Tübitak Proje Çıktıları

Permanent URI for this collection

https://hdl.handle.net/11424/280662

Browse

Browsing Tübitak Proje Çıktıları by Subject "Biyokimya ve Moleküler Biyoloji"

Now showing 1 - 5 of 5
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    17 beta estradiol'un endotel hücrelerinin doku faktörü yolu inhibitörü salınımı üzerindeki etkisi
    (1999-11-01) Kaya EMERK;Serpil BİLSEL;hadi MOINI;Nurperi ONARAN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
    1960'lı yılların başlarında estrojen içeren doğum kontrol haplarının kullanılmaya başlamasından itibaren yapılan birçok epidemiyolojik çalışmalar bu ilaçların kullanımı ile trombosis ve tromboembolik strokes gibi damar hastalıklarının riskinin arttığını gösterilmiştir. Bu risk doğum kontrol haplarındaki estrojen içeriğinin azaltılmasına paralel olarak düşmüştür. Hamilelik ve hormon replasman tedavisi sırasında pıhtılaşma ve fîbrinolitik aktivitenin değiştiği bilinmektedir. Epidemiyolojik verileri hematolojik parametreler ile açıklamak üzere birçok çalışma yapılmasına rağmen hemostasta estrojenin rolü henüz bir açıklık kazanmamıştır. Estrojenin vaskular sistemde koruyucu etkisine dair kanıtlar artmasına rağmen, estrojen'in thrombus riskini arttırması halen tartışma konusudur. Bu nedenle biz 17ß-estradiolun endotel hücre kültüründen doku faktörü yolu inhibitörü (TFPI) salınması üzerindeki etkisini inceledik. Bu çalışmada insan göbek kordonu veni endotel hücreleri (HUVEC) Jaffe ve arkadaşlarının metoduna uygun olarak kollogenaz ile muamele edilerek söküldü ve çok kuyulu kültür kaplarına ekildi. %10 FCS ve antibiotik ile desteklenmiş Medium-199 ile büyütüldü. Subkonfluent hücreler estrojensiz(-E2) veya estrojen içeren (+E2) fenol kırmızısı içermeyen medyum-199 M3769 ile 48 saat inkübe edildi. Her iki grup hücreler %0.1 BSA içeren stok M-199 M3769 +Trombin (4u/ml) ile veya trombinsiz olarak 24 saat inkübasyona konuldu. Bir kısım hücreler ise +E2 veya -E2'siz medyumda 48 saat inkübe edildikten sonra %0.1 BSA içeren M3769 da 24 saat bekletildi. Her iki grup heparin (0.1u/ml).ile veya heparinsiz ortamda 15 dakika uyarıldı, İnkübasyondan sonra ortamdaki TFPI düzeyleri IMUBIND Total Eliza kit (American diagnostica inc.) ile ölçüldü. Sonuçlarımız heparin ve trombin ile uyarılmış veya uyanlmamış hücrelerde 17ß- estradiolun TFPI düzeylerini anlamlı olarak düşürdüğünü gösterdi. 17ß-Estradiol'un TFPI düzeylerini düşürerek hemostatik dengeyi prokoagulan yönde etkilemesi, hemostasda estrogenin zıt etkilerini açıklıyor olabilir.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    17B estradiol'ün endotel hücreleri üzerindeki akut etki mekanizmasının incelenmesi
    (1998-01-12) Serpil BİLSEL;Hadi MOİNİ;Nurperi HIZAL;Fehime BENLİ;Handan ŞAHİN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;-;-;-;-
    Çeşitli in vivo ve in vitro çalışmalar, 17ß-estradiolün (E2) kardiovasküler sistemde genomik etkilerine ilaveten akut etkilerinin de bulunduğunu göstermiştir. 17ß-Estradiol uygulamasının endotel hücrelerinin hücre içi serbest kalsiyum düzeylerinde $[Ca^{2+}]i$ ani artışlara neden olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada insan göbek kordonu veni endotel hücre kültürlerinde E2'nin uyardığı kalsiyum cevabından sorumlu olan sinyal ileti yolu araştırılmıştır. Çalışmada E2'nin fosfoinozitid (PI) metabolizması üzerindeki etkisi, hücrelerin myo[$^3H$]inositol ile işaretlenmesinden ve E2 ile uynlmasından sonra Dowex=1 anyon değiştirici kromotografi kolonları kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular E2 uygulamasının fosföinozitid yıkımını