersept etkili olmazken, NPW (0,1-0,3 g/kg) akciğerde malondialdehit düzeyini düşürdü (p<0,05-0,01). Kalp dokusunda ölçülen malondialdehit ve glutatyon düzeyleri ile tüm dokularda ölçülen NF- B ekspresyonları açısından gruplar arasında anlamlı fark bulunmadı. SF-tedavili sepsis grubunda gözlenen dejenere nöron sayısında artış, akciğerde şiddetli kanama, alveoler yapıda bozulma ve nötrofil infiltrasyonu ile kardiyomiyositlerdeki konjesyon ve orta derecede hasar gibi değişikliklerin etanersept+antibiyotik ve NPW (10 g/kg) ile hafiflediği ve histolojik yapıların neredeyse normale döndüğü izlendi. Sonuç: Sepsisin ilk 24 saatinde uygulanan NPW, doza bağımlı olarak akciğer ve beyinde oksidatif hasara karşı koruyucu etki göstermektedir.Publication Metadata only Arşivlenmiş RNA Örneklerinin Gen Ekspresyon Analizleri Açısından Performansının Değerlendirilmesi Üzerine Metodolojik Çalışma(2023-01-01) GÜLLÜ AMURAN, GÖKÇE; PEKER EYÜBOĞLU, İREM; KAYA, HANDAN; AKKİPRİK, MUSTAFA; GÜLLÜ AMURAN G., POLAT B., PEKER EYÜBOĞLU İ., ÖZMEN T., KAYA H., AKKİPRİK M.Publication Open Access Neuropeptide w alleviates hepatorenal oxidative damage in sepsis-induced rats(2020-05-01) ATICI, ALİ EMRE; PEKER EYÜBOĞLU, İREM; ERCAN, FERİHA; AKKİPRİK, MUSTAFA; YEGEN, BERRAK; ATICI A. E., ARABACI TAMER S., levent h. n., PEKER EYÜBOĞLU İ., ERCAN F., AKKİPRİK M., YEGEN B.Background: Despite modern surgical, medical and intensive care treatments, sepsis is still one of the most frequent causes of morbidity and mortality due to multiple life-threatening organ dysfunctions. We aimed to investigate the possible protective effect of neuropeptide W (NPW), a novel peptide effective in regulating neuroendocrine functions, against sepsisinduced hepatorenal damage. Methods: In male Sprague-Dawley rats (200–250 g), sepsis was induced by cecal ligation and puncture under ketamine anesthesia (n=48). Immediately after surgery, saline or TNF-alpha inhibitor (etanercept; 1 mg/kg) plus antibiotic (ceftriaxon; 100 mg/kg) (ET+C) or NPW (0.1, 0.3, 1 or 3 mg/kg) was given subcutaneously, and repeated at 12th and 24th hours, while sham-operated control group (n=8) received three saline injections within twenty-four hours. Rats were decapitated at the 25th hour of surgery and C-reactive protein (CRP), corticosterone and IL-6 levels were measured in serum samples. Kidney and liver samples were obtained for the measurement of myeloperoxidase activity (MPO), malondialdehyde and glutathione levels and nuclear factor kappa-B (NF-kB) mRNA expression levels. Histopathological evaluations were performed in hematoxylin-eosin-stained samples. ANOVA and Student's t-tests were used for data analysis. Results: Elevated serum levels of IL-6, corticosterone and CRP (p<0.05-0.01) in saline-treated sepsis group, as compared to controls, were depressed in the ET+C- (p<0.05) or NPW- (p<0.05-0.001) treated groups. Hepatic malondialdehyde and MPO levels, which were increased in salinetreated sepsis group (p<0.05 and p<0.001), were decreased by ET+C- (p<0.01) or NPW (p<0.05-0.001) treatments. Similarly, increased renal malondialdehyde level was depressed by NPW (p<0.05), but not by ET+C; while none of the treatments had an inhibitory effect on renal MPO. In contrast to replenished renal glutathione levels by all treatments, hepatic glutathione content was not changed by any of the treatments. Hepatic and renal NF-kB mRNA expressions were similar in all groups. Severe hepatocyte degeneration, sinusoidal congestion and inflammatory cell infiltration were observed in saline-treated sepsis group, while parenchymal degeneration, congestion and Kupffer cell activation were mild in ET+Cand NPW-treated sepsis groups. Similarly, severe degeneration of renal corpuscles and tubules with glomerular and interstitial congestion in the saline-treated sepsis group