Person: GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE
Loading...
Email Address
Birth Date
Research Projects
Organizational Units
Job Title
Last Name
GEÇKİNLİ
First Name
BİLGEN BİLGE
Name
41 results
Search Results
Now showing 1 - 10 of 41
Publication Metadata only The use of long-range pcr protocol in the diagnosis of friedreich ataxia(2020-11-22) ALAVANDA, CEREN; POLAT, HAMZA; SÖYLEMEZ, MEHMET ALİ; GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ATA, PINAR; ARMAN, AHMET; ALAVANDA C., POLAT H., DEMİR Ş., ARSLAN ATEŞ E., SÖYLEMEZ M. A., GEÇKİNLİ B. B., ATA P., ARMAN A.Introduction: Friedreich ataxia(FRDA) is multisystemic disorder characterized by trinucleotide expansions in FXN gene. It’s one of the most common causes of autosomal recessive ataxia. Material/Method: Fragment analysis method was used to detect GAA triple nucleotide repeat expansions in the first intron of the FXN gene. Long-range PCR was performed with primers selected from both in intron and exon for confirmation in patients with more than two hundred repeats. Results: Fragment analysis was performed in 20 patients with FRDA pre-diagnosis. Long-range PCR was performed in 5 patients with more than 200 GAA repeats. After long-range PCR, the number of repetitions between 180 and 1450 was found in these patients. One allele of two siblings whose fragment analysis gave negative results was found to have an approximately 950 repeats. FXN gene sequence analysis was planned in order not to miss point mutations in patients with negative results. In order to provide appropriate genetic counseling to patients, segregation studies are continuing. Discussion: Although fragment analysis is reliable method in this disease, its reliability decreases when the number of repeats is high. Although Southern-blot method can be used for confirmation, long-range PCR protocols which are cheaper and easier, can also be applied.Publication Metadata only Bi-allelic TTI1 variants cause an autosomal-recessive neurodevelopmental disorder with microcephaly(2023-03-01) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; Serey-Gaut M., Cortes M., Makrythanasis P., Suri M., Taylor A. M. R., Sullivan J. A., Asleh A. N., Mitra J., Dar M. A., McNamara A., et al.Telomere maintenance 2 (TELO2), Tel2 interacting protein 2 (TTI2), and Tel2 interacting protein 1 (TTI1) are the three components of the conserved Triple T (TTT) complex that modulates activity of phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinases (PIKKs), including mTOR, ATM, and ATR, by regulating the assembly of mTOR complex 1 (mTORC1). The TTT complex is essential for the expression, maturation, and stability of ATM and ATR in response to DNA damage. TELO2- and TTI2-related bi-allelic autosomal-recessive (AR) en-cephalopathies have been described in individuals with moderate to severe intellectual disability (ID), short stature, postnatal micro-cephaly, and a movement disorder (in the case of variants within TELO2). We present clinical, genomic, and functional data from 11 individuals in 9 unrelated families with bi-allelic variants in TTI1. All present with ID, and most with microcephaly, short stature, and a movement disorder. Functional studies performed in HEK293T cell lines and fibroblasts and lymphoblastoid cells derived from 4 unrelated individuals showed impairment of the TTT complex and of mTOR pathway activity which is improved by treatment with Rapamycin. Our data delineate a TTI1-related neurodevelopmental disorder and expand the group of disorders related to the TTT complex.Publication Metadata only Hipoplastik aneminin nadir bir