Tübitak Proje Çıktıları

Permanent URI for this collection

https://hdl.handle.net/11424/280662

Browse

Now showing 1 - 20 of 302

Open Access
17 beta - estradiolün endotel hücre kültürlerinde asimetrik dimetilarginin (ADMA) düzeylerine etkisinin incelenmesi
(2004-01-12) Özlem UNAY;Duygu ÇEVİK;Serpil BİLSEL;Türkan YURDUN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
Endotelde sentezlenen NO güçlü bir vazodilatör ve anti-aterosklerotik bir moleküldür. Estrojenlerin damarlar üzerindeki olumlu etkileri kısmen endotel kaynaklı nitrik oksit (NO) sentezinini artırması ile açıklanmaktadır. Asimetrik dimetil arginin (ADMA; $N^G,N^G$ -dimetil-L-arginin) nitrik oksit sentaz enziminin (NOS) en önemli endojen inhibitörü olup kardiyovasküler hastalıklar için risk faktörüdür. Bu çalışmada 17(3-estradiol'ün (E2) ADMA ve NO sentezi üzerindeki in vitro etkileri, estrojenin NOS üzerindeki etkilerinin mekanizmasını açığa kavuşturmak amacı ile incelenmiştir. Yöntemler: Pirimer insan göbek kordon veni endotel hücre kültürleri estrojensiz ve estrojen içeren medyum ile (100 nM) 24 saat inkübe edildikten sonra medyumlarında NO, ADMA ve L-arginin düzeyleri ölçülmüştür. Nitrik oksit rnetabolitleri Nitric Oxide Analyzer (NOA280i, Sievers Instruments, ABD) ile ölçülmüştür. ADMA ve L-arginin düzeyleri ise yüksek basınçlı sıvı kromotografisi (YBSK) ile örnekler katı faz ekstraksiyon kolonlarından (aromatik sulfonik asit 100 mg/ml No.7090-01 J.T.Baker ve karboksil azur 100mg/ml No.7211-01 J.T.Baker) elüe edilerek temizlendikten ve o-fitaldehit ile türevlendirildikten sonra belirlenmiştir. Bulgular: 17 $\beta$ -estradiol inkübasyon endotel hücrelerinin medyumlarında ADMA düzeylerinde anlamlı bir azalmaya (%47, n=10), NO düzeylerinde ise anlamlı bir artışa (%46, n=10) neden olmuştur. Sonuç: Bu bulgular, estrojenin NO sentezini artırmasında, ADMA sentezini azaltmasının rolü olabileceğini göstermektedir. Estrojenin damarlar üzerindeki koruyucu etkileri, kısmen ADMA düzeylerini azaltmasına bağlı olabilir.
Open Access
17 beta estradiol'un endotel hücrelerinin doku faktörü yolu inhibitörü salınımı üzerindeki etkisi
(1999-11-01) Kaya EMERK;Serpil BİLSEL;hadi MOINI;Nurperi ONARAN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
1960'lı yılların başlarında estrojen içeren doğum kontrol haplarının kullanılmaya başlamasından itibaren yapılan birçok epidemiyolojik çalışmalar bu ilaçların kullanımı ile trombosis ve tromboembolik strokes gibi damar hastalıklarının riskinin arttığını gösterilmiştir. Bu risk doğum kontrol haplarındaki estrojen içeriğinin azaltılmasına paralel olarak düşmüştür. Hamilelik ve hormon replasman tedavisi sırasında pıhtılaşma ve fîbrinolitik aktivitenin değiştiği bilinmektedir. Epidemiyolojik verileri hematolojik parametreler ile açıklamak üzere birçok çalışma yapılmasına rağmen hemostasta estrojenin rolü henüz bir açıklık kazanmamıştır. Estrojenin vaskular sistemde koruyucu etkisine dair kanıtlar artmasına rağmen, estrojen'in thrombus riskini arttırması halen tartışma konusudur. Bu nedenle biz 17ß-estradiolun endotel hücre kültüründen doku faktörü yolu inhibitörü (TFPI) salınması üzerindeki etkisini inceledik. Bu çalışmada insan göbek kordonu veni endotel hücreleri (HUVEC) Jaffe ve arkadaşlarının metoduna uygun olarak kollogenaz ile muamele edilerek söküldü ve çok kuyulu kültür kaplarına ekildi. %10 FCS ve antibiotik ile desteklenmiş Medium-199 ile büyütüldü. Subkonfluent hücreler estrojensiz(-E2) veya estrojen içeren (+E2) fenol kırmızısı içermeyen medyum-199 M3769 ile 48 saat inkübe edildi. Her iki grup hücreler %0.1 BSA içeren stok M-199 M3769 +Trombin (4u/ml) ile veya trombinsiz olarak 24 saat inkübasyona konuldu. Bir kısım hücreler ise +E2 veya -E2'siz medyumda 48 saat inkübe edildikten sonra %0.1 BSA içeren M3769 da 24 saat bekletildi. Her iki grup heparin (0.1u/ml).ile veya heparinsiz ortamda 15 dakika uyarıldı, İnkübasyondan sonra ortamdaki TFPI düzeyleri IMUBIND Total Eliza kit (American diagnostica inc.) ile ölçüldü. Sonuçlarımız heparin ve trombin ile uyarılmış veya uyanlmamış hücrelerde 17ß- estradiolun TFPI düzeylerini anlamlı olarak düşürdüğünü gösterdi. 17ß-Estradiol'un TFPI düzeylerini düşürerek hemostatik dengeyi prokoagulan yönde etkilemesi, hemostasda estrogenin zıt etkilerini açıklıyor olabilir.
