Tübitak Proje Çıktıları

Permanent URI for this collection

https://hdl.handle.net/11424/280662

Browse

Now showing 1 - 7 of 7

Open Access
Anaerobik arıtmada etkin olan metan arkea topluluğunun 16S r DNA analizi yapılarak karakterizasyonu
(2003-01-10) Bahar İNCE;Betül KIRDAR;ORHAN İNCE;SÜLEYMAN ÖVEZ;Germirli Fatoş BABUNA;Tunga AKARSUBAŞI; Boğaziçi Üniversitesi, Çevre Bilimleri Enstitüsü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Boş;İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Biyoteknoloji Laboratuvarı, İstanbul, Türkiye
Biyolojik atıksu arıtma sistemlerinin performansı esas olarak mikroorganizma topluluğunun biyokimyasal döngüler yoluyla elementleri dönüştürme kapasitesine bağlıdır. Biyolojik atıksu arıtma sistemlerinin geliştirilmesinde, bilimadamları döngüyü gerçekleştiren mikroorganizma türü ya da topluluk yapısı ve fonksiyonlarından ziyade "olayın gelişim süreci" üzerinde yoğunlaşmışlardır. Çoğu zaman, biyolojik prosesin tasarımı, ilgili süreç tam olarak anlaşılmadan yapılmaktadır. Araştırmacılar havalı ve havasız arıtma sistemlerinde tür çeşitliliği ve reaktör performansı arasında ilişki bulunduğunu saptamışlardır. Günümüzde havasız arıtma sistemleri orta ve yüksek derecede kuvvetli organik maddeler içeren atıksular için yaygın olarak kullanılmaktadır. Havasız arıtma sistemlerinde bulunan mikroorganizma topluluklarının tespit edilmesi, gerek sistem tasarımı aşamasında ve gerekse performanslarının arttırılmasına katkıda bulunacaktır. Bu nedenle, havasız arıtma reaktörlerinden alman çamur örneklerinde, arkeal toplulukların saptanması ve topluluğun dinamiğinin belirlenmesi için güncel 16S rDNA bazlı filogenetik analiz yöntemi, denaturant gradyan jel elektroforezi ve sekans analiz yöntemleri kullanılarak çalışılmıştır. Dolayısıyla, rastlantısal ve rastlantısal olmayan mikroorganizma topluluğu oluşumu ile performans arasındaki ilişkiyi belirlemek için laboratuvar-ölçekli bir anaerobik reaktör işletme sürecinde izlenmiştir. Metan aktivitesine bağlı olarak Arkeal topluluklarin dağılımı ve türleri, alkol distilasyonu atık suyu arıtan gerçek-ölçekli yukarı akışlı bir anaerobik reaktör sisteminden alınan çamurla inokule edilmiş, tam karışımlı laboratuvar boyutlu ilaç atık suyunu arıtan bir anaerobik reaktörde araştırılmış ve sonuçlar performans ile ilişkilendirilmiştir. Farklı metan üretimi seviyelerine rağmen, arkeal toplulukta hiçbir değişim gözlenmemiştir. PCR-DGGE birleşik metodolojisi aslında tam anlamıyla kantitatif bir yöntem olmamakla birlikte, jeldeki bant yoğunluğu farklılıklarına bakarak, uygulanan besleme rejimi boyunca farklı arkeal grupların etkin olduğu söylenebilir. Hem asetoklastik hemde Ha/CC^ kullanan metan grubu arkea reaktörde bulunmuştur. Toplamda beş ayrı operasyonel aktif grup (bant-taxa) belirlenmiştir, hemen hepsi metan grubuna dahil olan Methanobacterium formlcicum, Methanosaeta concilli, daha kültürü üretilmemiş olan diğer iki taxa 'da metan grubu altında bulunmaktadır; sadece bir taxon bu gruba dahil değildir ki adı, Thermoplasmales tir.
Open Access
Ankara ili liken florası
(2007-01-01) ATİLA YILDIZ;Volker JOHN;Kadir KINALIOĞLU;Gülşah ÇOBANOĞLU; Bozok Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Yozgat, Türkiye;Anadolu Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Eskişehir, Türkiye;Giresun Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Giresun, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımı ile Kanser İlintili İşaretçi Moleküllerin Tespiti ve Haritalanması
(2018-15-04) KAZIM YALÇIN ARĞA;Beste TURANLI; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Adres yazılmamış