formu; ghosal hematodiafizer displazi(2021-11-28) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ARMAN, AHMET; POLAT H., GEÇKİNLİ B. B., ARSLAN ATEŞ E., ALAVANDA C., Demir Ş., Dirimtekin E., Başer Z. M., ARMAN A.Ghosal hematodiafizer displazi, uzun kemiklerin metadiafizyal displazisi ve kemik iliğinin fibrozisi veya sklerozuna bağlı inefektif hematopoez ile karakterize, nadir görülen otozomal resesif kalıtılan bir sendromdur. Endoplazmik retikulum membran proteini olan Tromboksan A Sentaz 1 enzimini kodlayan TBXAS1 genindeki mutasyonlar bu sendroma neden olmaktadır. Hastalarda görülen anemi ve kan tranfüzyonu ihtiyacı kortikosteroidler ile etkili şekilde tedavi edilebildiğinden diğer sklerozan kemik hastalıklarından ayırt edilmesi önemlidir. TBXAS1 geninde homozigot mutasyon saptanarak Ghosal Hematodiyafizer Displazi tanısı konulan hastanın klinik bulgularının genetik analiz sonuçları eşliğinde sunulması amaçlanmıştır. Periferik kandan DNA izolasyonu sonrası genomda kodlama yapan tüm gen bölgeleri Clinical Exome Sequencing (CES) kiti Agilent SureSelect V5 kullanılarak İllumina NextSeq Platformunda dizilenmiştir. Elde edilen veriler Sophia DDM veri analizi platformu aracılığı ile analiz edilmiştir. Saptanan mutasyon Sanger dizi analizi konfirme edilmiş ve aile bireylerinden segregasyon yapılmıştır. Tarafımıza yönlendirilen bir yaşında erkek hasta insidental saptanan hemoglobin ve trombosit düşüklüğü nedeniyle takibe alındı. Eritrosit replasman ihtiyacının olması üzerine kemik iliği aspirasyonu yapılan hastada normosellüler kemik iliği, normoblastik eritroid matürasyon, kesintisiz rölatif azalmış myelopoez ve nadir megakaryosit varlığı gözlendi. Periferik yaymada ise anizositoz, hipokromi, poikilositoz, polikromazi, yer yer şistozit ve gözyaşı hücreleri izlendi. Bu bulgulara eşlik eden displazi ve malign hücreler saptanmadı. Hastanın fizik muayenesi ve görüntülemelerinde hepatosplenomegali ve lenfadenopati saptanmadı. Hastada hemolitik aneminin eşlik edebileceği Atipik Hemolitik Üremik Sendrom, Konjenital Trombositopenik Purpura ve Proksismal Noktürnal Hemoglobinüri ön tanıları düşünüldü. Hastanın Tıbbi Genetik poliklinik değerlendirmesinde hemolitik anemiye eşlik eden kemik grafilerinde epifizyal diyafizyer düzensizlikler, kortikal hiperostozis ve mild mental retardasyon izlendi. Tanıya yönelik Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemi ile klinik ekzom dizileme planlandı. Klinik ekzom dizilemede hemolitik anemi ile ilişkilendirilmiş genlerden kliniği açıklayabilecek bir varyasyon saptanmamış, TBXAS1 geninde homozigot c.1238 G>A p.(Arg413Gln) varyasyonu saptanmıştır. Literatürde steroid tedavisi sonrası aneminin gerilediği bildirildiğinden hastaya tedavi başlanmış olumlu yanıt alınmıştır. Ortak bulgularla seyreden farklı grup hastalıkların tanısında masif paralel dizileme teknolojileri hızlı tanı koymayı sağlamakta ve tedavi açısından yol gösterici olmaktadır. Bu çalışma TBXAS1 geninde saptanan novel varyasyon ile literatüre katkı sağlaması ve bir çok moleküler mekanizmayla ilişkili olabilecek hastalıklarda masif paralel dizilemenin önemini vurgulamak amacıyla sunulmaktadır. Anahtar Kelimeler: Ghosal hematodiafizer displazi, Hipoplastik anemi, TBXAS1Publication Open Access Contribution of genotypes in Prothrombin and Factor V Leiden to COVID-19 and disease severity in patients at high risk for hereditary thrombophilia(2023-02-01) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ALAVANDA, CEREN; Kiraz A., Sezer O., ALEMDAR A., Canbek S., Duman N., BİŞGİN A., Cora T., Ruhi H. I., Ergoren M. C., GEÇKİNLİ B. B., et al.Thrombotic and microangiopathic