Open Access
17B estradiol'ün endotel hücreleri üzerindeki akut etki mekanizmasının incelenmesi
(1998-01-12) Serpil BİLSEL;Hadi MOİNİ;Nurperi HIZAL;Fehime BENLİ;Handan ŞAHİN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;-;-;-;-
Çeşitli in vivo ve in vitro çalışmalar, 17ß-estradiolün (E2) kardiovasküler sistemde genomik etkilerine ilaveten akut etkilerinin de bulunduğunu göstermiştir. 17ß-Estradiol uygulamasının endotel hücrelerinin hücre içi serbest kalsiyum düzeylerinde $[Ca^{2+}]i$ ani artışlara neden olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada insan göbek kordonu veni endotel hücre kültürlerinde E2'nin uyardığı kalsiyum cevabından sorumlu olan sinyal ileti yolu araştırılmıştır. Çalışmada E2'nin fosfoinozitid (PI) metabolizması üzerindeki etkisi, hücrelerin myo[$^3H$]inositol ile işaretlenmesinden ve E2 ile uynlmasından sonra Dowex=1 anyon değiştirici kromotografi kolonları kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular E2 uygulamasının fosföinozitid yıkımını uyardığını ve fosfatidilinozitoltrisfosfat (IP3) oluşumunu %40 artırdığını göstermektedir, Ayrıca genisteinin E2'nin PI metabolizması üzerindeki etkilerini %90 inhibe ettiğini gözlenmiştir. Çalışmada ayrıca tirozin kinaz inhibitorü genistein, protein kinaz C aktivatorü 4ß=forbol 126= mistrat 13-asetat'ın (PMA), ve fosfolipaz C inhibitorü lK73122'nin endotel hücrelerinin estradiole verdikleri kalsiyum cevabı üzerindeki etkileri fura-2 yüklenmiş hücrelerde araştırılmıştır. Deneyler PMA ve genisteinin, endotel hücrelerinde E2'in uyardığı hücre içi kalsiyum artışlarını azaltığını, U-73122'nin ise etkisiz kaldığını göstermiştir. Ancak bu inhibitörlerin varlığında E2'nin neden olduğu kalsiyum artışları bazala göre % olarak ifade edildiğinde genisteinin %90, PMA'nın %47.9, U-73122'nın ise %37.1 inhibisyona neden olduğu gözlenmiştir. Tek başına U=73122 uygulaması anlamlı hücre içi kalsiyum artışlarına neden olmuştur. Fosfolipaz C aktivasyonu IP3 oluşumuna neden olarak hücre içi kalsiyum artışlarına neden olduğuna göre bizim bulgularımız estradiolun uyardıği sinyal ileti yolunda fosfolipaz C'nin yer andığını göstermektedir. Buna ilaveten cevabın PMA ve genistein ile inhibe olması, fosfolipaz aktivasyonunda tirozin fosforlanmasının ve hücre cevabınının regülasyonıında PKC önemli rol oynadığını göstermektedir.