uyardığını ve fosfatidilinozitoltrisfosfat (IP3) oluşumunu %40 artırdığını göstermektedir, Ayrıca genisteinin E2'nin PI metabolizması üzerindeki etkilerini %90 inhibe ettiğini gözlenmiştir. Çalışmada ayrıca tirozin kinaz inhibitorü genistein, protein kinaz C aktivatorü 4ß=forbol 126= mistrat 13-asetat'ın (PMA), ve fosfolipaz C inhibitorü lK73122'nin endotel hücrelerinin estradiole verdikleri kalsiyum cevabı üzerindeki etkileri fura-2 yüklenmiş hücrelerde araştırılmıştır. Deneyler PMA ve genisteinin, endotel hücrelerinde E2'in uyardığı hücre içi kalsiyum artışlarını azaltığını, U-73122'nin ise etkisiz kaldığını göstermiştir. Ancak bu inhibitörlerin varlığında E2'nin neden olduğu kalsiyum artışları bazala göre % olarak ifade edildiğinde genisteinin %90, PMA'nın %47.9, U-73122'nın ise %37.1 inhibisyona neden olduğu gözlenmiştir. Tek başına U=73122 uygulaması anlamlı hücre içi kalsiyum artışlarına neden olmuştur. Fosfolipaz C aktivasyonu IP3 oluşumuna neden olarak hücre içi kalsiyum artışlarına neden olduğuna göre bizim bulgularımız estradiolun uyardıği sinyal ileti yolunda fosfolipaz C'nin yer andığını göstermektedir. Buna ilaveten cevabın PMA ve genistein ile inhibe olması, fosfolipaz aktivasyonunda tirozin fosforlanmasının ve hücre cevabınının regülasyonıında PKC önemli rol oynadığını göstermektedir.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımı ile Kanser İlintili İşaretçi Moleküllerin Tespiti ve Haritalanması
    (2018-15-04) KAZIM YALÇIN ARĞA;Beste TURANLI; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;Adres yazılmamış
    Son yüzyılın en önemli hastalıklarından biri olan kanserden milyonlarca insan zarar görmekteveya hayatlarını yitirmektedir. Kanser Daire Başkanlığı?nın yayınladığı en son resmi verileregöre ülkemizde her yıl yaklaşık 159 bin kişi kansere yakalanmaktadır. Hastalıkla ilgili bu denliciddi bir tablo olmasına karşın, henüz hastalığın moleküler mekanizması aydınlatılamamış vebazı türlerinde erken teşhisiyle ilgili sıkıntılar yaşanmaktadır. Sunulan projede, sistembiyolojisi bakış açısıyla ve özgün bir yöntem ile 13 kanser türünü içeren 39 veri setine ait 1732örnekten omik veri analizini gerçekleştirilmiş ve böylece, kanserlerin arasındaki ortak ya dafarklılık gösteren işaretçi biyomoleküller bulunmuştur.Onaylanan Bütçe:Bu projede transkriptomik seviyede bilgiden yola çıkılarak, diğer çalışmalardan farklı olarak üçgenom-seviyeli biyolojik ağ, transkripsiyonel düzenleyici ağ (transkripsiyon faktör, miRNA vehedef genler), protein-protein etkileşim ağı ve metabolik ağ (gen-enzim-tepkime-metabolitilişkileri), bilgisinden eş zamanlı yararlanılmıştır. Farklı omik seviyelerinden gelen yüksekhacimli verilerin biyolojik ağlar ile bütünleştirilmesi hastalığa özgü alt-ağların oluşturulmasınısağlamış ve istatistiksel, grafik teorisi temelli ve işlevsel zenginleştirme analizleri vasıtasıylahastalıkla ilişkili merkezi moleküller (gen, protein, miRNA, metabolit, vb.), biyolojik süreçler,sinyal iletim ve metabolik yolizleri belirlenmiştir. Bu kapsamda sunulan projede, hastalıklailişkili gen ve proteinlerin tespitine, hastalığın hem diğer hastalıklar hem de biyolojik süreçlerile ilişkisinin açıklanmasına, hastalık yolizlerinin incelenmesine ve tanı, prognoz ve tedavistratejilerinin (teröpatik hedef, biyobelirteç) geliştirilmesine imkân veren bir hesaplamalısistem biyolojisi çerçevesi uygulanmış ve ilgili kanser türleri ile aralarındaki ilişkilerirdelenmiştir.Söz konusu işaretçi moleküllerin ilgili kanserlerin erken tanısına yönelik RNA (mRNA vemiRNA), protein (Transkripsyion faktörü, reseptör veya hub protein) ve metabolit düzeyindeaday biyobelirteçler olarak değerlendirilmesi, hastalıkların tanı ve tedavisine yönelik yöntem,kit ve cihazların üretilmesine olanak sağlaması ve kanser gibi kompleks bir hastalığınmoleküler mekanizmasının aydınlatılması açılarından önem arz etmektedir.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    Serum Lp(a) düzeyi ve apo(a) fenotipinin koroner anjiyoplasti sonrası restenoz ile ilişkisi