effects have been reported in COVID-19 patients. This study examined the contribution of the hereditary thrombophilia factors Prothrombin (FII) and Factor V Leiden (FVL) genotypes to the severity of COVID-19 disease and the development of thrombosis. This study investigated FII and FVL alleles in a cohort of 9508 patients (2606 male and 6902 female) with thrombophilia. It was observed that 930 of these patients had been infected by SARS-CoV-2 causing COVID-19. The demographic characteristics of the patients and their COVID-19 medical history were recorded. Detailed clinical manifestations were analyzed in a group of cases (n = 4092). This subgroup was age and gender-matched. FII and FVL frequency data of healthy populations without thrombophilia risk were obtained from Bursa Uludag University Medical Genetic Department\"s Exome Databank. The ratio of males (31.08%; 27.01%) and the mean age (36.85 ± 15.20; 33.89 ± 14.14) were higher among COVID-19 patients compared to non-COVID-19 patients. The prevalence of FVL and computerized tomography (CT) positivity in COVID-19 patients was statistically significant in the thrombotic subgroup (p < 0.05). FVL prevalence, CT positivity rate, history of thrombosis, and pulmonary thromboembolism complication were found to be higher in deceased COVID-19 patients (p < 0.05). Disease severity was mainly affected by FVL and not related to genotypes at the Prothrombin mutations. Overall, disease severity and development of thrombosis in COVID-19 are mainly affected by the variation within the FVL gene. Possible FVL mutation should be investigated in COVID-19 patients and appropriate treatment should be started earlier in FVL-positive patients.Publication Metadata only Characterization of brca genes’ variants in turkish hereditary breast and ovarian cancer (hboc) patients(2020-06-09) SÖYLEMEZ, MEHMET ALİ; GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; GÜNEY, AHMET İLTER; ARSLAN ATEŞ E., ALAVANDA C., TÜRKYILMAZ A., POLAT H., SÖYLEMEZ M. A., GEÇKİNLİ B. B., GÜNEY A. İ.Publication Metadata only A recurrent smad4 mutation causing familial myhre syndrome(2020-11-22) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ATA, PINAR; ARMAN, AHMET; DEMİR Ş., ARSLAN ATEŞ E., GEÇKİNLİ B. B., Aslanger A., ALAVANDA C., POLAT H., ATA P., ARMAN A.Publication Metadata only Enostosis in a patient with KBG syndrome caused by a novel missense ANKRD11 variant(2022-07-01) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ALAVANDA, CEREN; ARMAN, AHMET; GEÇKİNLİ B. B., ALAVANDA C., Ates E. A., Yildirim O., ARMAN A.KBG syndrome (KBGS-OMIM:#148050) is a rare autosomal dominant disease characterized by short stature, intellectual disability, characteristic facies, skeletal anomalies and macrodontia that most commonly affect the permanent upper central incisors. In 2011, Sirmaci et al. (2011) identified heterozygous loss-of-function variants in the ANKRD11 gene on chromosome 16q24.3. So far, more than 150 patients have been reported in the literature. ANKRD11 gene encodes ankyrin repeat domain-containing protein 11 that regulates transcriptional activation (Zhang et al., 2004). Apart from single-nucleotide variations in the ANKRD11 gene, copy number variations on chromosome 16q24.3 can also cause KBG syndrome-like phenotype. In this study, we present a patient with de-novo novel missense variant in ANKRD11 gene. We have also identified skeletal bone enostosis as an additional finding, which is not previously reported.Publication Metadata only Novel splicing mutation in RAB3GAP1 Gene and microduplication of 3q29 in a patient withWarburg Micro