Open Access
18. Yüzyıl Osmanlı-ingiliz ticareti
(2015-01-01) ÖZVAR, EROL; Erol ÖZVAR;Numan ELİBOL;Ahmet TABAKOĞLU;S. Çağrı KOCAKAPLAN;Derviş T. KOYUNCU; Marmara Üniversitesi, İktisat Fakültesi, İktisat Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İktisat Fakültesi, İktisat Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İktisat Fakültesi, İktisat Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İktisat Fakültesi, İktisat Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İktisat Fakültesi, İktisat Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
2-Fenoksi-4-nitrometansülfonanilid' in vivo metabolizması
(2003-01-06) Güniz KÜÇÜKGÜZEL;Başak ORAL;İLKAY KÜÇÜKGÜZEL;F. Sena SEZEN;Sevim ROLLAS; Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Department of Pharmaceutical Chemistry, Marmara University, Faculty of Pharmacy, Istanbul, Turkey
2-Fenoksi-4-nitrometansülfonamlid (NIMESULİD), sülfonanilid grubu içeren antipiretik, analjezik, antienflamatuar bir ilaçtır. Bu çalışma, intraperitonal nimesulid süspansiyonu verilen sıçanlarda belirli zaman aralıklarında alınan kan örneklerinden elde edilen plazmalarında ve sıçan karaciğer mikrozom ve post mitokondriyel supernatant fraksiyonlarında in vitro metabolizma çalışmasını içerir. Nimesulidin plazma metabolitleri HPLC-UV / DAD ve LC-MS/MS kullanılarak karakterize edilmiştir. Nimesulidin olası redüksiyon ve asetilasyon metabolitleri sentezlenmiş, saflıkları ince tabaka kromatografisi (İTK), HPLC ve elemental analiz, yapıları UV, IR, $^1H-NMR$ ve EI-kütle spektral verileri kullanılarak tanımlanmıştır. Nimesulidin sıçan plazma örneklerinde majör metabolitlerinin 4'-hidroksinimesulid ve 2-fenoksi-4-N-asetilaminometansülfonanilid olduğu, sıçan mikrozomal ve postmitokondriyel supernatant fraksiyonlanyla yapılan in vitro inkübasyonlarda ise 2-fenoksi-4-aminometansülfonanilid ve 4'-hidroksinimesulid metabolitlerinin oluştuğu tespit edilmiştir.
Open Access
Absans epilepsisi ile temporal lob epilepsisi arasındaki karşılıklı etkileşimde substansiya nigranın rolü
(2013-15-10) Filiz ONAT;NİHAN ÇARÇAK YILMAZ;ÖZLEM AKMAN;Medine İDRİZOĞLU GÜLÇEBİ;Serap ŞİRVANCI;Dilek AKAKİN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Farmakoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
Open Access
Adli amaçlı kimliklendirme ve paternite tayininde STR (Short Tandem Repeat) sistemlerinin kullanımı
(1999-01-04) Serpil SALAÇİN;Güneş YÜREĞİR;Behnan ALPER;Lale KELLECE;Gülen ATİLA;Kıymet AKSOY;Ayşe ALTUN; Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Adana, Türkiye;Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Deniz Bilimleri Enstitüsü, Mersin, Türkiye;Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Adana, Türkiye;Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Adana, Türkiye;Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Adli Tıp Anabilim Dalı, Adana, Türkiye;Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, Adana, Türkiye;Marmara Üniversitesi, İletişim Fakültesi, Radyo Televizyon ve Sinema Bölümü, İstanbul, Türkiye
Adli Amaçlı Kimliklendirme ve Paternite Tayini konusunda gelişmiş ülkelerde yargı sistemine DNA Analizi düzeyinde bilgiler sunulurken, ülkemizde halen konvansiyonel yöntemler olarak bilinen kan grupları ve subgruplan ile polimorfik eritrosit enzimleri ve serum proteinlerinden yararlanılmaktadır. Oysa adaletin toplum bireylerine sağlıklı yansıyabilmesi için daha objektif ve güvenilirliği yüksek bilgilerin ortaya konmasına gereksinim vardır. Moleküler Biyolojideki son dönem, gelişmeleri Adli Bilimlere de yansımış ve DNA düzeyindeki analizler içinde STR sistemleri gündeme gelmiştir. Bu çalışmada Çukurova Yöresinde yaşayan 110 kişilik bir popülasyon örneğinde HümTHO1 lokusu allel frekansları saptanmıştır. HumTHO1 lokusunun bu yörede adli amaçlı kimliklendirme ve paternité araştırmalarında kullanılabilirliği istatistiksel olarak değerlendirilmiş ve elde edilen sonuçlar farklı popülasyon çalışma sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Kan örneklerinden filtre kağıtları üzerinde kan lekeleri oluşturulmuş, Chelex-100 ve Proteinaz K yöntemi kullanılarak DNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiştir. PCR Amplifikasyonu sonrasında PAGE ile HumTHOl lokus allellerinin separasyonu sağlanmıştır. Toplam 7 allel gözlenmiş, bu allellerin frekansları sırasıyla; 6=0.286, 7=0.159, 8=0.095, 9=0.268, 9.3=0.164, 10=0.023 ve 11=0.005 olarak saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar Hardy-Weinberg eşitliği ile uyumlu bulunmuştur. Çukurova yöresinde, HumTHO1 lokusunun heterozigosite oranı 0.7545, MEC değeri 0.57691, pD ise 0.91752 olarak hesaplanmıştır. Bu sonuçlara göre, HumTHO1 lokusunun Çukuova Yöresinde adli amaçlı kimliklendirme ve paternite araştırmalarında kullanılmasının gerekli olduğu düşünülmektedir.