    (1999-01-09) Önder SİRİKCİ;Vedat AYTEKİN; Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye;Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye
    Lp(a), yapısındaki apo(a) molekülü polimorfizminden dolayı önemli ölçüde boyut heterojenitesi gösteren bir lipoproteindir. Yüksek Lp(a) düzeylerinin koroner arter hastalığı ve restenoz için bir risk faktörü olduğu kabul edilmektedir. Serum Lp(a) düzeyleri ve apo(a) fenotipleri ile koroner anjiyoplasti (PTCA) sonrası restenoz arasında bir ilişki olup olmadığını araştırmak için anjiyoplasti yapılan 204 hastada serum Lp(a) değerleri ve apo(a) fenotipleri belirlendi. Hastalar 6 ay süre ile takip edildikten sonra restenoz gelişip gelişmediği kontrol anjiyografisi ile belirlendi. Lp(a) düzeyleri, apo(a)'nm değişik epitoplarına karşı geliştirilmiş olan iki monoklonal antikor kullanılarak Lp(a)'daki boyut heterojenitesinden etkilenmiyen bir ELISA yöntemi ile belirlendi. Apo(a) fenotipleri, agaroz jel elektroforezi ile ayrıştırıldıktan sonra apo(a)'ya özgü monoklonal antikorlar kullanılarak 'immünoblotting' ile belirlendi. Kontrol anjiyografisi yapılan 146 hastada, restenoz gelişen hastaların seum Lp(a) düzeyi ve apo(a) fenotip dağılımları restenoz gelişmeyenler ile karşılaştırıldı. Restenoz grubunda Lp(a) ortalama ve medyan değerleri daha yüksek bulunmakla birlikte, aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildi. Her iki grup arasında ekspres edilen apo(a) fenotip (majör kringle olarak belirtilen) dağılımları arasında fark bulunmadı. Gösterdiği geniş dağılımdan dolayı serum Lp(a) düzeylerinin PTCA sonrası restenoz risk belirteci olarak kullanmaya elverişli bir parametre olmadığına karar verildi.
  • Thumbnail Image
    PublicationOpen Access
    Türkiye'de görülen beş kalıtsal hastalıkta topluma özgü mutasyon ve polimorfizmlerin tanımlanması
    (1994-01-06) A. Nazlı BAŞAK;Betül KIRDAR;S. Hande ÇAĞLAYAN;Nalan GÖKGÖZ;Hilmi ÖZÇELİK;Ayşe ÖZER;Yeşim GÖKMEN;Şükrü TÜZMEN;Serpil ÜNLÜ;Anıl AKSU; Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, İstanbul, Türkiye;-;-;-;-;-;-;-;-
    $\beta$-Talasemi, DuchenneXBecker kas distrofisi (DMDXBMD), kistik fibrozis (CF) ve hemofili A ve B ülkemizde sıklık ile görülen kalıtsal hastalıklardır. Türk toplumunda bu hastalıklara neden olan mutasyonların araştırılması amacı ile proje kapsamında yürütülen çalışmalarda, polimeraz zincir reaksiyon (PCR) temeline aayanan yeni gen teknolojileri kullanılarak $\beta$-talasemiye neden olan 2 yeni mutasyon ve hemofili B' ye neden olan 5 mutasyon tanımlandı. Türk CF hastalarında, olguların %15"inde hastalığın deltaFBOS mutasyonundan ve %5.5'inde 1677delTA mutasyonundan kaynaklandığı belirlendi. Bu çalışmada olgulardan bir G542X için üçü R560T için heterozigot bulundu. Bu çalışmaya dahil edilen CF hasta ve taşıyıcılarında V520F, C524X ve R347X mutasyonlarının bulunmadığı saptandı. DMDXBMD ve hemofili A ve B aileleri için, uygun bir prenatal tanı stratejisi geliştirmek amacı ile değişik gen içi ve gen dışı polimorfik markörlerin Türk toplumunda görülme sıklıkları saptandı. DMDXBMD ailelerinde delesyon taşıyıcılarının belirlenmesi amacı ile yeni bir kantitatif PCR analiz yöntemi geliştirildi.