was replaced by moderate glomerular and interstitial vascular congestion and mild tubular congestion in both NPW- and ET+C-treated groups. Conclusion: NPW, applied during the first 24 hours of sepsis, exerted a dose-dependent protective effect against hepatorenal damage, which appears to involve an inhibitorPublication Metadata only Investigation of biphosphonate and melatonin combine treatment on bone formation/resorption rate and morphology in a rat model of osteoporosis(2016-09-01) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; YEGEN, BERRAK; AKKİPRİK, MUSTAFA; ERCAN, FERİHA; GÜRLER E. B., PEKER EYÜBOĞLU İ., çilingir kaya ö. T., AKKİPRİK M., ERCAN F., YEGEN B.Publication Metadata only Sistemik antipsoriatik tedavinin depresyonun subjektif ve biyokimyasal göstergelerine etkisi(2019-04-10) ERGUN, SAFİYE ATLAS TÜLİN; PEKER EYÜBOĞLU, İREM; SEÇKİN GENÇOSMANOĞLU, DİLEK; CÖBEK ÜNALAN, GÜLRU PEMRA; AKKİPRİK, MUSTAFA; AKSOY H., ERGUN S. A. T., AKKİPRİK M., PEKER EYÜBOĞLU İ., SEÇKİN GENÇOSMANOĞLU D., CÖBEK ÜNALAN G. P., YÖNEY T. H.GİRİŞ VE AMAÇ: Psoriasis, depresyon riskini arttıran bir hastalıktır. Depresyon patogenezinde kronik inflamatuar süreçlerin, nöron maturasyonunu ve sağ kalımını etkileyen nörotropinleri baskılaması suçlanmaktadır. İyi bilinen bir nörotropin olan Brain derived neurostimulatory factor (BDNF), depresyonun moleküler belirteci olarak kullanılabilmektedir. Bu çalışmada, psoriasis hastaları ile hasta ve sağlıklı kontrol gruplarının subjektif ölçeklerle ve laboratuvar belirteçleriyle ölçülecek olan depresyon ve kaygı düzeyleri açısından karşılaştırılması ve psoriasis hastalarına verilen sistemik antipsoriatik tedavinin, depresyonun sübjektif ve biyokimyasal belirteçlerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya 18-65 yaş arasında, 31 psoriasis hastası, 31 hasta kontrol ve 31 sağlıklı gönüllü alındı. Her üç gruba ilk vizitte Beck Depresyon Ölçeği (BDÖ) ve Spielberger Sürekli Kaygı Ölçeği (SKÖ) uygulandı, serum BDNF ve serum proBDNF düzeyleri ölçüldü. Çalışma ve hasta kontrol gruplarına Dermatoloji Yaşam Kalite İndeksi (DYKİ) uygulandı. Tüm ölçekler ve laboratuvar testleri 3 aylık tedavi sonunda psoriasis hasta grubunda tekrarlandı. Psoriasis hastalarında hastalık şiddeti, tedavi öncesi ve sonrasında, doktor tarafından Psoriasis Alan Şiddet İndeksi (PAŞİ) ile değerlendirildi BULGULAR: Psoriasis hastalarında depresyon ve kaygı düzeyleri sağlıklı kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksek saptandı. Psoriasis hastalarında yaşam kalitesinin, hasta kontrol grubuna göre daha olumsuz etkilendiği belirlendi. Psoriasis hastalarında, tedavi öncesinde, BDNF ve proBDNF’de kontrollere göre anlamlı bir farklılık saptanmadı. Ancak sistemik antipsoriatik tedavi ile yaşam kalitesinde düzelme ve bununla ilişkili olarak depresyon düzeyinin anlamlı derecede azaldığı belirlendi. Tedavi sonrasında depresyonun laboratuvar belirteçlerinden proBDNF düzeylerinde anlamlı derecede azalma saptanırken, BDNF düzeylerinde değişim gözlenmedi. SONUÇ: Psoriasis, yaşam kalitesindeki etkilenmeye bağlı olarak depresyon ve kaygı düzeylerini arttırmakla birlikte, depresyonun biyokimyasal belirteçleri olan BDNF ve proBDNF düzeylerini etkilememiştir. Ancak, sistemik antipsoriatik tedavi ile depresyonun sübjektif ölçeğinde (BDÖ) iyileşme ve laboratuvar belirteçlerinden proBDNF’de azalma olması, sistemik antipsoriatik tedavinin depresyon riskini azaltabileceğini desteklemektedir. Tedavi sonunda BDNF düzeylerinde değişmenin olmaması, BDNF’nin, depresyonun biyokimyasal belirteci olduğu bilgisiyle çelişmektedir. Bunun olası nedeni, karmaşık bir patogenezi olan psoriasiste, depresyona neden olan nöromediatörlerin ve mekanizmaların farklı olması olabilir.Publication Metadata only Association of IGFBP5 and ERalpha with mir193b expression levels in breast