Open Access
Ağız Yanması Sendromu'nda (AYS) olası etyolojik faktörler gamma aminobütirik asit (GABA), T regülatör hücreler ile tükürük IL-2/ IL-6 eser element düzeylerinin tadına kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi
(2007-11-01) Filiz PEKİNER;Semih ÖZBAYRAK;Birsay GÜMRÜ;Emre AYTUĞAR;Yanıkkaya Gülderen DEMİREL; Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Oral Diagnoz ve Radyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Oral Diagnoz ve Radyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Oral Diagnoz ve Radyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Oral Diagnoz ve Radyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;CENTRO Laboratuvarı, İstanbul, Türkiye
Open Access
Akciğer kanseri, lenfoma, multiple myeloma ve AML hastalarında kemorezistansın Tc-99m SestaMIBI ile görüntülenmesi, MDR1 düzeyleri ile kemoterapötiklere rezistans gelişmesi arasındaki ilişkinin imunohistokimyasal flow sitometrik ve PCR ölçümleriyle karşılaştırılması
(1997-01-05) Lale KOSTAKOĞLU;Dicle GÜÇ;Hande CANPINAR;Ayşe KARS;Şevket RUACAN;Ufuk GÜNDÜZ; Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, İstanbul, Türkiye
Amacımız, hematolojik malignansi ve akciğer kanseri hastalarında tümördeki P-gp düzeyleri ile Tc-99m-Sestamibi (MIBI) tutulum derecesi arasındaki ilişkiyi araştırmak ve sonuçları akım sitometri ve RT-PCR sonuçlarıyla karşılaştırarak, görüntüleme tekniği ile moleküler düzeyde yapılan çalışmalar arasındaki ilişkiyi belirlemekti. Çalışma kapsamına toplam 38 doku (18 hematolojik malignansi ve 20 akciğer kanseri) alındı. Otuzbir hasta ilk tanı anında ve 7 hasta tedavi sonrası relaps sırasında incelendi. Hastaların yaşları 22 ve 50 arasında değişmekteydi (Ort±SD:35±9.8). MIBI sintigrafileri çekildikten sonra hastalardan akım sitometri, RT-PCR ve immunohistokimya incelemeleri için bronkoskopik biopsi ya da kemik iliği aspirasyonu ya da periferik kan örnekleri alındı. Akım sitometri 2 farklı antikor kullanarak yapıldı. MIBI görüntüleri ADAC çift detektörlü gama kamera sistemi kullanılarak alındı. 15 mCi MIBI enjeksiyonunu takiben akciğer kanseri hastalarında toraks SPECT ve spot, hematolojik malignansi hastalarında da tüm vücut planar ve pelvis spot görüntüleri elde edildi. Hedef organ (kemik iliği ya da akciğer tümörü) ve referans organdaki (en yakın yumuşak doku tutulumu) radyoaktif madde tutulumlarının birbirlerine göre karşılaştırmalı olarak, kalitatif skorlama sistemi ve tm/bkg oranları ile değerlendirildi. Akciğer kanseri hastalarında MIBPnin tümörden ve normal dokulardan atım hızı (%A/sa) hesaplandı. Her iki kanser türü için, hem kalitatif (skorlama) hem de kantitatif (tm/bkg oranları) değerlendirme sonuçları ile P-gp düzeyleri arasında ters bir orantı olduğu bulundu. Tm/bkg oranları P-gp "-" ve P-gp "+" hastalar için birbirinden istatistiksel olarak farklıydı (akciğer kanseri:p=0.014 ve hematolojik malignansi:p<0.016). Akciğer kanseri için MIBI %A/sa değerleri için tümör ve normal dokular arasında hiçbir fark bulunamadı (p=0.81). Tümör %A/sa değerleri ve P-gp düzeyi arasında bir ilişki saptanmadı (p=0.35). Sonuç olarak MIBI fonksiyonel görüntülemesi ile P-gp varlığı non-invazif olarak saptanabilmektedjr ancak hasta sayısı artırılarak yapılacak çalışmalarla, bu ön çalışmanın sonuçlarının doğrulanması gerekmektedir.
