Publication: Antimikrobiyel Ajanların Etkisini Anlamak Için Sistem Biyolojisi Yaklasımı Ile Birlestirilmis OMIK Verilerin Analizi
Loading...
Date
2017-01-08
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Bu proje aporfin sınıfına ait farklı alkaloitlerin antibakteriyel mekanizmalarının proteom ve lipidom çalışmaları ile anlaşılmasını ve yeni ilaç adayları olarak değerlendirilebilmesini hedeflemektedir. Bu hedef doğrultusunda incelenmek üzere (-)-römerin, boldin ve bulbokapnin olmak üzere üç farklı alkaloit belirlenmiş ve model mikroorganizma olarak da Escherichia coli ve Bacillus subtilis seçilmiştir. Bu üç alkaloidin seçilmesinin en önemli nedeni hepsinin aporfine sııfına ait olmaları ve yapısal olarak birbirlerine yüksek benzerlik göstermeleridir. Alkaloitlerin olası etkilerinin anlaşılması doğrultusunda öncelikle çalışma konsantrasyonunun seçilebilmesi için büyüme eğrileri çıkarılmış ve canlı hücre sayıları belirlenmiştir. Ayrıca B. subtilis stres koşullarında spor oluşturduğu için, çalışılan konsantrasyonda bu bakterinin spor oluşturmamış olmamasına dikkat edilmiştir. 100 μg mL-1 (-)-römerin varlığında E. coli hücrelerinde genel olarak hücre içi karbonhidrat varlığını kısıtlanmakta ve hücre porinleri azalmaktadır. Ozmotik denge ile ilgili ciddi bir değişiklik olmamıştır. 75 μg mL-1 (-)-römerin varlığında B. subtilis hücrelerinde ise yine hücre içi karbon akışı azalırken stres proteinlerinde önemli bir artış kaydedilmiştir. Ayrıca her iki bakteri için de çoklu ilaç direnç pompalarının önemi gözardı edilmemelidir. Bu iki model bakteride (-)- römerin varlığındaki lipidom değişikliklerini bakıldığında ise, lipit dağılımlarında önemlifarklılaşmalar kaydedilmiştir. (-)-Römerin varlığında hücre zarındaki taşınım proteinlerindeki farklılaşma da lipit dağılımındaki farklılaşma ile uyumludur. Diğer taraftan boldine ve bulbokapninin yüksek konsantrasyonlarında bile E. coli ve B. subtilis hücrelerinde belirgin bir aktivite gözlemlenmemiştir. Bu doğrultuda (-)-römerinin yeni bir antibakteriyel ilaç adayı olarak değerlendirilmesi önerilebilir.
Description
Keywords
Mühendislik, Biyotıp