Son yüzyılın en önemli hastalıklarından biri olan kanserden milyonlarca insan zarar görmekteveya hayatlarını yitirmektedir. Kanser Daire Başkanlığı?nın yayınladığı en son resmi verileregöre ülkemizde her yıl yaklaşık 159 bin kişi kansere yakalanmaktadır. Hastalıkla ilgili bu denliciddi bir tablo olmasına karşın, henüz hastalığın moleküler mekanizması aydınlatılamamış vebazı türlerinde erken teşhisiyle ilgili sıkıntılar yaşanmaktadır. Sunulan projede, sistembiyolojisi bakış açısıyla ve özgün bir yöntem ile 13 kanser türünü içeren 39 veri setine ait 1732örnekten omik veri analizini gerçekleştirilmiş ve böylece, kanserlerin arasındaki ortak ya dafarklılık gösteren işaretçi biyomoleküller bulunmuştur.Onaylanan Bütçe:Bu projede transkriptomik seviyede bilgiden yola çıkılarak, diğer çalışmalardan farklı olarak üçgenom-seviyeli biyolojik ağ, transkripsiyonel düzenleyici ağ (transkripsiyon faktör, miRNA vehedef genler), protein-protein etkileşim ağı ve metabolik ağ (gen-enzim-tepkime-metabolitilişkileri), bilgisinden eş zamanlı yararlanılmıştır. Farklı omik seviyelerinden gelen yüksekhacimli verilerin biyolojik ağlar ile bütünleştirilmesi hastalığa özgü alt-ağların oluşturulmasınısağlamış ve istatistiksel, grafik teorisi temelli ve işlevsel zenginleştirme analizleri vasıtasıylahastalıkla ilişkili merkezi moleküller (gen, protein, miRNA, metabolit, vb.), biyolojik süreçler,sinyal iletim ve metabolik yolizleri belirlenmiştir. Bu kapsamda sunulan projede, hastalıklailişkili gen ve proteinlerin tespitine, hastalığın hem diğer hastalıklar hem de biyolojik süreçlerile ilişkisinin açıklanmasına, hastalık yolizlerinin incelenmesine ve tanı, prognoz ve tedavistratejilerinin (teröpatik hedef, biyobelirteç) geliştirilmesine imkân veren bir hesaplamalısistem biyolojisi çerçevesi uygulanmış ve ilgili kanser türleri ile aralarındaki ilişkilerirdelenmiştir.Söz konusu işaretçi moleküllerin ilgili kanserlerin erken tanısına yönelik RNA (mRNA vemiRNA), protein (Transkripsyion faktörü, reseptör veya hub protein) ve metabolit düzeyindeaday biyobelirteçler olarak değerlendirilmesi, hastalıkların tanı ve tedavisine yönelik yöntem,kit ve cihazların üretilmesine olanak sağlaması ve kanser gibi kompleks bir hastalığınmoleküler mekanizmasının aydınlatılması açılarından önem arz etmektedir.
Open Access
İnfluenza Virüs Patogenezinde Viral RNA Polimeraz Enzimi ve Konak Hücre Proteinlerinin Rolünün Araştırılması
(2016-15-03) Kadir TURAN;Azize ŞENER;Erkan RAYAMAN; Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Temel Eczacılık Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Adres Yazılmamış;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
Bu proje çalışmasında influenza A virüsü RNA polimeraz enzimi ile ilişkili, viralreplikasyon üzerinde etkili hücesel protein faktörler belirlendi ve bu proteinlerin insan(A/WSN-H1N1) ve kuş (avian) tipi influenza A virüsü (A/Duck/Pen-H5N2) replikasyonunaetkileri moleküler düzeyde araştırıldı. Viral RNA polimeraz ile ilişkili konak proteinleri, mayaikili-hibrit metodu ile belirlendi. Bait (yem) olarak viral RNA polimeraz alt ünitelerinden PAproteini kullanıldı. HeLa ve HEK293 cDNA kitaplıklarının kullanıldığı maya ikili-hibrittestlerinde PA proteini ile ilişkili, 18 konak proteini saptandı. Bu proteinlerden EIF3L, GNB,MRPL27 ve MCM7’nin viral RNA polimeraz aktivitesini pozitif yönde etkilediği, buna karşın,MTC, FAS ve HAX1’in negatif yönde etki gösterdiği saptandı. Diğer konak proteinlerininistatistiksel olarak anlamlı bir etkileri görülmedi. Viral replikasyon açısından daha önemliolabileceği düşünülen EIF3L, GNB, MTC, ARF4 ve SNX proteinleri, siRNA teknolojilerindende yararlanılarak daha ayrıntılı çalışıldı. Bu proteinleri kodlayan genler için knock downedilen hücrelerde, GNB proteini düzeyindeki azalmanın, influenza A/Duck/Pen virüsününhem