Open Access
Akut ve kronik stresin barsak hemodinamiğine etkisi: Endotelin reseptör blokerlerinin rolü
(2004-01-06) HIZIR KURTEL;Salah GHANDUR;Şule ÇETİNER; Yeditepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Fizyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Fizyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
Gastrointestinal sistemin çeşitli hastalıklarının patogenezinde stresin önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Stres ile ilişkilendirilen hastalıklar arasında özellikle fonksiyonel ve inflamatuvar barsak hastalıkları sayılabilir. Stresin gastrointestinal sistem hemodinamiğinde önemli değişikliklere neden olduğu ileri sürülmüşse de mezenterik kan akımında strese bağlı meydana gelen değişiklikler ve bundan sorumlu aracı moleküller tam olarak bilinmemektedir. Bu çalışmanın amaçları: 1) akut ve kronik strese bağlı barsak hemodinamiği ve inflamatuvar parametrelerde meydana gelen değişiklikleri karakterize etmek ve 2) endotelin (ET) reseptörlerinin bu değişikliklerdeki rolünü araştırmaktır. Akut stres, Wistar Albino sıçanlara 2 saat süreyle sudan kaçınma stresi uygulanması ile gerçekleştirilmiştir. Hemodinamik değişiklikler akut ve kronik stres (günde bir kez 3 veya 5 gün süreyle stres) uygulamalarından hemen sonra ölçülmüştür. Diğer bir deney grubunda ise ölçümler kronik stres süresinin bitimininden 3 veya 5 gün sonra gerçekleştirilmiştir. Endotelin-A (BQ-485; 60 $\mu$ g/kg/gün, i.p.) ve/veya endotelin-B reseptör antagonistleri (BQ-788; 60 $\mu$ g/kg/gün, i.p.) her stres uygulamasından 20 dakika önce verilmiştir. İnce barsaktan alman doku örneklerinde histolojik değerlendirme, miyeloperoksidaz aktivitesi (MPO) ve lipit peroksidasyonu ölçümleri yapılmıştır. Akut stres kan basıncında yükselişe, SMA kan akımında azalışa ve ince barsağın MPO aktivitesinde, lipit peroksidasyonunda ve mikroskopik hasarında artışa neden olmuştur. Kronik stres ise, SMA kan akımında azaltmaya, MPO aktivitesinde, lipit peroksidasyonu ve histolojik hasarında ise artışa yol açmıştır. Akut strese bağlı hemodinamik ve inflamatuar değişiklikler, her iki endotelin reseptör antagonistinin uygulanması ile düzelmiş, kronik stresin etkilerinde ise sadece ET-A antagonisti etkili olmuştur. Bu sonuçlar, akut ve kronik strese bağlı mezenterik vazokonstriksiyonda ve ince barsak inflamatuar değişikliklerinde endotelin peptidlerin önemli roller oynadığını göstermektedir.
Open Access
Anaeorobik amonyum oksidasyonu (Anammox) prosesi ile atıksulardan biyolojik olarak azot gideriminin incelenmesi
(2012-01-02) Neslihan SEMERCİ;Bilge Alpaslan KOCAMEMİ;Esra KEKLİK; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Anaerobik arıtmada etkin olan metan arkea topluluğunun 16S r DNA analizi yapılarak karakterizasyonu
(2003-01-10) Bahar İNCE;Betül KIRDAR;ORHAN İNCE;SÜLEYMAN ÖVEZ;Germirli Fatoş BABUNA;Tunga AKARSUBAŞI; Boğaziçi Üniversitesi, Çevre Bilimleri Enstitüsü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Boş;İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Biyoteknoloji Laboratuvarı, İstanbul, Türkiye
Biyolojik atıksu arıtma sistemlerinin performansı esas olarak mikroorganizma topluluğunun biyokimyasal döngüler yoluyla elementleri dönüştürme kapasitesine bağlıdır. Biyolojik atıksu arıtma sistemlerinin geliştirilmesinde, bilimadamları döngüyü gerçekleştiren mikroorganizma türü ya da topluluk yapısı ve fonksiyonlarından ziyade "olayın gelişim süreci" üzerinde yoğunlaşmışlardır. Çoğu zaman, biyolojik prosesin tasarımı, ilgili süreç tam olarak anlaşılmadan yapılmaktadır. Araştırmacılar havalı ve havasız arıtma sistemlerinde tür çeşitliliği ve reaktör performansı arasında ilişki bulunduğunu saptamışlardır. Günümüzde havasız arıtma sistemleri orta ve yüksek derecede kuvvetli organik maddeler