cancer(2013-06-08) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; ERZİK, CAN; AKKİPRİK, MUSTAFA; PEKER EYÜBOĞLU İ., GÜLLÜ AMURAN G., HAHOLU A., ERZİK C., KÜÇÜKODACI Z., Baloglu H., ÖZER S. A., AKKİPRİK M.Publication Metadata only Association of IGFBP-5 exon-I methylation and gene expression in breast cancer(2013-06-08) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; ERZİK, CAN; AKKİPRİK, MUSTAFA; KARABULUT UZUNÇAKMAK S., KAYA Z., GÜLLÜ AMURAN G., PEKER EYÜBOĞLU İ., ÖZMEN T., ERZİK C., ÖZER S. A., AKKİPRİK M.Publication Metadata only Meme kanserinde insulin benzeri büyüme faktörü bağlayan protein-5 geni promotor ve ekzon-1 metilasyonunun gen ekspresyonu üzerine etkisi(2013-10-27) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; ERZİK, CAN; AKKİPRİK, MUSTAFA; KARABULUT UZUNÇAKMAK S., KAYA Z., GÜLLÜ AMURAN G., PEKER EYÜBOĞLU İ., ÖZMEN T., ERZİK C., ÖZER S. A., AKKİPRİK M.İnsulin benzeri büyüme faktörü (İGF-)-bağlayan protein-5 (İGFBP5), meme kanserinde hücre farklılaşması, metastaz, apoptoz, hücre büyümesi gibi biyolojik süreçlerde önemli fonksiyonlara sahip bir büyüme faktörüdür. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmalar gen ekspreyonu regülasyonunda önemli rol oynamaktadırlar. Bu çalışmanın amacı insan meme kanseri ve onların sağlıklı dokularında İGFBP5 geni promotor ve ekzon-1 bölgelerinin metilasyon düzeyini belirlemek ve bunun İGFBP5 ekspresyonuna etkisini ortaya çıkarmaktır. Çalışma 35 meme kanseri hastasından alınan 70 örnek (tümör ve komşu sağlıklı dokular) ile gerçekleştirildi. DNA metilasyon durumlarını ortaya çıkarmak için metilasyon spesifik PZR (MSP), metilasyonun ekspresyon üzerine etkisini belirlemek için ise gerçek zamanlı PZR (real time-PCR) tercih edildi. IGFBP5 ekspresyon analizi yapılan 14 örnekten üçünde DNA metilasyonu ile mRNA ekspresyonu arasında bir ilişki saptanmıştır. Bu örneklerden ilkinde kanserli dokuda promotor bölgesinin ve ikinci örnekte ekzon bölgesinin metilasyonunun azalması, sağlıklı dokuya oranla gen ekspresyonunu arttırmış, üçüncü örnekte ise yine kanserli dokuda artan ekzon metilasyonu mRNA ekspresyonunun azalmasına sebep olmuştur. Araştırılan 35 örneğin 11’nde kanserli ve sağlıklı doku arasında promotor ve ekzon bölge metilasyon kalıplarının farklı olduğu, diğerlerinde ise sağlıklı doku ve kanserli dokunun nerdeyse aynı metilasyon kalıbına sahip olduğu görülmüştür. İGFBP5 geni hem kanserli hem de sağlıklı dokuda ekzon bölgesi için çoğunlukla metillenmemiş, promotor bölgesi için çoğunlukla metile bantlar vermiştir. Elde edilen veriler ışığında İGFBP5 geni exon-1 ve promotor bölge metilasyon kalıplarının gen expresyonu üzerine etkili olduğu düşünülmektedir. İGFBP5 geni ekspresyon analiz çalışmaları devam etmektedir.Publication Metadata only Neuropeptide-w protects against stress-induced gastric ulcer in rats via the involvement of capsaicin-sensitive vagal afferent fibers(2020-11-28) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; AKKİPRİK, MUSTAFA; YEGEN, BERRAK; AKAKIN, DİLEK; ARABACI TAMER S., AKBULUT S., AKAKIN D., PEKER EYÜBOĞLU İ., AKKİPRİK M., YEGEN B.AIM: Neuropeptide-W (NPW), expressed in hypothalamus and peripheral organs, activates hypothalamus-pituitary-adrenal axis, and may have a physiological role in neuroendocrine response to stress. The aim was to evaluate protective effects of NPW on stress-induced gastric injury in rats. METHODS: Sprague-Dawley male rats were fasted for 24 hours, restrained and immersed in water-bath for 6 h to induce water-immersion restraint stress (WIRS), and NPW (0.1 or 5µg/kg) or saline was injected subcutaneously at 15 minutes before WIRS (n=24), while saline-injected control rats had no WIRS (n=8). For degeneration of vagal afferent fibers (VAD), in some rats (n=24) capsaicin (1%) was applied perivagally under ketamine anesthesia, and 3 weeks later