replikasyonunu hem de transkripsiyonunu aynı ölçüde inhibe ettiği görüldü. Bu proteininfluenza A/WSN virüsü replikasyonu üzerinde tam tersi etki gösterdi. ARF4, EIF3L, MTC veSNX proteinleri influenza A/Duck/Pen üzerinde virüs replikasyonunu negatif yönde etkiledi.Buna karşın hücrelerde ARF4, EIF3L ve MTC proteinlerindeki azalma, influenza A/WSNvRNA sentezini istatistiksel olarak anlamlı düzeyde arttırdı. Birkilte immün-çöktürme ve GSTile çöktürme deneyleri influenza virüsü PA proteini ile EIF3L, GNB ve SNX proteinleriarasında direkt bir ilişki olduğunu gösterdi.Elde edilen veriler influenza virüs patogenezinde viral RNA polimeraz enziminin PAalt ünitesinin ve ilk kez bu çalışmada virüsü ile ilişkili olduğu saptanan konak proteinlerininbüyük bir önem taşıdığını ortaya koydu. Farklı influenza A virüsü tiplerinin insanları dakapsayacak şekilde yeni konak organizmalara adaptasyonunda, virüsün hücreleretutunmasında etkili olan HA proteini ve hücre reseptörleri kadar, hücre içerisinde PA proteiniile konak proteinleri arasındaki ilişkinin de çok önemli olduğu sonucuna varıldı.
Open Access
Kobay safra kesesinde karbakole bağımlı fosfoinositid hidrolizine gallamin ve metoktraminin etkisi
(2001-15-02) Hülya CABADAK; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyofizik Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
Muskarinik antagonist olan Metokramin ve Gallarninin fosfoinositid hidrolizine kenetli muskarinik reseptör alt tipinin belirlenmesine katkıda bulunacağı düşünülmektedir. Bu çalışmada kobay safra kesesinde fosfoinositid hidrolizine Metokramin ve Gallarninin etkisi incelendi. Doku dilimlendikten sonra antagonist ve agonist varlığında inkübe edildi. Agonist eklendikten 10 dakika sonra inkübasyon kloroform/methanol eklenerek durduruldu ve dokudan inositol fosfatlar Berridge tarafından belirtilen yöntemle ektrakte edildi. Sonuç olarak seçici muskarinik antagonist Metokramin (1X$10^4$M) ve Gallaminin (1X$10^3$M) ve (1X$10^4$M) Karbakolle uyarılan Pl hidrolizini inhibe etmiş, ancak (1X$10^5$M) Gallamin karbakol doz yanıt eğrisinde herhangi bir kaymaya neden olmamıştır . Diğer uygulanan yöntemlede 1X$10^5$ M Cch ile uyarıları Pl hidrolizinde her iki antagonistle max inhibisyon 1X$10^4$ M ile gözlendi.
Open Access
Levan polisakkariti için düşük maliyetli mikrobiyal üretim süreçlerinin geliştirilmesi
(2016-15-07) Ebru TOKSOY ÖNER;Özlem ATEŞ; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Adres Yazılmamış
Levan, birçok mikroorganizma tarafından sükroz içerikli ortamda üretilen ve yağ ve sudayüksek çözünürlük, kuvvetli yapışkanlık, biyouyumluluk ve film oluşturma gibi üstün özellikleresahip, bir fruktoz homopolimeridir. Levan polisakkariti, ksantan, pullulan ve kurdlan gibi ticaripolisakkaritler ile beraber, farklı endüstriyel sektörlerde kullanım açısından en yüksekpotansiyele sahip polisakkaritler arasında gösterilmektedir ve dolayısı ile levanın ticarileşmepotansiyeli çok yüksektir ve levan polimeri üzerine yapılan araştırmaların sayısı hızlaartmaktadır. Japonya ve Kore?de fonksiyonel gıda katkı maddesi olarak tüketilmektedir veson zamanlarda levan içeren kişisel bakım ürünleri markette kendini göstermektedir. İsviçre,Almanya, İngiltere, Çin, Kore, Japonya ve Amerika?da faklı çaplarda yapılan üretim içinmezofilik mikroorganizmalar kullanılmakta ve dolayısı ile üretim maliyetleri yüksektir. Busebepten dolayı, levan polisakkariti için yeni üretim süreçlerinin geliştirilmesi büyük önemtaşımaktadır. Yakın zamanda, mikrobiyal levan için ilk ekstremofilik üreticinin halofilikHalomonas smyrnensis AAD6T izolatı olduğu araştırma ekibimiz tarafından bulunmuştur vedaha sonra gerek konvansiyonel gerekse sistem bazlı yaklaşımlar ile Halomonas kaynaklılevan polimerinin yarı-kimyasal ortamdaki üretim verimini arttırmaya yönelik çalışmalargerçekleştirilmiştir. Bu proje kapsamında ise kontrollü şartlarda yapılacak sistematik birçalışma ile Halomonas kaynaklı üretim maliyetinin düşürülerek levan polisakkariti için ticariöneme sahip ve yeni bir mikrobiyal üretim sürecinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Budoğrultuda, Baklavacı Güllüoğlu Gıda Sanayi ve Dış Ticaret A.