içeren atıksular için yaygın olarak kullanılmaktadır. Havasız arıtma sistemlerinde bulunan mikroorganizma topluluklarının tespit edilmesi, gerek sistem tasarımı aşamasında ve gerekse performanslarının arttırılmasına katkıda bulunacaktır. Bu nedenle, havasız arıtma reaktörlerinden alman çamur örneklerinde, arkeal toplulukların saptanması ve topluluğun dinamiğinin belirlenmesi için güncel 16S rDNA bazlı filogenetik analiz yöntemi, denaturant gradyan jel elektroforezi ve sekans analiz yöntemleri kullanılarak çalışılmıştır. Dolayısıyla, rastlantısal ve rastlantısal olmayan mikroorganizma topluluğu oluşumu ile performans arasındaki ilişkiyi belirlemek için laboratuvar-ölçekli bir anaerobik reaktör işletme sürecinde izlenmiştir. Metan aktivitesine bağlı olarak Arkeal topluluklarin dağılımı ve türleri, alkol distilasyonu atık suyu arıtan gerçek-ölçekli yukarı akışlı bir anaerobik reaktör sisteminden alınan çamurla inokule edilmiş, tam karışımlı laboratuvar boyutlu ilaç atık suyunu arıtan bir anaerobik reaktörde araştırılmış ve sonuçlar performans ile ilişkilendirilmiştir. Farklı metan üretimi seviyelerine rağmen, arkeal toplulukta hiçbir değişim gözlenmemiştir. PCR-DGGE birleşik metodolojisi aslında tam anlamıyla kantitatif bir yöntem olmamakla birlikte, jeldeki bant yoğunluğu farklılıklarına bakarak, uygulanan besleme rejimi boyunca farklı arkeal grupların etkin olduğu söylenebilir. Hem asetoklastik hemde Ha/CC^ kullanan metan grubu arkea reaktörde bulunmuştur. Toplamda beş ayrı operasyonel aktif grup (bant-taxa) belirlenmiştir, hemen hepsi metan grubuna dahil olan Methanobacterium formlcicum, Methanosaeta concilli, daha kültürü üretilmemiş olan diğer iki taxa 'da metan grubu altında bulunmaktadır; sadece bir taxon bu gruba dahil değildir ki adı, Thermoplasmales tir.
Open Access
Anaerobik Dinamik Membran Biyoreaktör
(2016-01-04) Barış ÇALLI;Müge PAÇAL;Neslihan SEMERCİ; Boş;Boş;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Ankara ili liken florası
(2007-01-01) ATİLA YILDIZ;Volker JOHN;Kadir KINALIOĞLU;Gülşah ÇOBANOĞLU; Bozok Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Yozgat, Türkiye;Anadolu Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Eskişehir, Türkiye;Giresun Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Giresun, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Anne sütüne geçen bazı ilaçların ve toksik maddelerin uzaklaştırılması
(2015-01-04) Tuğba AKBAY;Hazal İPEKÇİ;Göksel ŞENER;Nilhan Kayaman APOHAN;Burcu OKTAY;MEMET VEZİR KAHRAMAN; Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Diş Hekimliği Bilimleri Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Anoksik ortamda biyolojik fosfor gideriminin incelenmesi
(2012-03-01) Bilge Alpaslan KOCAMEMİ;Neslihan SEMERCİ;Mustafa Kemal HASILCI;Nevin BAKICI; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Çevre Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye
Open Access
Antikanser etki göstermesi olası diflunisal tiyosemikarbazit ve 1,2,4-triazol-3-tiyon bileşkelerinin sentezi
(2015-01-01) Şükriye KÜÇÜKGÜZEL GÜNİZ;Nezaket TÜRKEL;Sadık KALAYCI;Göknil ÇOŞKUN PELİN; Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Meslek Bilimleri Bölümü, Farmasotik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Meslek Bilimleri Bölümü, Farmasotik Kimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Boş;Boş
Open Access
Antimikrobiyel Ajanların Etkisini Anlamak Için Sistem Biyolojisi Yaklasımı Ile Birlestirilmis OMIK Verilerin Analizi
(2017-01-08) Ezgi AKAN;Berna Sarıyar AKBULUT;Eldin KURPEJOVİC;İpek KARACAN;Nilay BÜDEYRİ GÖKGÖZ;Fatma Gizem AVCI;Dilek KAZAN;Deniz YILMAZ;Alpagu SAYAR;Dilara AYYILDIZ; Mühendislik Fakültesi