syndrome(2020-11-22) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ALAVANDA, CEREN; ARMAN, AHMET; GEÇKİNLİ B. B., TÜRKYILMAZ A., ALAVANDA C., SAĞER S. G., ARSLAN ATEŞ E., ARMAN A.Publication Metadata only A Turkish family with hexanucleotide repeat expansion in C9orf72 gene(2020-11-22) GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ARMAN, AHMET; POLAT H., ALAVANDA C., DEMİR Ş., ARSLAN ATEŞ E., GEÇKİNLİ B. B., ARMAN A.Publication Metadata only Yeni nesil dizileme analizi ıle saptanan gen/psödogen varyantlarının ayrıştırılmasında kullanışlı bir araç: Haplotip analizi(2021-11-28) SÖYLEMEZ, MEHMET ALİ; GEÇKİNLİ, BİLGEN BİLGE; ATA, PINAR; ARSLAN ATEŞ E., ALAVANDA C., POLAT H., Demir Ş., Dirimtekin E., Başer Z. M., Yıldırım Ö., SÖYLEMEZ M. A., GEÇKİNLİ B. B., ATA P., et al.Giriş: Lynch Sendromu, diğer adıyla Herediter Nonpolipozis Kolon Kanseri (HNPCC), kolorektal kanserler başta olmak üzere gastrointestinal sistem kanserleri, endometrium kanseri, meme kanseri gibi kanserlerle karşımıza çıkan kalıtımsal bir kanser yatkınlık sendromudur. Hatalı eşleşme tamir genlerindeki (MMR genleri: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 ve EPCAM) mutasyonlar Lynch Sendromuna neden olmaktadır. Olgu: Tarafımıza endometrium kanseri tanısı ile yönlendirilen 69 yaşında kadın olgu polikliniğimizde değerlendirildi. Olgunun 3 yıl önce kolon kanseri tanısı nedeniyle yapılan rutin takiplerinde endometrial kitle saptanması üzerine yapılan total abdominal histerektomi öyküsü mevcuttu. Pedigri analizinde kanser öyküsü bulunmayan hasta izole vaka olarak değerlendirildi. Patolojik değerlendirmesinde endometrial kanser tanısı alan hastanın tümör dokusunda yüksek mikrosatellit instabilitesi ve PMS2 ekspresyon kaybı saptandı, MLH1 hipermetilasyonu ve BRAF V600E mutasyonu saptanmadı. Periferik kandan DNA izolasyonu (QIAamp DNA Mini Kit, QIAGEN Germantown, MD USA) sonrası MLH1 ve PMS2 genleri Illumina MiSeq platformunda, HNPCC MASTR Plus (Multiplicom, Agilent,CA,USA) kiti kullanılarak yeni nesil dizi analizi yöntemiyle değerlendirildi. MLH1 geninde mutasyon saptanmayan olguda PMS2 geni ekzon 11’de heterozigot 47bç bir duplikasyon saptandı (c.1362_1407dup; p.Pro470Valfs*3). Mutasyon veri tabanlarında tanımlı değildi, çerçeve kaymasına yol açarak erken stop kodonuna sebep olması beklendiğinden patojenik bir varyant olarak değerlendirildi. Ancak pseödogen nedeniyle tahmin ettiğimiz gibi kopya sayı analizinde ekzon 11’in 4 kopya olduğu görünmekteydi. Amplikon değerlendirildiğinde bu bölgede PMS2CL ile PMS2 arasında kısmen düşük bir homoloji olduğu dikkat çekiciydi (%96). Farklı olan nükleotidlerin değerlendirilmesi ile yapılan haplotip analizinde insersiyonun olduğu okumaların tamamıyla PMS2 genine ait olduğu ortaya koyuldu. Sonuç: Psödogenler moleküler tanıyı zorlaştıran bir problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Gen ile psödogenleri arasındaki minimal farklılıkları kullanarak saptanan mutasyonun gen veya psödogen üzerinde olduğunu belirlemek ek yöntemler gerektirmektedir. Bu durum tanıda gecikmelere yol açması ve ek olanaklar gerektirmesi bakımından klinik pratikte zorluklara yol açmaktadır. Bu çalışmada yeni nesil dizileme yönteminin tek bir DNA ipliğine ait diziyi ortaya koyma avantajı kullanılarak amplikondaki tek nükleotid varyasyonları (SNVs) analiz edilmiş ve amplikonun kopyalandığı DNA molekülünün tamamıyla PMS2 genine ait olduğu gösterilmiştir. Varyasyonun psödogene ait olduğundan şüphelenildiğinde amplikonun bilgi verici SNV’ler açısından değerlendirilmesi ek tetkik gereksinimini ortadan kaldırarak zaman kazandıracak ve gereksiz harcamaları da azaltacaktır.