Ş. tarafından temin edilmişsükroz içerikli gıda endüstrisi yan ürünü, gıda kullanımına uygun ticari (sükroz) toz şeker,Urartu İnşaat Madencilik Ticaret Ltd. Şti. tarafından temin edilmiş olan ve Erzincan'ın Kemahİlçesine bağlı tuz ocaklarından üretilmiş ?Doğal Kemah Tuzu? numunesi, ESTUZ EskişehirTuz Gıda Sanayi ve Ticaret A.Ş. tarafından temin edilen farklı tipteki göl ve deniz tuzununham ve işlenmiş numuneler ve Eti Maden İşletmeleri Genel Müdürlüğü tarafından temin edilenfarklı tipteki bor kaynakları kullanımı ile üretim şartlarının çalkalamalı ortamda optimizasyonusağlanmıştır. Daha sonra küçük ve büyük ölçekli fermentör sistemlerinde üretim koşullarıoptimize edilerek üretilen levan polimerinin kapsamlı biyolojik ve kimyasal karakterizasyonuyapılmıştır. Aynı zamanda geliştirilmiş olan üretim sürecinin ulusal/uluslararası patentininalınması için girişimler başlatılmış ve çalışmaların farklı kanallardan duyurularak ilgilisektörlere tanıtılması gerçekleştirilmiştir.
Open Access
Sürekli pH ve ORP takibine dayalı biyolojik azot giderimi sisteminde nitrifikasyon bakterilerinin dağılımının moleküler tekniklerle incelenmesi
(2004-01-04) Barış ÇALLI;M. Ali YÜKSELEN;Emine GİRGİN;Bülent MERTOĞLU; Boş;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İstanbul, Türkiye
Bu çalışmada, yüksek miktarda amonyak içeriğine sahip bir sızıntı suyu ile beslenen laboratuar ölçekli nitrifıkasyon ve denitrifîkasyon sistemlerinde klasik işletme verimi kontrol parametrelerine ilave olarak mikrobiyal çeşitlilik DGGE, klonlama ve FISH gibi moleküler teknikler kullanılarak incelenmiştir. Nitrifıkasyon tankı, gerekli olan alkaliniteyi kullanıldıkça kesikli olarak ilave etmek için, sürekli pH takibine bağlı olarak alkalinite dozlayan bilgisayar kontrollü bir sistem ile işletilmiştir. Bu sistem ile pH 7.0 civarında sabit tutularak, yaklaşık %99 verim ve 0.16 mgNH4+-N/mgUAKM.gün nitrifıkasyon hızı elde edilmiştir. Aynı zamanda, amonyak oksitleyen Nitrosomonas ve nitrit oksitleyen Nitrobacter benzeri nitrifıkasyon bakterileri yoğun olarak tespit edilmiştir. Ayrıca, aerobik denitrifîkasyon bakterileri olan Thauera türleri de tanımlanmıştır. pH ayarlamasının kaldırılmasından sonra anaerobik reaktörlerdeki verim düşüşüne paralel olarak, nitrifıkasyon tankı daha fazla biyolojik olarak ayrışabilir KOİ ile yüklenmiştir. Mikrobiyal çeşitlilik bu değişiklikten hemen etkilenmiş ve karbon gideren heterotrofik bakteriler ve aerobik denitrfîkasyon bakterileri çoğunluk haline gelmiştir. Daha önceki, yüksek verimleri tekrar elde edebilmek için, hidrolik bekletme süresi 24' den 48 saate çıkarılmış ve otomatik kontrol sistemine HC1 dozlayan ikinci bir pompa ilave edilmiştir. Bu önlemlerden sonra, amonyak (Nsol90) ve nitrit (NIT3) oksitleyen bakterilerin sayısı oldukça artmıştır. Denitrifîkasyon sisteminde, karbon kaynağı olarak sodyum asetat ilavesi ile 2000 mg/1 NOX-N seviyelerinde bile %98 verim elde edilmiştir. Aynı zamanda, 20 g/1 UAKM değerlerinde yaklaşık 1.34 mgNOx-N/mgUAKM.gün denitrifîkasyon hızları elde edilmiştir. Alınan tüm çamur numunelerinde benzer DGGE bant dağılımı görülmüş ve Paracoccus benzeri türler baskın denitrifîkasyon bakterisi olarak tespit edilmiştir.

Browse

Browsing Tübitak Proje Çıktıları by Subject "Biyoloji"

Results Per Page

Sort Options