Bu proje aporfin sınıfına ait farklı alkaloitlerin antibakteriyel mekanizmalarının proteom ve lipidom çalışmaları ile anlaşılmasını ve yeni ilaç adayları olarak değerlendirilebilmesini hedeflemektedir. Bu hedef doğrultusunda incelenmek üzere (-)-römerin, boldin ve bulbokapnin olmak üzere üç farklı alkaloit belirlenmiş ve model mikroorganizma olarak da Escherichia coli ve Bacillus subtilis seçilmiştir. Bu üç alkaloidin seçilmesinin en önemli nedeni hepsinin aporfine sııfına ait olmaları ve yapısal olarak birbirlerine yüksek benzerlik göstermeleridir. Alkaloitlerin olası etkilerinin anlaşılması doğrultusunda öncelikle çalışma konsantrasyonunun seçilebilmesi için büyüme eğrileri çıkarılmış ve canlı hücre sayıları belirlenmiştir. Ayrıca B. subtilis stres koşullarında spor oluşturduğu için, çalışılan konsantrasyonda bu bakterinin spor oluşturmamış olmamasına dikkat edilmiştir. 100 μg mL-1 (-)-römerin varlığında E. coli hücrelerinde genel olarak hücre içi karbonhidrat varlığını kısıtlanmakta ve hücre porinleri azalmaktadır. Ozmotik denge ile ilgili ciddi bir değişiklik olmamıştır. 75 μg mL-1 (-)-römerin varlığında B. subtilis hücrelerinde ise yine hücre içi karbon akışı azalırken stres proteinlerinde önemli bir artış kaydedilmiştir. Ayrıca her iki bakteri için de çoklu ilaç direnç pompalarının önemi gözardı edilmemelidir. Bu iki model bakteride (-)- römerin varlığındaki lipidom değişikliklerini bakıldığında ise, lipit dağılımlarında önemlifarklılaşmalar kaydedilmiştir. (-)-Römerin varlığında hücre zarındaki taşınım proteinlerindeki farklılaşma da lipit dağılımındaki farklılaşma ile uyumludur. Diğer taraftan boldine ve bulbokapninin yüksek konsantrasyonlarında bile E. coli ve B. subtilis hücrelerinde belirgin bir aktivite gözlemlenmemiştir. Bu doğrultuda (-)-römerinin yeni bir antibakteriyel ilaç adayı olarak değerlendirilmesi önerilebilir.
Open Access
Aşı Prototipi ve Tanı kiti Uygulama Amaçlı Q Humma Hastalığına Karşı Lipopolisakkarit-Biyopolimer Kompleks ve Konjugatlarının Geliştirilmesi
(2017-15-09) Mesut KARAHAN;Emine KARAKUŞ;Korkut ULUCAN;Zeynep AKDESTE;Sezcan SAĞLAM; Üsküdar Üniversitesi., Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Boş;Marmara Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya Metalurji Fakültesi, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye;Uludağ Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye
Biyopolimerlerin lipopolisakkarit, protein ve diger biyomoleküllerle kompleks ve konjugasyonutıp, eczacılık, biyoteknoloji ve biyomühendislik alanlarında uygulamalar için çesitli yeniliklergetirmektedir. Son zamanlarda polimer-biyomolekül kompleks ve konjugatları proteinlerinsaflastırılması, enzim kararlılıgının arttırılması, yeni nesil ası sistemleri, tanı kitleri, biyosensörüretimi kontrollü ilaç salımı ve doku mühendisliginde kullanılmaktadırlar.Q hummanın etiyolojik ajanı lipolisakkarit yapısındaki Coxiella burnetii dir. Q humması Dünyada en sık görülen riketsiyal kaynaklı zoonotik bir hastalıklardandır. Insanlarda meydanagetirecegi kalıcı enfeksiyonlar Q hummasının kronik formuna yol açabilir ve sıklıkla ölümcülolabilmektedir. Ancak bu hastalıga karsı sentetik ası gelistirilmesine zemin hazırlayacak olanPolimer-Lipopolisakkarit kompleks ve konjugatları gelistirilmesi ile ilgili herhangi bir çalısmabulunmamaktadır.Projemiz kapsamında ilk 6 aylık asamada Slovakya tarafından Coxiella burnetiilipopolisakkaritinin izolasyonu gerçeklestirilmis, karakterizasyonu ve fonksiyonel özellikleriincelenerek tarafımıza saf bir sekilde verilmistir. Türkiye tarafında ise, bu ilk 6 aylık dönemdepolimerlerin [Polioksidonyum, Poli(vinilpirolidon-co-akrilikasid)] sentezi yapılmıstır. Dahasonraki 1 yıllık asamada; Biyopolimerler ve lipopolisakkarit kullanılarak, (1)fiziksel karısımlaPolimer-lipopolisakkarit kompleksleri, (2)Bakır metal iyonu aracılıgı ile üçlü