WIRS was induced. Using a laser Doppler, gastric serosal blood flow was monitored under anesthesia. Following cardiac puncture, gastric tissues were removed for macroscopic/microscopic scoring and measurement of myeloperoxidase activity, malondialdehyde and glutathione levels. Gastric NF-κB and cerebral NPW mRNA expressions were detected by RT-PCR. One-way ANOVA was used for statistical analysis. RESULTS: WIRS decreased mean serosal blood flow, resulted in elevated macroscopic/ microscopic scores compared to control group (p<0.001), while myeloperoxidase activity and malondialdehyde level were elevated (p<0.05) and antioxidant glutathione was depleted (p<0.001). WIRS depressed gastric NF-κB and cerebral NPW mRNA expressions (p<0.01). Neither doses of NPW changed gastric NF-κB mRNA. Lowerdose of NPW elevated blood flow (p<0.001), abolished WIRS-induced elevations in myeloperoxidase and malondialdehyde levels (p<0.05). High-dose NPW replenished gastric glutathione and brain NPW expression and reduced scores (p<0.05-0.01). Despite that VAD did not alter effects of high-dose NPW, reductions in malondialdehyde and myeloperoxidase, and improvement in blood flow by low-dose NPW were abolished by VAD (p<0.05). CONCLUSION: In stress-induced oxidative gastric injury, NPW provides gastroprotection by improving depressed blood flow and inhibiting ulcer-induced oxidative injury, which involve contribution of vagal afferent fibersPublication Open Access Correlation between plasma ccfDNA, mtDNA changes, CTCs, and epithelial-mesenchymal transition in breast cancer patients undergoing NACT(2024-01-01) PEKER EYÜBOĞLU, İREM; GÜLLÜ AMURAN, GÖKÇE; YUMUK, PERRAN FULDEN; AKKİPRİK, MUSTAFA; Çelik B., PEKER EYÜBOĞLU İ., Koca S., Ümit Uğurlu M., Alan Ö., GÜLLÜ AMURAN G., AKIN TELLİ T., Yumuk F., AKKİPRİK M.Background/aim: Breast cancer is the most prevalent cancer in women, emphasizing need for noninvasive blood biomarkers to aid in treatment selection. Previous studies have demonstrated elevated levels of plasma circulating cell-free DNA (ccfDNA) in breast cancer patients. Both ccfDNA and mitochondrial DNA (mtDNA) are fragments released into the bloodstream. In this study, we investigated effectiveness of ccfDNA and mtDNA as indicators of treatment response and explored their potential as monitoring biomarkers. Additionally, we compared these markers with circulating tumor cell (CTC) data and assessed their relationship with epithelialmesenchymal transition (EMT). Materials and methods: Thirty-six female breast cancer patients and 21 healthy females were included in the study. Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) was performed on plasma samples to measure levels of ND1, ND4, ALU115, ALU247, and GAPDH, and DNA integrity was determined by calculating ratios of ALU247/ALU115 and ND4/ND1. Results: After treatment, patients had a significant decrease in ccfDNA levels and a significant increase in mtDNA copy number (mtDNAcn). However, there was no significant change in ccfDNA and mtDNA integrity. When comparing all groups, patients exhibited higher levels of ALU115 and ALU247 compared to controls. Moreover, patients demonstrated significantly lower ccfDNA integrity than controls. Conclusion: This study represents the first comprehensive investigation of plasma ccfDNA levels, mtDNAcn, and integrities collectively. Furthermore, it is the first study to explore the relationship between these markers and CTCs, cancer stem cell markers, treatment response, and metastatic status. Our findings suggest that plasma ccfDNA and mtDNA may serve as potential biomarkers for assessing chemotherapy response and can be employed alone or in combination with other biomarkers to monitor treatment efficacy in breast cancer patients. Key words: Breast cancer, ccfDNA, mtDNA, neoadjuvant therapy, EMT