Polimer-Bakırlipopolisakkaritkompleksleri ve (3)çapraz baglayıcıyla konjugatlar olusturulmus vekarakterizasyonları gerçeklestirilmistir.Ikinci 1,5 yıllık bir sürede hazırlanan bu kompleks ve konjugatlar Balb/c farelere enjekteedilerek ELISA metoduyla antikor seviyeleri saptanmıstır. Alınan en iyi antikor seviyesioranındaki kompleks ve konjugatımızın ası prototipi olarak tespiti yapılmıstır. En yüksekdüzeyde antikor ürettigi tespit edilen Balb/c Hibridoma teknolojisi ile monoklonal antikor eldesiçalısmalarında kullanılmıstır. Coxiella burnetii ye karsı elde edilen bu monoklonal antikorlatanı kiti denemesi gerçeklestirilmis ve hastanın serumundan hastalık basarılı bir sekilde tespitedilmistir.Projemizden elde edilen çıktılar ile yeni tip ası ve tanı kiti prototipleri üretilmistir. Gelecektekiasamada destek bulunarak patentlerinin alınmasıyla Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisligitekniklerini kullanarak yapılan ilklerden olan ası ve teshis amaçlı bir kit olarak ticarilestirmeçalısmalarının yapılması planlanmaktadır. Yapılan bu çalısmanın farklı hastalıklar için deüretilecek ası ve tanı kitlerinin yapımına alt yapı, bilgi, birikim açısından büyük katkısıolacagını ve ülkemizin dısa bagımlılıgını ortadan kaldırılacagını düsünmekteyiz.
Open Access
Atmosferik Aerosollerde PM2.5 ve Saatlik Yarı Uçucu Organik Bileşiklerin Araştırılması
(2018-15-10) Oktay Bülent AKKOYUNLU;Rosa Maria FLORES RANGEL;Mete TAYANÇ; MARMARA ÜNİVERSİTESİ, MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ, ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ;MARMARA ÜNİVERSİTESİ, MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ, ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ;MARMARA ÜNİVERSİTESİ, MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ, ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ
Yapılan çalısmada, SVOC?ların mevsimsel ve günlük degisimlerini anlayabilmek için bir sene_x000D_içinde altı hafta boyunca geceleri 12 saatte bir, gün boyu ise her iki saatte bir olmak üzere_x000D_toplam 295 yüksek hacim örnegi toplanmıstır. Mevsimsel degisimlerin incelenmesinde,_x000D_ortalama günlük PM2.5, OC ve EC konsantrasyon degerleri kullanılmıstır. Toplanan_x000D_numunelerde 15 PAH ve 28 n-alkan bileseninin belirlenmesi ve ölçülmesi Istanbul ve_x000D_Türkiye?de ilk defa yapılmıstır. Meteorolojik ve trafik verileri kullanılarak bu faktörlerin yüksek_x000D_çözünürlüklü SVOC konsantrasyonlarına etkisi anlasılmaya çalısılmıstır. Genel olarak_x000D_bakıldıgında, en yüksek PM2.5, OC, EC, PAH ve n-alkan konsantrasyonlarına güz ve kıs_x000D_döneminde rastlanılmıstır. Bunun nedeni, düsük karısma yüksekligi ve ısıma nedeniyle olusan_x000D_yetersiz atmosfer yayılımı ile evsel ısınma kaynaklı gaz salınımlarındaki artıs olarak_x000D_belirlenmistir. Elde edilen OC/EC, PAH ve n-alkan konsantrasyonlarının dünya genelindeki_x000D_diger büyük sehirler ve kentsel alanlar ile karsılastırılması da bu çalısma kapsamında_x000D_yapılmıstır. Yapılan analizler sonucunda, Istanbul için elde edilen konsantrasyonların Avrupa,_x000D_Amerika ve dünyadaki diger büyük sehirlerden daha fazla oldugu gözlemlenmistir. Buradaki_x000D_iki istisna büyük sehir ise Çin?de bulunan Guanzhou ve Almanya?da bulunan Augsburg_x000D_sehirleridir. Bu sonuçlar, Istanbul için özellikle kıs ve güz dönemlerinde sıkı önlemlerin_x000D_alınması ve uygulanmasının önemini göstermektedir. Bu önlemlerden bazıları; özel amaç için_x000D_kullanılan dizel araç sayısının kısıtlanması, transatlantik ve yerel gemilerde kullanılan_x000D_yakıtların kontrolü, evsel ısınmada kullanılan yakıtların kalitesinin kontrol edilmesi veya bazı_x000D_yakıtların yasaklanması ve bir hafta boyunca trafikte bulunan araç sayısının kontrol edilmesi_x000D_olarak verilebilir.